| 摘要 | 第1-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-19页 |
| ·选题背景和研究意义 | 第13-15页 |
| ·课题来源 | 第13页 |
| ·选题背景 | 第13-14页 |
| ·研究目的和意义 | 第14-15页 |
| ·国内外研究现状 | 第15页 |
| ·论文的研究内容和组织结构 | 第15-19页 |
| ·研究内容 | 第15-16页 |
| ·论文的组织结构 | 第16-19页 |
| 第二章 相关理论基础 | 第19-29页 |
| ·系统涉及的生物信息学知识概述 | 第19-23页 |
| ·EST和SNP | 第19-20页 |
| ·常用的EST数据库 | 第20-22页 |
| ·打分矩阵 | 第22-23页 |
| ·序列比对和序列拼接 | 第23-27页 |
| ·序列比对算法 | 第23-24页 |
| ·序列拼接算法 | 第24-27页 |
| ·系统开发所用的技术 | 第27-29页 |
| ·SWT/JFace技术 | 第27页 |
| ·插件技术 | 第27-29页 |
| 第三章 系统的分析与设计 | 第29-53页 |
| ·系统的总体设计思想 | 第29-30页 |
| ·系统的体系结构 | 第30-33页 |
| ·系统的详细设计 | 第33-53页 |
| ·序列预处理模块 | 第33-34页 |
| ·序列比对模块 | 第34-38页 |
| ·CDS发现模块 | 第38-40页 |
| ·序列拼接模块 | 第40-50页 |
| ·SNP发掘及其可视化模块 | 第50-53页 |
| 第四章 基于大规模EST序列的SNP发掘系统的实现 | 第53-63页 |
| ·系统开发环境 | 第53页 |
| ·系统软件环境 | 第53页 |
| ·系统硬件环境 | 第53页 |
| ·系统的实现 | 第53-63页 |
| ·系统主要界面 | 第53-54页 |
| ·序列预处理 | 第54-55页 |
| ·序列比对 | 第55-58页 |
| ·CDS发现 | 第58-59页 |
| ·序列拼接 | 第59页 |
| ·SNP发掘及其可视化 | 第59-61页 |
| ·其他功能的实现 | 第61-63页 |
| 第五章 基于大规模EST序列的SNP发掘系统的应用 | 第63-71页 |
| ·传统的SNP发掘方法和本系统的比较 | 第63-64页 |
| ·使用传统的方法对Oryza Sativa进行SNP发掘 | 第63-64页 |
| ·使用本系统对Oryza Sativa进行SNP发掘 | 第64页 |
| ·传统方法与本系统所采用的SNP发掘方法的分析比较 | 第64页 |
| ·系统在棉花上的应用 | 第64-69页 |
| ·雷蒙德氏棉(Gossypium Raimondii)EST序列的获得 | 第64-65页 |
| ·雷蒙德氏棉EST序列的比对及蛋白质编码区获得 | 第65-66页 |
| ·雷蒙德氏棉蛋白质编码区序列的拼接 | 第66页 |
| ·从雷蒙德氏棉EST序列中发掘SNP | 第66-67页 |
| ·雷蒙德氏棉候选SNP数目及类型统计 | 第67-69页 |
| ·小结 | 第69-71页 |
| 第六章 总结与展望 | 第71-73页 |
| ·总结 | 第71-72页 |
| ·创新点 | 第72页 |
| ·展望 | 第72-73页 |
| 参考文献 | 第73-77页 |
| 致谢 | 第77页 |
