| 中文摘要 | 第1-12页 |
| 英文摘要 | 第12-15页 |
| 第1章 遗传密码子研究概述 | 第15-29页 |
| 1．1 遗传密码的破译 | 第15-16页 |
| 1．2 密码子的通用性与特殊性 | 第16-17页 |
| 1．3 无义密码子的重新诊释和新氨基酸的发现 | 第17-19页 |
| 1．4 遗传密码子的多态性研究 | 第19-20页 |
| 1．5 遗传密码子的起源与进化 | 第20-21页 |
| 1．6 遗传密码的“扩张” | 第21页 |
| 1．7 密码子研究的应用 | 第21-23页 |
| 1．7．1 研究生命的起源和进化 | 第21-22页 |
| 1．7．2 获得具有新属性的蛋白或生物体 | 第22页 |
| 1．7．3 研究蛋白质的结构和功能 | 第22-23页 |
| 1．7．4 对目标基因进行改造，提高特定蛋白的表达量 | 第23页 |
| 参考文献 | 第23-29页 |
| 第2章 水稻基因组研究概况 | 第29-50页 |
| 2．1 水稻基因组测序及研究意义 | 第29-32页 |
| 2．2 水稻功能基因组学研究 | 第32-37页 |
| 2．2．1 发掘新基因 | 第32-33页 |
| 2．2．2 基因功能的研究 | 第33-37页 |
| 2．2．2．1 反向遗传学研究 | 第34-36页 |
| 2．2．2．2 大规模基因功能表达谱分析 | 第36-37页 |
| 2．2．3 蛋白质组研究 | 第37页 |
| 2．3 基因组的生物信息学研究热点 | 第37-38页 |
| 2．4 本研究的目的和意义 | 第38-39页 |
| 参考文献 | 第39-50页 |
| 第3章 水稻密码子用法的研究 | 第50-69页 |
| 3．1 材料与方法 | 第51-52页 |
| 3．1．1 序列数据 | 第51页 |
| 3．1．2 统计分析 | 第51页 |
| 3．1．3 衡量密码子偏好性的指标 | 第51-52页 |
| 3．1．4 对应分析 | 第52页 |
| 3．1．5 主要偏爱密码子的确定 | 第52页 |
| 3．2 结果与分析 | 第52-61页 |
| 3．2．1 水稻核基因组的密码子用法分析 | 第53-55页 |
| 3．2．1．1 影响核基因组密码子偏好性使用的因素 | 第53-54页 |
| 3．2．1．2 核基因组的密码子用法 | 第54-55页 |
| 3．2．2 粳稻叶绿体基因组的密码子用法分析 | 第55-59页 |
| 3．2．2．1 基因的表达水平对密码子用法的影响 | 第56页 |
| 3．2．2．2 基因编码区的碱基组成对密码子用法的影响 | 第56页 |
| 3．2．2．3 CDS长度与基因表达水平、密码子偏好性的关系 | 第56-57页 |
| 3．2．2．4 DNA双链与密码子用法的关系 | 第57页 |
| 3．2．2．5 密码子的使用模式及主要偏爱密码子的确定 | 第57-59页 |
| 3．2．3 粳稻线粒体基因组的密码子用法分析 | 第59-61页 |
| 3．2．3．1 影响密码子偏好性使用的因素 | 第59-60页 |
| 3．2．3．2 线粒体基因组的主要偏爱密码子 | 第60-61页 |
| 3．3 讨论 | 第61-64页 |
| 参考文献 | 第64-69页 |
| 第4章 4种植物叶绿体与核基因组密码子用法的比较研究 | 第69-82页 |
| 4．1 材料与方法 | 第69-70页 |
| 4．1．1 序列数据 | 第70页 |
| 4．1．2 密码子偏好性指标 | 第70页 |
| 4．1．3 对应分析 | 第70页 |
| 4．2 结果与讨论 | 第70-77页 |
| 4．2．1 碱基组成分析 | 第70-72页 |
| 4．2．2 密码子用法的变异 | 第72-74页 |
| 4．2．3 密码子用法分析 | 第74-77页 |
| 参考文献 | 第77-82页 |
| 第5章 水稻的密码子用法与基因功能的研究 | 第82-92页 |
| 5．1 材料与方法 | 第83-84页 |
| 5．1．1 序列数据 | 第83页 |
| 5．1．2 基因的功能分类 | 第83-84页 |
| 5．1．3 密码子偏好性指标 | 第84页 |
| 5．1．4 统计分析 | 第84页 |
| 5．2 结果与分析 | 第84-86页 |
| 5．2．1 密码子偏好性与基因功能类型的关系 | 第85-86页 |
| 5．2．2 密码子用法的变异 | 第86页 |
| 5．3 讨论 | 第86-89页 |
| 参考文献 | 第89-92页 |
| 第6章 起始密码子 AUG侧翼序列对水稻基因表达水平的影响 | 第92-102页 |
| 6．1 材料与方法 | 第92-94页 |
| 6．1．1 序列数据 | 第92-93页 |
| 6．1．2 基因表达数据的获得 | 第93页 |
| 6．1．3 序列分析 | 第93-94页 |
| 6．1．3．1 翻译起始效应与密码子偏好性的衡量 | 第93页 |
| 6．1．3．2 “AUG侧翼区”各位点与密码子偏好性及基因表达水平的关系 | 第93-94页 |
| 6．1．3．3 定点突变的计算机模拟 | 第94页 |
| 6．1．3．4 “AUG侧翼区”的特征分析 | 第94页 |
| 6．2 结果与分析 | 第94-97页 |
| 6．2．1 AUG侧翼序列与基因密码子偏好性的关系 | 第94-95页 |
| 6．2．2 AUG侧翼序列与基因表达水平的关系 | 第95-96页 |
| 6．2．3 高表达基因AUG侧冀序列特殊位点的定点突变 | 第96页 |
| 6．2．4 “AUG侧翼区”的特征分析 | 第96-97页 |
| 6．3 讨论 | 第97-99页 |
| 参考文献 | 第99-102页 |
| 第7章 水稻终止密码子侧翼序列模式分析 | 第102-114页 |
| 7．1 材料与方法 | 第103-104页 |
| 7．1．1 序列数据 | 第103页 |
| 7．1．2 偏好性估算 | 第103页 |
| 7．1．2．1 G测验 | 第103页 |
| 7．1．2．2 信息含量的计算 | 第103页 |
| 7．1．3 终止密码子侧翼核普酸的特征分析 | 第103-104页 |
| 7．1．4 基因表达水平的确定 | 第104页 |
| 7．2 结果与分析 | 第104-108页 |
| 7．2．1 紧挨终止密码子上下游的密码子高度偏置 | 第104-105页 |
| 7．2．2 UAA、UAG和 UGA3组基因碱基的偏好性差异巨大 | 第105-107页 |
| 7．2．3 高表达基因的侧翼序列更保守 | 第107-108页 |
| 7．3 讨论 | 第108-110页 |
| 参考文献 | 第110-114页 |
| 第8章 水稻终止密码子通读基因的计算鉴定和序列分析 | 第114-124页 |
| 8．1 材料与方法 | 第115-116页 |
| 8．1．1 序列数据 | 第115页 |
| 8．1．2 提取通读候选基因的步骤 | 第115页 |
| 8．1．3 终止密码子侧翼碱基偏好性分析 | 第115页 |
| 8．1．4 通读候选基因蛋白质的二级结构分析 | 第115-116页 |
| 8．2 结果与分析 | 第116-118页 |
| 8．2．1 通读候选基因的计算鉴定 | 第116-117页 |
| 8．2．2 候选与非候选基因终止密码子侧翼核普酸偏好存在巨大差异 | 第117-118页 |
| 8．2．3 “渗漏型”终止密码子常位于β-拐角的亲水区域 | 第118页 |
| 8．3 讨论 | 第118-120页 |
| 参考文献 | 第120-124页 |
| 附录A 发表论文清单 | 第124-126页 |
| 附录B 插图目录 | 第126-128页 |
| 附录C 表格目录 | 第128-129页 |
| 附录D 常用网址 | 第129页 |
