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嗜热β-1,4-葡聚糖内切酶和酰基肽水解酶突变体的晶体结构和功能研究

提要第1-9页
第一部分第9-102页
 第1 章 前言第10-35页
   ·嗜热菌和嗜热酶第10-21页
     ·嗜热酶的结构特征第11-18页
     ·嗜热酶的应用第18-21页
   ·纤维素酶和纤维素第21-32页
     ·纤维素酶的分类和作用方式第22-23页
     ·纤维素降解过程及其催化机理第23-24页
     ·纤维素酶分子结构第24-29页
     ·嗜热纤维素酶的来源及在异源生物中的表达第29-32页
     ·嗜热纤维素酶的应用第32页
   ·论文立题依据第32-33页
   ·论文研究方法第33-34页
   ·论文结构安排第34-35页
 第2 章 蛋白质晶体的制备第35-55页
   ·嗜热β-1,4-葡聚糖内切酶FnCel5A的生物信息学分析第35-41页
     ·嗜热β-1,4-葡聚糖内切酶FnCel5A的一级序列分析第35-37页
     ·FnCel5A催化结构域及其N末端截短突变体蛋白质信息第37页
     ·FnCel5A的进化关系与同源比对分析第37-40页
     ·FnCel5A的同源结构搜索第40-41页
   ·FnCel5A及其N末端截短突变体FnCel5AND的克隆、表达和纯化第41-48页
     ·FnCel5A和FnCel5AND的克隆第41-42页
     ·FnCel5A和FnCel5AND的表达第42页
     ·FnCel5A和FnCel5AND的纯化第42-48页
   ·FnCel5A及截短突变体FnCel5AND的结晶第48-55页
     ·FnCel5A及截短突变体结晶条件的初步筛选第49-50页
     ·NHFnCel5A和FnCel5AND结晶条件的优化第50-51页
     ·NHFnCel5A硒代甲硫氨酸衍生物晶体的制备第51-52页
     ·FnCel5AND与底物纤维二糖的共结晶第52-55页
 第3 章 数据收集与晶体结构解析第55-77页
   ·X射线衍射数据收集与数据处理第55-61页
     ·NHFnCel5A母体晶体衍射数据的收集与处理第55-57页
     ·NHFnCel5A硒代甲硫氨酸衍生物晶体衍射数据的收集与处理第57-60页
     ·FnCel5AND:Glucose复合物晶体衍射数据的收集与处理第60-61页
   ·单波长反常散射法(SAD)解析NHFnCel5A硒代衍生物的晶体结构第61-73页
     ·X射线衍射分析的基本原理和相位问题第61页
     ·求解相位问题的方法第61-64页
     ·确定并修正硒原子的位置第64-65页
     ·初始相位的获得第65-66页
     ·相位改善和密度修正第66-67页
     ·结构模型的搭建与精修第67-71页
     ·最终结构模型的质量评估第71-73页
   ·分子置换解析FnCel5A母体和FnCel5AND:Glucose复合物晶体结构第73-77页
     ·分子置换法的原理第74页
     ·结构模型的建立和相位的求解第74-75页
     ·FnCel5A母体和FnCel5AND:Glucose复合物结构模型的精修第75页
     ·FnCel5A和FnCel5AND:Glucose复合物最终结构模型的质量评估第75-77页
 第4 章 晶体结构分析与讨论第77-94页
   ·嗜热β-1,4-葡聚糖内切酶FnCel5A活性结构域的整体结构第77-85页
     ·FnCel5A活性结构域整体结构描述第77-79页
     ·FnCel5A与同源结构间的比较第79-83页
     ·FnCel5A结构稳定性因素第83-85页
   ·FnCel5A的催化活性中心第85-92页
     ·FnCel5AND:Glucose复合物的晶体结构第85-87页
     ·FnCel5A的活性中心第87-90页
     ·活性中心水分子对底物结合及催化反应发生的贡献第90-91页
     ·FnCel5A活性中心磷酸根离子的结合第91-92页
   ·FnCel5A的催化机理第92-94页
 第5 章 结论与展望第94-96页
 参考文献第96-102页
第二部分第102-133页
 第1 章 前言第103-111页
   ·引言第103页
   ·研究背景第103-111页
     ·脯氨酸寡肽酶家族第103-108页
     ·酰基肽水解酶研究现状第108-111页
 第2 章 突变体克隆、表达、纯化与晶体制备第111-115页
   ·突变体的克隆第111页
   ·突变体的表达、纯化第111-113页
   ·突变体ApAPH-ΔN21 的结晶第113-115页
 第3 章 数据收集和结构解析第115-118页
   ·突变体ApAPH-ΔN21 的数据收集与处理第115页
   ·突变体ApAPH-ΔN21 的结构解析和修正第115-116页
   ·突变体ApAPH-ΔN21 最终结构模型的质量评价第116-118页
 第4 章 酶的性质测定第118-124页
   ·温度对野生型和突变体催化活性的影响第118-119页
   ·野生型和突变体酶的热失活动力学研究第119-120页
   ·野生型和突变体酶热变性过程的热力学研究第120-121页
   ·化学变性剂对稳定性的影响第121-122页
   ·突变体柔性分析第122-124页
 第5 章 晶体结构分析与讨论第124-128页
   ·嗜热酰基肽水解酶突变体ApAPH-ΔN21 的整体结构第124-125页
   ·嗜热酰基肽水解酶N末端对酶热稳定性和活性的影响第125-128页
     ·嗜热酰基肽水解酶N末端螺旋对于酶的稳定性有重要作用第125页
     ·N末端盐桥对酶的稳定性的影响第125-127页
     ·N末端对酶构象柔性和催化活性的影响第127-128页
 第6 章 结论与展望第128-130页
 参考文献第130-133页
附录A第133-134页
附录B第134-135页
创新点第135-136页
作者简历第136-138页
致谢第138-139页
中文摘要第139-143页
Abstract第143-147页

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