| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第12-16页 |
| ·引言 | 第12-13页 |
| ·本文的研究目的与意义 | 第13-14页 |
| ·本文的组织结构 | 第14-16页 |
| 第二章 多序列比对问题 | 第16-26页 |
| ·序列比对的基础 | 第16-20页 |
| ·序列比对问题的数学描述 | 第16-18页 |
| ·空位罚分 | 第18-19页 |
| ·替换矩阵 | 第19-20页 |
| ·多序列比对 | 第20-26页 |
| ·多序列比对的定义 | 第20-22页 |
| ·SP模型 | 第22页 |
| ·多序列比对的算法 | 第22-26页 |
| 第三章 基于隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第26-36页 |
| ·隐马尔可夫模型 | 第26-32页 |
| ·马尔可夫链 | 第26-27页 |
| ·隐马尔可夫链 | 第27-28页 |
| ·隐马尔可夫模型的三个基本问题 | 第28-32页 |
| ·基于HMM多序列比对问题 | 第32-36页 |
| ·基于HMM多序列比对问题的描述 | 第32-33页 |
| ·基于HMM多序列比对问题的算法流程 | 第33-36页 |
| 第四章 基于进化的粒子群优化算法与隐马尔可夫模型的多序列比对 | 第36-48页 |
| ·粒子群优化算法 | 第36-40页 |
| ·基本理论 | 第36-37页 |
| ·算法流程 | 第37-40页 |
| ·改进的粒子群优化算法 | 第40-44页 |
| ·粒子群优化算法存在的"早熟"问题 | 第40页 |
| ·算法的改进思想 | 第40-41页 |
| ·改进算法的原理 | 第41-42页 |
| ·改进后算法的流程 | 第42-44页 |
| ·基于EPSO与HMM的多序列比对 | 第44-48页 |
| 第五章 算法的实验及比较 | 第48-54页 |
| ·实验结果 | 第48-52页 |
| ·性能分析 | 第52-54页 |
| 第六章 总结与展望 | 第54-56页 |
| 参考文献 | 第56-60页 |
| 致谢 | 第60页 |