| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 主要缩写简表 | 第12-13页 |
| 第一章 绪论 | 第13-35页 |
| 1.1 弧菌研究现状 | 第13-19页 |
| 1.1.1 弧菌属 | 第13页 |
| 1.1.2 弧菌生态 | 第13-14页 |
| 1.1.3 弧菌致病性 | 第14-15页 |
| 1.1.4 弧菌毒力因子 | 第15-16页 |
| 1.1.5 弧菌的诊断和检测 | 第16-17页 |
| 1.1.6 抗生素治疗和抗性 | 第17-19页 |
| 1.2 鳗弧菌 | 第19-24页 |
| 1.2.1 鳗弧菌毒力因子 | 第20-22页 |
| 1.2.2 金属蛋白酶EmpA及其激活蛋白Epp | 第22-24页 |
| 1.3 副溶血弧菌 | 第24-33页 |
| 1.3.1 β-内酰胺类抗生素 | 第25-26页 |
| 1.3.2 β-内酰胺酶 | 第26-32页 |
| 1.3.3 副溶血弧菌抗药性机制 | 第32-33页 |
| 1.4 课题研究内容及意义 | 第33-35页 |
| 第二章 材料与方法 | 第35-58页 |
| 2.1 实验材料 | 第35-39页 |
| 2.1.1 实验试剂 | 第35-36页 |
| 2.1.2 实验仪器 | 第36-37页 |
| 2.1.3 实验菌株及载体 | 第37-38页 |
| 2.1.4 主要溶液配制 | 第38-39页 |
| 2.2 实验方法 | 第39-58页 |
| 2.2.1 重组载体构建 | 第39-42页 |
| 2.2.2 定点突变表达载体构建 | 第42页 |
| 2.2.3 目标蛋白表达 | 第42-43页 |
| 2.2.4 重组蛋白诱导表达 | 第43-49页 |
| 2.2.5 蛋白晶体生长 | 第49-52页 |
| 2.2.6 蛋白晶体结构解析 | 第52-55页 |
| 2.2.7 酶活性检测 | 第55-57页 |
| 2.2.8 稳定性检测 | 第57-58页 |
| 第三章 Epp结构生物学研究 | 第58-86页 |
| 3.1 鳗弧菌Epp生物信息学分析 | 第58-64页 |
| 3.1.1 鳗弧菌Epp序列信息 | 第58-60页 |
| 3.1.2 理化性质分析 | 第60-61页 |
| 3.1.3 二级结构分析 | 第61-62页 |
| 3.1.4 结构域分析 | 第62-63页 |
| 3.1.5 PKD序列比对 | 第63-64页 |
| 3.2 基因克隆及重组质粒构建 | 第64-65页 |
| 3.3 蛋白表达纯化 | 第65-67页 |
| 3.4 晶体初筛与优化 | 第67-69页 |
| 3.5 晶体结构解析 | 第69-74页 |
| 3.5.1 晶体衍射数据收集与处理 | 第69-71页 |
| 3.5.2 晶体结构相位确定和修正 | 第71-72页 |
| 3.5.3 holo Epp-PKD1晶体结构的质量评估 | 第72-74页 |
| 3.6 holo Epp-PKD1晶体结构分析 | 第74-84页 |
| 3.6.1 holo Epp-PKD1整体结构 | 第74-75页 |
| 3.6.2 钙离子结合位点 | 第75-76页 |
| 3.6.3 钙离子的特异性结合促进结构稳定性 | 第76-79页 |
| 3.6.4 与其他PKD结构的比较 | 第79-84页 |
| 3.7 结论与展望 | 第84-86页 |
| 3.7.1 结论 | 第84-85页 |
| 3.7.2 创新点 | 第85页 |
| 3.7.3 展望 | 第85-86页 |
| 第四章 β-内酰胺酶VPBL的结构与功能研究 | 第86-113页 |
| 4.1 VPBL生物信息学分析 | 第86-90页 |
| 4.1.1 VPBL序列信息 | 第86-87页 |
| 4.1.2 理化性质分析 | 第87页 |
| 4.1.3 二级结构分析 | 第87-88页 |
| 4.1.4 结构域分析 | 第88-90页 |
| 4.1.5 氨基酸序列比对 | 第90页 |
| 4.2 VPBL重组载体构建 | 第90-91页 |
| 4.3 定向进化 | 第91-92页 |
| 4.4 重组蛋白表达与纯化 | 第92页 |
| 4.5 蛋白VPBL及突变体酶学研究(Singh et al.,2011;Khan et al.,2015) | 第92-93页 |
| 4.6 晶体结构解析 | 第93-99页 |
| 4.6.1 结晶条件初筛及优化 | 第93-95页 |
| 4.6.2 晶体衍射数据收集与处理 | 第95-97页 |
| 4.6.3 晶体结构相位确定和修正 | 第97页 |
| 4.6.4 晶体结构质量评价 | 第97-99页 |
| 4.7 VPBL晶体结构与功能分析 | 第99-110页 |
| 4.7.1 VPBL整体结构分析 | 第99-101页 |
| 4.7.2 VPBL活性位点分析 | 第101-104页 |
| 4.7.3 底物和抑制剂结合的结构基础 | 第104-107页 |
| 4.7.4 可塑的VPBL通过氨基酸替换提高抑制剂抗性 | 第107-110页 |
| 4.8 结论与展望 | 第110-113页 |
| 4.8.1 结论 | 第110-111页 |
| 4.8.2 创新点 | 第111-112页 |
| 4.8.3 展望 | 第112-113页 |
| 参考文献 | 第113-123页 |
| 致谢 | 第123-124页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文和研究成果 | 第124页 |
