| 中文摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-8页 |
| 第一章 前言 | 第12-27页 |
| 1.1 多倍体研究 | 第12-13页 |
| 1.2 杂交 | 第13-16页 |
| 1.2.1 杂交优势 | 第13-14页 |
| 1.2.2 杂交多倍体鱼品系 | 第14-16页 |
| 1.3 同源序列 | 第16-17页 |
| 1.4 杂交多倍体中的部分同源染色体表达调控方式 | 第17-19页 |
| 1.4.1 剂量补偿效应(dosageeffect) | 第18页 |
| 1.4.2 新基因的产生和基因表达沉默 | 第18-19页 |
| 1.5 转录组研究方式 | 第19-26页 |
| 1.5.1 转录组介绍 | 第19-20页 |
| 1.5.2 转录组测序平台 | 第20-22页 |
| 1.5.3 454测序和illumina测序 | 第22页 |
| 1.5.4 Denovo拼接方式 | 第22页 |
| 1.5.5 转录组注释 | 第22-23页 |
| 1.5.6 转录组功能研究 | 第23-25页 |
| 1.5.7 转录组进化研究 | 第25-26页 |
| 1.6 该研究的目的和研究意义 | 第26-27页 |
| 第二章 翘嘴鲌正向选择基因的发现 | 第27-46页 |
| 2.1 材料和方法 | 第27-33页 |
| 2.1.1 材料 | 第27页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第27-33页 |
| 2.2 结果和分析 | 第33-44页 |
| 2.2.1 测序数据质控与评估 | 第33-34页 |
| 2.2.2 测序数据统计和拼接 | 第34-37页 |
| 2.2.3 基因名称以及功能注解 | 第37-40页 |
| 2.2.4 基因结构预测-开放阅读框识别(ORF) | 第40页 |
| 2.2.5 直系同源基因获取 | 第40-41页 |
| 2.2.6 物种间各直系同源基因的ka/ks分析以及进化时间的分析 | 第41-44页 |
| 2.3 讨论 | 第44-46页 |
| 第三章 剂量补偿效应在草鲂三倍体中的发生以及杂交个体表达偏向的研究 | 第46-66页 |
| 3.1 材料和方法 | 第46-50页 |
| 3.1.1 材料 | 第46页 |
| 3.1.2 实验方法 | 第46页 |
| 3.1.3 表达量的计算以及差异表达分析 | 第46-47页 |
| 3.1.4 剂量补偿效应在杂交三倍体中的发现 | 第47-48页 |
| 3.1.5 分析表达偏向以及表达沉默 | 第48-50页 |
| 3.2 结果和分析 | 第50-61页 |
| 3.2.1 转录组拼接 | 第50-53页 |
| 3.2.2 功能分析 | 第53-54页 |
| 3.2.3 Illumina数据的有效比对到参考转录组 | 第54-56页 |
| 3.2.4 剂量补偿机制在三倍体情况 | 第56-57页 |
| 3.2.5 三倍体中的表达模式的研究 | 第57-60页 |
| 3.2.6 杂交子代中生长相关基因的表达情况分析 | 第60-61页 |
| 3.3 讨论 | 第61-66页 |
| 3.3.1 计量补偿效应在三倍体草鲂中的发生 | 第61-62页 |
| 3.3.2 部分同源表达偏向和表达量趋近某一父母本 | 第62-63页 |
| 3.3.3 生长基因的表达模式研究 | 第63-64页 |
| 3.3.4 多样化表达模式的机制探索 | 第64-66页 |
| 第四章 基于转录组研究部分同源基因在鲫鲤杂交品系中的表达情况研究 | 第66-96页 |
| 4.1 材料和方法 | 第66-76页 |
| 4.1.1 材料 | 第66页 |
| 4.1.2 实验方法 | 第66-76页 |
| 4.2 结果 | 第76-94页 |
| 4.2.1 质控 | 第76-83页 |
| 4.2.2 序列的拼接,基因名称和功能分析 | 第83-89页 |
| 4.2.3 表达量的计算 | 第89-90页 |
| 4.2.4 R/C部分同源序列在杂交鱼类里面表达量 | 第90-94页 |
| 4.3 讨论 | 第94-96页 |
| 第五章 基于常规实验对部分同源基因在鲫鲤杂交品系中表达情况研究 | 第96-114页 |
| 5.1 材料和方法 | 第96-104页 |
| 5.1.1 材料 | 第96页 |
| 5.1.2 实验方法 | 第96-104页 |
| 5.2 结果 | 第104-109页 |
| 5.2.1 克隆和测序 | 第104-105页 |
| 5.2.2 七个基因在三个杂交群体中各个组织里面的表达量分布 | 第105-107页 |
| 5.2.3 部分同源序列在杂交个体中的表达沉默 | 第107-109页 |
| 5.3 讨论 | 第109-114页 |
| 5.3.1 不同组织中的同源序列表达量 | 第110-111页 |
| 5.3.2 杂交个体中的表达沉默现象 | 第111-112页 |
| 5.3.3 R部分同源表达偏向在三个杂交群体中的发生 | 第112-114页 |
| 第六章 总结 | 第114-117页 |
| 参考文献 | 第117-131页 |
| 博士学习期间撰写、发表的主要论文及获奖情况 | 第131-132页 |
| 致谢 | 第132-134页 |
