| 致谢 | 第7-9页 |
| 摘要 | 第9-11页 |
| Abstract | 第11-13页 |
| 第一章 绪论 | 第18-33页 |
| 1.1 引言 | 第18-20页 |
| 1.2 土壤微生物地理学的概念及研究现状 | 第20页 |
| 1.3 土壤微生物地理学研究方法 | 第20-21页 |
| 1.4 土壤微生物地理分布的驱动机制 | 第21-25页 |
| 1.4.1 历史环境因素对土壤微生物地理分布的影响研究 | 第21-23页 |
| 1.4.2 当代环境因素对土壤微生物地理分布的影响研究 | 第23-24页 |
| 1.4.3 历史环境因素与当代环境因素共同影响土壤微生物地理分布 | 第24-25页 |
| 1.5 土壤微生物的海拔分布研究 | 第25-26页 |
| 1.6 土壤硝化过程的研究进展 | 第26-30页 |
| 1.6.1 氨氧化研究进展 | 第27-29页 |
| 1.6.2 亚硝酸盐氧化研究进展 | 第29-30页 |
| 1.6.3 完全硝化作用研究进展 | 第30页 |
| 1.7 目前常用的硝化微生物研究方法 | 第30-31页 |
| 1.8 研究目标、内容和技术路线 | 第31-33页 |
| 1.8.1 研究目标 | 第31页 |
| 1.8.2 研究内容 | 第31-32页 |
| 1.8.3 技术路线 | 第32-33页 |
| 第二章 自然土壤及水稻土中细菌的海拔分布模式 | 第33-59页 |
| 2.1 引言 | 第33-34页 |
| 2.2 材料与方法 | 第34-38页 |
| 2.2.1 区域概况与样品采集 | 第34-35页 |
| 2.2.2 土壤理化指标测定 | 第35页 |
| 2.2.3 土壤DNA提取 | 第35-37页 |
| 2.2.4 PCR扩增及Miseq测序 | 第37页 |
| 2.2.5 测序数据分析 | 第37页 |
| 2.2.6 统计分析 | 第37-38页 |
| 2.3 结果与讨论 | 第38-58页 |
| 2.3.1 土壤理化性质与海拔的相关性分析 | 第38-40页 |
| 2.3.2 土壤细菌群落组成 | 第40-47页 |
| 2.3.3 土壤细菌多样性的海拔分布模式及影响因子 | 第47-49页 |
| 2.3.4 土壤细菌群落组成的海拔分布模式及影响因子 | 第49-58页 |
| 2.4 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 自然土壤及水稻土中古菌的海拔分布模式 | 第59-78页 |
| 3.1 引言 | 第59-60页 |
| 3.2 材料与方法 | 第60页 |
| 3.2.1 样品信息 | 第60页 |
| 3.2.2 古菌高通量测序及数据分析 | 第60页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第60-77页 |
| 3.3.1 土壤古菌群落组成 | 第60-69页 |
| 3.3.2 土壤古菌多样性的海拔分布模式及影响因子 | 第69-72页 |
| 3.3.3 土壤古菌群落组成的海拔分布模式及影响因子 | 第72-77页 |
| 3.4 小结 | 第77-78页 |
| 第四章 自然土壤及水稻土中真菌的海拔分布模式 | 第78-91页 |
| 4.1 引言 | 第78-79页 |
| 4.2 材料与方法 | 第79页 |
| 4.2.1 样品信息 | 第79页 |
| 4.2.2 真菌高通量数据分析 | 第79页 |
| 4.3 结果与讨论 | 第79-90页 |
| 4.3.1 土壤真菌群落组成 | 第79-84页 |
| 4.3.2 土壤真菌多样性的海拔分布模式及影响因子 | 第84-87页 |
| 4.3.3 土壤真菌群落组成的海拔分布模式及影响因子 | 第87-90页 |
| 4.4 小结 | 第90-91页 |
| 第五章 不同海拔水稻土硝化速率及活性硝化微生物的差异 | 第91-113页 |
| 5.1 引言 | 第91-92页 |
| 5.2 材料与方法 | 第92-94页 |
| 5.2.1 供试土壤样品 | 第92页 |
| 5.2.2 土壤DNA-SIP微宇宙的构建与样品采集 | 第92-93页 |
| 5.2.3 核酸提取和超高速密度梯度离心 | 第93页 |
| 5.2.4 定量PCR分析 | 第93-94页 |
| 5.2.5 高通量测序和系统发育分析 | 第94页 |
| 5.2.6 统计分析 | 第94页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第94-112页 |
| 5.3.1 土壤硝化速率 | 第94-96页 |
| 5.3.2 土壤硝化微生物的丰度及群落组成 | 第96-102页 |
| 5.3.3 不同海拔土壤活性硝化微生物差异 | 第102-110页 |
| 5.3.4 土壤理化性质对硝化微生物的影响 | 第110-112页 |
| 5.4 小结 | 第112-113页 |
| 第六章 升温对水稻土硝化速率及活性硝化微生物的影响 | 第113-130页 |
| 6.1 引言 | 第113-114页 |
| 6.2 材料与方法 | 第114-115页 |
| 6.2.1 样点描述及样品采集 | 第114页 |
| 6.2.2 土壤DNA-SIP微宇宙的构建与样品采集 | 第114页 |
| 6.2.3 核酸提取和超高速密度梯度离心 | 第114页 |
| 6.2.4 定量PCR分析 | 第114页 |
| 6.2.5 高通量测序和系统发育分析 | 第114页 |
| 6.2.6 统计分析 | 第114-115页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第115-129页 |
| 6.3.1 土壤硝化速率 | 第115-116页 |
| 6.3.2 土壤硝化微生物的丰度及群落组成 | 第116-121页 |
| 6.3.3 不同温度下土壤活性硝化微生物差异 | 第121-129页 |
| 6.4 小结 | 第129-130页 |
| 第七章 结论与展望 | 第130-133页 |
| 7.1 结论 | 第130-131页 |
| 7.2 创新点 | 第131-132页 |
| 7.3 展望 | 第132-133页 |
| 参考文献 | 第133-156页 |
| 攻读博士期间主要学术成果 | 第156页 |
