| 摘要 | 第4-8页 |
| abstract | 第8-13页 |
| 第一章 引言 | 第18-28页 |
| 1.1 对虾病毒病 | 第18-22页 |
| 1.1.1 白斑综合征病毒(White spot syndrome virus,WSSV) | 第19-20页 |
| 1.1.2 传染性皮下及造血组织坏死病毒(Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus,IHHNV) | 第20页 |
| 1.1.3 黄头病毒(Yellow head virus,YHV) | 第20-21页 |
| 1.1.4 桃拉综合征病毒(Taura syndromevirus,TSV) | 第21页 |
| 1.1.5 传染性肌肉坏死病毒(Infectious myonecrosis virus,IMNV) | 第21页 |
| 1.1.6 偷死野田村病毒(Covert mortality nodavirus,CMNV) | 第21-22页 |
| 1.2 病毒宏基因组学 | 第22-25页 |
| 1.2.1 病毒宏基因组学的研究方法 | 第22-24页 |
| 1.2.2 病毒宏基因组学在水生生物当中的应用 | 第24-25页 |
| 1.3 甲壳动物中的虹彩病毒(Iridoviridae) | 第25-26页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第26-28页 |
| 第二章 对发病对虾样品进行病毒宏基因组学分析 | 第28-51页 |
| 2.1 引言 | 第28-29页 |
| 2.2 材料与方法 | 第29-35页 |
| 2.2.1 试剂配制 | 第29-30页 |
| 2.2.2 样品采集 | 第30-31页 |
| 2.2.3 核酸提取与常见病原检测 | 第31-32页 |
| 2.2.4 病毒组的提纯 | 第32页 |
| 2.2.5 负染及透射电镜观察 | 第32-33页 |
| 2.2.6 病毒组核酸的提取 | 第33页 |
| 2.2.7 RNA反转录、DNA锚定引物锚定及cDNA第二条链合成 | 第33-34页 |
| 2.2.8 非序列依赖单引物PCR(SISPA一PCR) | 第34页 |
| 2.2.9 宏基因组文库的构建及测序 | 第34页 |
| 2.2.10 测序数据比对病毒库 | 第34-35页 |
| 2.2.11 可疑物种的拼接与PCR验证 | 第35页 |
| 2.3 结果 | 第35-46页 |
| 2.3.1 病虾样品常见病原的套式PCR检测 | 第35-36页 |
| 2.3.2 病毒组样品的透射电镜观察 | 第36-37页 |
| 2.3.3 SISPA扩增产物的电泳 | 第37页 |
| 2.3.4 测序数据的预处理结果 | 第37-38页 |
| 2.3.5 病毒注释情况 | 第38-41页 |
| 2.3.6 可疑物种的拼接与验证 | 第41-46页 |
| 2.4 讨论 | 第46-51页 |
| 第三章 虾血细胞虹彩病毒(Shrimp hemocyte iridescent virus,SHIV)的发现与鉴定 | 第51-70页 |
| 3.1 引言 | 第51-52页 |
| 3.2 材料与方法 | 第52-55页 |
| 3.2.1 试剂配制 | 第52-53页 |
| 3.2.2 对虾样品 | 第53页 |
| 3.2.3 组织病理切片 | 第53-54页 |
| 3.2.4 MCP及ATP酶基因的比对和进化树分析 | 第54页 |
| 3.2.5 病毒的粗提取和人工感染实验 | 第54-55页 |
| 3.2.6 超薄切片的制作及透射电子显微镜观察 | 第55页 |
| 3.3 结果 | 第55-66页 |
| 3.3.1 对虾常见病原检测 | 第56页 |
| 3.3.2 组织病理学观察 | 第56-58页 |
| 3.3.3 基于MCP和部分ATP酶基因的进化树分析 | 第58-61页 |
| 3.3.4 SHIV病毒粗提液的透射电镜观察 | 第61-62页 |
| 3.3.5 人工感染实验及感染对虾的症状 | 第62-63页 |
| 3.3.6 感染对虾的超薄切片及透射电镜观察 | 第63-66页 |
| 3.4 讨论 | 第66-70页 |
| 第四章 SHIV全基因组序列的拼接验证和分析 | 第70-95页 |
| 4.1 引言 | 第70-71页 |
| 4.2 材料与方法 | 第71-73页 |
| 4.2.1 试剂配制 | 第71页 |
| 4.2.2 病毒宏基因组数据加测 | 第71-72页 |
| 4.2.3 对虾样品 | 第72页 |
| 4.2.4 DNA提取 | 第72页 |
| 4.2.5 全基因组的拼接验证策略 | 第72-73页 |
| 4.2.6 全基因组的分析 | 第73页 |
| 4.2.7 多基因进化树分析 | 第73页 |
| 4.3 结果 | 第73-92页 |
| 4.3.1 全基因组的拼接验证 | 第74-78页 |
| 4.3.2 全基因组的基本信息 | 第78-82页 |
| 4.3.3 ORF的预测和功能分析 | 第82-90页 |
| 4.3.4 多基因进化树分析 | 第90-92页 |
| 4.4 讨论 | 第92-95页 |
| 第五章 SHIV颗粒的纯化和蛋白质谱分析 | 第95-111页 |
| 5.1 引言 | 第95-96页 |
| 5.2 试剂与方法 | 第96-101页 |
| 5.2.1 试剂 | 第96-97页 |
| 5.2.2 感染对虾血淋巴液的采集 | 第97-98页 |
| 5.2.3 血淋巴液中病毒颗粒的粗提 | 第98-99页 |
| 5.2.4 蔗糖密度梯度离心 | 第99页 |
| 5.2.5 离心后管中各位置吸光度和浮力密度的测定 | 第99-100页 |
| 5.2.6 透射电镜观察 | 第100页 |
| 5.2.7 SDS-PAGE及蛋白质谱分析 | 第100-101页 |
| 5.3 结果 | 第101-107页 |
| 5.3.1 电镜观察血淋巴中粗提的病毒颗粒 | 第101-102页 |
| 5.3.2 蔗糖密度梯度离心 | 第102-103页 |
| 5.3.3 蔗糖密度梯度各位置的OD280和浮力密度 | 第103-104页 |
| 5.3.4 电镜观察纯化后的病毒颗粒 | 第104-105页 |
| 5.3.5 SHIV悬液的SDS-PAGE以及蛋白质谱分析 | 第105-107页 |
| 5.4 讨论 | 第107-111页 |
| 第六章 SHIV的原位杂交和套式PCR检测 | 第111-129页 |
| 6.1 引言 | 第111-112页 |
| 6.2 试剂和方法 | 第112-120页 |
| 6.2.1 试剂配制 | 第112-115页 |
| 6.2.2 地高辛标记探针的制作 | 第115页 |
| 6.2.3 组织切片的制作 | 第115-116页 |
| 6.2.4 原位杂交 | 第116-118页 |
| 6.2.5 套式PCR引物的设计 | 第118页 |
| 6.2.6 套式PCR反应体系和程序 | 第118页 |
| 6.2.7 分析特异性检测 | 第118-119页 |
| 6.2.8 分析灵敏度检测 | 第119页 |
| 6.2.9 SHIV的套式PCR检测方法与荧光定量检测方法的样品检测比较 | 第119页 |
| 6.2.10 养殖对虾样品的检测 | 第119-120页 |
| 6.3 结果 | 第120-126页 |
| 6.3.1 SHIV感染样品的原位杂交 | 第120-122页 |
| 6.3.2 套式PCR检测方法的分析特异性 | 第122-123页 |
| 6.3.3 套式PCR检测方法的分析灵敏度 | 第123-124页 |
| 6.3.4 RealtimePCR和套式PCR检测方法的结果比较 | 第124-125页 |
| 6.3.5 国内养殖对虾样品的检测情况 | 第125-126页 |
| 6.4 讨论 | 第126-129页 |
| 结论 | 第129-130页 |
| 参考文献 | 第130-146页 |
| 致谢 | 第146-147页 |
