| 缩略词表 | 第7-8页 |
| 摘要 | 第8-10页 |
| Abstract | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-17页 |
| 1 混合QTL定位的概述 | 第12页 |
| 2 混合QTL定位的应用 | 第12-13页 |
| 3 混合QTL定位的方法 | 第13-17页 |
| 3.1 BReM分析流程简述 | 第13-15页 |
| 3.2 QTL-Seq分析流程简述 | 第15-17页 |
| 第二章 对QTL-Seq软件的改进 | 第17-30页 |
| 1 前言 | 第17页 |
| 2 材料与方法 | 第17-21页 |
| 2.1 QTL-Seq软件下载 | 第17-18页 |
| 2.2 两套测试数据 | 第18页 |
| 2.3 修改定义窗口大小等相关参数的代码 | 第18-19页 |
| 2.3.1 修改执行滑动窗口计算的脚本 | 第18页 |
| 2.3.2 向配置文件添加新选项 | 第18页 |
| 2.3.3 修改转化配置文件的脚本 | 第18-19页 |
| 2.4 对代码进行效率上的优化 | 第19-21页 |
| 2.4.1 对读段排序步骤代码的优化 | 第19-20页 |
| 2.4.2 对局部重新比对以及变异识别步骤的优化 | 第20-21页 |
| 3 结果与讨论 | 第21-30页 |
| 3.1 改进1:窗口大小等相关参数可自定义 | 第21-29页 |
| 3.1.1 滑动窗口等参数的设置影响酵母QTL定位结果的分析 | 第21-23页 |
| 3.1.2 滑动窗口等参数的设置影响水稻QTL定位结果的分析 | 第23-28页 |
| 3.1.3 改进后的运行结果比较 | 第28-29页 |
| 3.2 改进2:提高原版QTL-Seq软件的运行效率 | 第29-30页 |
| 第三章 BReM在线分析平台的构建 | 第30-49页 |
| 1 前言 | 第30-31页 |
| 2 材料与方法 | 第31页 |
| 2.1 整合BReM的分析流程 | 第31页 |
| 2.2 利用Joomla部署BReM在线分析平台 | 第31页 |
| 3 结果与分析 | 第31-46页 |
| 3.1 在线分析平台的结构及其功能 | 第31-34页 |
| 3.2 在线分析平台的使用说明 | 第34-46页 |
| 3.2.1 输入文件的格式说明 | 第34-36页 |
| 3.2.2 各项参数的说明 | 第36-38页 |
| 3.2.3 生成的结果文件及其格式说明 | 第38-46页 |
| 4 小结 | 第46页 |
| 5 讨论 | 第46-49页 |
| 5.1 使用Joomla构建分析平台的优势 | 第46-47页 |
| 5.2 使用Web交互页面有助于提高操作的简便性 | 第47页 |
| 5.3 流程集成及一键式自动化BReM分析有何优势 | 第47-48页 |
| 5.4 为何采用自定义的标记集BSA格式 | 第48-49页 |
| 参考文献 | 第49-52页 |
| 附录 | 第52-80页 |
| 附录1: BReM的相关程序及其执行过程 | 第52-55页 |
| 附录2: 利用Joomla内容创建模块制作页面的过程 | 第55-57页 |
| 附录3: 在CMV架构下,组件文件框架的搭建过程 | 第57-61页 |
| 附录4: 对原版QTL-Seq代码改动前后对比 | 第61-74页 |
| 附录5: QTL-Seq结果放大展示 | 第74-79页 |
| 附录6: 对原版QTL-Seq代码改进前后运行时间的比较 | 第79-80页 |
| 致谢 | 第80页 |
