| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-27页 |
| 1.1 生物信息学在肿瘤中的研究进展 | 第11-15页 |
| 1.1.1 基因芯片 | 第11-13页 |
| 1.1.2 数据分析 | 第13-14页 |
| 1.1.3 生物信息学对癌症的研究 | 第14-15页 |
| 1.2 PI3K-AKT信号通路在肿瘤研究中的进展 | 第15-18页 |
| 1.2.1 PI3K-AKT-mTOR信号通路 | 第16页 |
| 1.2.2 PI3K简介 | 第16-17页 |
| 1.2.3 AKT简介 | 第17页 |
| 1.2.4 mTOR简介 | 第17-18页 |
| 1.2.5 PI3K-AKT-mTOR信号的负调控 | 第18页 |
| 1.3 骨桥蛋白 | 第18-22页 |
| 1.3.1 骨桥蛋白简介 | 第19-20页 |
| 1.3.2 骨桥蛋白生物学功能 | 第20-21页 |
| 1.3.3 骨桥蛋白与癌症 | 第21-22页 |
| 1.4 利用分子动力学模拟对ALK耐药性的研究 | 第22-26页 |
| 1.4.1 ALK激酶的生物学功能研究 | 第22-25页 |
| 1.4.2 分子动力学研究 | 第25-26页 |
| 1.5 主要研究内容 | 第26-27页 |
| 1.5.1 筛选急性髓系白血病差异表达基因 | 第26页 |
| 1.5.2 分子动力学模拟对ALK突变体耐药性研究 | 第26页 |
| 1.5.3 OPN 抗体表位计算机辅助筛选 | 第26-27页 |
| 第二章 生信分析富集筛选急性髓系白血病差异表达基因 | 第27-43页 |
| 2.1 材料与方法 | 第27页 |
| 2.1.1 基因表达数据库 | 第27页 |
| 2.1.2 基因表达分析数据 | 第27页 |
| 2.2 方法 | 第27-34页 |
| 2.2.1 微阵列数据检索及下载 | 第27-28页 |
| 2.2.2 数据预处理与差异表达分析 | 第28页 |
| 2.2.3 KEGG和GO分析 | 第28-29页 |
| 2.2.4 PPI网络分析 | 第29-31页 |
| 2.2.5 共表达网络数据分析 | 第31页 |
| 2.2.6 细胞培养 | 第31-32页 |
| 2.2.7 RNA提取及实时定量PCR检测差异表达基因 | 第32-34页 |
| 2.3 结果 | 第34-43页 |
| 2.3.1 在正常癌旁组织以及急性髓系白血病组织中的差异表达分析 | 第34-35页 |
| 2.3.2 功能富集分析 | 第35-39页 |
| 2.3.3 PPI网络和中心性分析 | 第39-40页 |
| 2.3.4 基因共表达网络分析 | 第40-41页 |
| 2.3.5 RT-PCR验证差异基因表达水平 | 第41-43页 |
| 第三章 分子动力学模拟揭示ALKF1174C突变型耐药机制 | 第43-56页 |
| 3.1 材料方法 | 第43-45页 |
| 3.1.1 模拟体系的构建 | 第43页 |
| 3.1.2 分子动力学模拟 | 第43-44页 |
| 3.1.3 MM/GBSA计算结合自由能 | 第44-45页 |
| 3.1.4 MM/GBSA自由能分解 | 第45页 |
| 3.2 结果和讨论 | 第45-55页 |
| 3.2.1 突变对体系稳定性的影响 | 第46-47页 |
| 3.2.2 突变对A-loop的动态变化的影响 | 第47-48页 |
| 3.2.3 突变对F1174相关的疏水网络的影响 | 第48-51页 |
| 3.2.4 突变异构影响P-loop的动态从而破坏π动态网络 | 第51-53页 |
| 3.2.5 结合自由能计算 | 第53-54页 |
| 3.2.6 利用残基能量分解识别重要残基 | 第54页 |
| 3.2.7 野生型和突变型结构与ceritinib结合模式的比较 | 第54-55页 |
| 3.3 本章小结 | 第55-56页 |
| 第四章 OPN抗体表位计算机辅助筛选 | 第56-68页 |
| 4.1 材料与试剂 | 第56-57页 |
| 4.1.1 主要试剂与菌株 | 第56页 |
| 4.1.2 主要溶液的配制 | 第56-57页 |
| 4.2 实验方法 | 第57-60页 |
| 4.2.1 蛋白模建 | 第57页 |
| 4.2.2 分子动力学模拟 | 第57页 |
| 4.2.3 抗体-肽作用分析 | 第57-58页 |
| 4.2.4 QM/MM分析 | 第58页 |
| 4.2.5 噬菌体随机肽库滴度测定 | 第58页 |
| 4.2.6 噬菌体随机肽库淘选 | 第58-59页 |
| 4.2.7 阳性噬菌体的扩增 | 第59页 |
| 4.2.8 噬菌体ELISA | 第59页 |
| 4.2.9 噬菌体随机展示肽序列测序 | 第59页 |
| 4.2.10 阳性噬菌体克隆特异性ELISA检测 | 第59-60页 |
| 4.3 实验结果 | 第60-66页 |
| 4.3.1 OPN蛋白及其抗体的模建 | 第60-61页 |
| 4.3.2 分子动力学模拟优化OPN结构 | 第61-63页 |
| 4.3.3 OPN抗体与各肽段的作用分析 | 第63-64页 |
| 4.3.4 QM/MM分析 | 第64-65页 |
| 4.3.5 噬菌体随机肽库的亲和淘选 | 第65页 |
| 4.3.6 阳性噬菌体克隆鉴定 | 第65-66页 |
| 4.3.7 筛选肽的序列分析 | 第66页 |
| 4.4 讨论 | 第66-68页 |
| 参考文献 | 第68-77页 |
| 致谢 | 第77-78页 |
| 在学期间发表的学术论文 | 第78页 |
