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利用生物信息学技术对肿瘤微环境中差异表达基因及ALK激酶耐药和OPN表位确定初步研究

摘要第5-6页
Abstract第6-7页
第一章 绪论第11-27页
    1.1 生物信息学在肿瘤中的研究进展第11-15页
        1.1.1 基因芯片第11-13页
        1.1.2 数据分析第13-14页
        1.1.3 生物信息学对癌症的研究第14-15页
    1.2 PI3K-AKT信号通路在肿瘤研究中的进展第15-18页
        1.2.1 PI3K-AKT-mTOR信号通路第16页
        1.2.2 PI3K简介第16-17页
        1.2.3 AKT简介第17页
        1.2.4 mTOR简介第17-18页
        1.2.5 PI3K-AKT-mTOR信号的负调控第18页
    1.3 骨桥蛋白第18-22页
        1.3.1 骨桥蛋白简介第19-20页
        1.3.2 骨桥蛋白生物学功能第20-21页
        1.3.3 骨桥蛋白与癌症第21-22页
    1.4 利用分子动力学模拟对ALK耐药性的研究第22-26页
        1.4.1 ALK激酶的生物学功能研究第22-25页
        1.4.2 分子动力学研究第25-26页
    1.5 主要研究内容第26-27页
        1.5.1 筛选急性髓系白血病差异表达基因第26页
        1.5.2 分子动力学模拟对ALK突变体耐药性研究第26页
        1.5.3 OPN 抗体表位计算机辅助筛选第26-27页
第二章 生信分析富集筛选急性髓系白血病差异表达基因第27-43页
    2.1 材料与方法第27页
        2.1.1 基因表达数据库第27页
        2.1.2 基因表达分析数据第27页
    2.2 方法第27-34页
        2.2.1 微阵列数据检索及下载第27-28页
        2.2.2 数据预处理与差异表达分析第28页
        2.2.3 KEGG和GO分析第28-29页
        2.2.4 PPI网络分析第29-31页
        2.2.5 共表达网络数据分析第31页
        2.2.6 细胞培养第31-32页
        2.2.7 RNA提取及实时定量PCR检测差异表达基因第32-34页
    2.3 结果第34-43页
        2.3.1 在正常癌旁组织以及急性髓系白血病组织中的差异表达分析第34-35页
        2.3.2 功能富集分析第35-39页
        2.3.3 PPI网络和中心性分析第39-40页
        2.3.4 基因共表达网络分析第40-41页
        2.3.5 RT-PCR验证差异基因表达水平第41-43页
第三章 分子动力学模拟揭示ALKF1174C突变型耐药机制第43-56页
    3.1 材料方法第43-45页
        3.1.1 模拟体系的构建第43页
        3.1.2 分子动力学模拟第43-44页
        3.1.3 MM/GBSA计算结合自由能第44-45页
        3.1.4 MM/GBSA自由能分解第45页
    3.2 结果和讨论第45-55页
        3.2.1 突变对体系稳定性的影响第46-47页
        3.2.2 突变对A-loop的动态变化的影响第47-48页
        3.2.3 突变对F1174相关的疏水网络的影响第48-51页
        3.2.4 突变异构影响P-loop的动态从而破坏π动态网络第51-53页
        3.2.5 结合自由能计算第53-54页
        3.2.6 利用残基能量分解识别重要残基第54页
        3.2.7 野生型和突变型结构与ceritinib结合模式的比较第54-55页
    3.3 本章小结第55-56页
第四章 OPN抗体表位计算机辅助筛选第56-68页
    4.1 材料与试剂第56-57页
        4.1.1 主要试剂与菌株第56页
        4.1.2 主要溶液的配制第56-57页
    4.2 实验方法第57-60页
        4.2.1 蛋白模建第57页
        4.2.2 分子动力学模拟第57页
        4.2.3 抗体-肽作用分析第57-58页
        4.2.4 QM/MM分析第58页
        4.2.5 噬菌体随机肽库滴度测定第58页
        4.2.6 噬菌体随机肽库淘选第58-59页
        4.2.7 阳性噬菌体的扩增第59页
        4.2.8 噬菌体ELISA第59页
        4.2.9 噬菌体随机展示肽序列测序第59页
        4.2.10 阳性噬菌体克隆特异性ELISA检测第59-60页
    4.3 实验结果第60-66页
        4.3.1 OPN蛋白及其抗体的模建第60-61页
        4.3.2 分子动力学模拟优化OPN结构第61-63页
        4.3.3 OPN抗体与各肽段的作用分析第63-64页
        4.3.4 QM/MM分析第64-65页
        4.3.5 噬菌体随机肽库的亲和淘选第65页
        4.3.6 阳性噬菌体克隆鉴定第65-66页
        4.3.7 筛选肽的序列分析第66页
    4.4 讨论第66-68页
参考文献第68-77页
致谢第77-78页
在学期间发表的学术论文第78页

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