| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 主要缩写表 | 第21-23页 |
| 主要缩写表 | 第23-24页 |
| 1 绪论 | 第24-44页 |
| 1.1 番茄病害 | 第24-28页 |
| 1.1.1 番茄病害的发生 | 第24页 |
| 1.1.2 番茄病害主要症状 | 第24-25页 |
| 1.1.3 番茄病害侵染方式和传播途径 | 第25页 |
| 1.1.4 病原真菌引起的番茄病害 | 第25-27页 |
| 1.1.5 番茄病害的防治方法 | 第27-28页 |
| 1.2 病原真菌的分离鉴定 | 第28-29页 |
| 1.2.1 基本分离及鉴定方法 | 第28页 |
| 1.2.2 致病性测定 | 第28-29页 |
| 1.2.3 分子生物学鉴定 | 第29页 |
| 1.3 镰孢菌研究概况 | 第29-31页 |
| 1.3.1 镰孢菌的危害 | 第29-30页 |
| 1.3.2 镰孢菌属分类鉴定 | 第30-31页 |
| 1.3.3 镰孢菌引起的番茄病害 | 第31页 |
| 1.4 镰孢菌致病机制的研究 | 第31-39页 |
| 1.4.1 病原真菌与植物互作的分子机制 | 第31-33页 |
| 1.4.2 效应分子研究概况 | 第33-35页 |
| 1.4.3 镰孢菌效应分子 | 第35-36页 |
| 1.4.4 MAPK概念和特征 | 第36-37页 |
| 1.4.5 镰孢菌中MAPK基因Pmk1研究概况 | 第37-39页 |
| 1.5 层出镰孢菌 | 第39-42页 |
| 1.5.1 层出镰孢菌的危害 | 第39-40页 |
| 1.5.2 层出镰孢菌生物学特征 | 第40页 |
| 1.5.3 层出镰孢菌引起的病害 | 第40-41页 |
| 1.5.4 层出镰孢菌致病机理的研究 | 第41-42页 |
| 1.6 本论文的选题依据、研究目的和内容 | 第42-44页 |
| 1.6.1 选题依据 | 第42页 |
| 1.6.2 研究内容 | 第42-43页 |
| 1.6.3 技术路线 | 第43-44页 |
| 2 引起番茄叶斑病病原菌的分离与鉴定 | 第44-63页 |
| 2.1 引言 | 第44页 |
| 2.2 材料、试剂和仪器 | 第44-47页 |
| 2.2.1 实验材料 | 第44-45页 |
| 2.2.2 实验仪器 | 第45页 |
| 2.2.3 实验试剂 | 第45页 |
| 2.2.4 试剂配制 | 第45-47页 |
| 2.2.5 培养基配制 | 第47页 |
| 2.3 实验方法 | 第47-52页 |
| 2.3.1 病原菌分离 | 第47-48页 |
| 2.3.2 病原菌致病性测定 | 第48-49页 |
| 2.3.3 病原菌形态学鉴定 | 第49页 |
| 2.3.4 病原菌分子生物学鉴定 | 第49-52页 |
| 2.4 实验结果 | 第52-59页 |
| 2.4.1 番茄病害的症状描述 | 第52-53页 |
| 2.4.2 病原菌的分离 | 第53-54页 |
| 2.4.3 病原菌致病性测定结果 | 第54-55页 |
| 2.4.4 病原菌形状学特征描述 | 第55-57页 |
| 2.4.5 病原菌分子生物学鉴定结果 | 第57-58页 |
| 2.4.6 病原菌鉴定结果 | 第58-59页 |
| 2.5 讨论 | 第59-61页 |
| 2.6 本章小结 | 第61-63页 |
| 3 层出镰孢菌K140108与番茄互作转录组分析 | 第63-90页 |
| 3.1 引言 | 第63-64页 |
| 3.2 材料、试剂与仪器 | 第64-65页 |
| 3.2.1 实验材料 | 第64页 |
| 3.2.2 主要实验仪器 | 第64-65页 |
| 3.2.3 实验试剂 | 第65页 |
| 3.3 实验方法 | 第65-73页 |
| 3.3.1 生物材料和接种试验 | 第65-66页 |
| 3.3.2 扫描电镜样品的制备和观察 | 第66-67页 |
| 3.3.3 RNA提取 | 第67-68页 |
| 3.3.4 RNA-seq测序 | 第68-69页 |
| 3.3.5 生物信息分析流程 | 第69-70页 |
| 3.3.6 定量PCR验证基因表达数据 | 第70-73页 |
| 3.3.7 基因表达数据分析 | 第73页 |
| 3.3.8 序列提交 | 第73页 |
| 3.4 实验结果 | 第73-87页 |
| 3.4.1 菌株K140108与番茄互作不同时期的描述 | 第73-76页 |
| 3.4.2 RNA-seq测序数据质量 | 第76-77页 |
| 3.4.3 层出镰孢菌K140108参考转录组的组装结果 | 第77-78页 |
| 3.4.4 基因功能注释 | 第78-82页 |
| 3.4.5 基因表达数据的验证 | 第82-83页 |
| 3.4.6 差异表达基因分析 | 第83-87页 |
| 3.5 讨论 | 第87-88页 |
| 3.6 本章小结 | 第88-90页 |
| 4 层出镰孢菌K140108中候选效应分子的筛选和功能研究 | 第90-126页 |
| 4.1 引言 | 第90-91页 |
| 4.2 材料、试剂与仪器 | 第91-95页 |
| 4.2.1 实验材料 | 第91-92页 |
| 4.2.2 主要实验仪器 | 第92页 |
| 4.2.3 实验试剂 | 第92-93页 |
| 4.2.4 试剂配制 | 第93-94页 |
| 4.2.5 培养基配制 | 第94-95页 |
| 4.3 实验方法 | 第95-107页 |
| 4.3.1 分泌蛋白的预测 | 第95-96页 |
| 4.3.2 候选效应分子筛选 | 第96页 |
| 4.3.3 候选效应分子与参考基因组比对分析 | 第96页 |
| 4.3.4 不同侵染时间点样品总RNA提取 | 第96页 |
| 4.3.5 实时荧光定量PCR分析 | 第96页 |
| 4.3.6 基因组DNA的提取 | 第96-97页 |
| 4.3.7 层出镰孢菌K140108原生质体制备条件的优化 | 第97-98页 |
| 4.3.8 敲除基因同源重组序列的获得 | 第98-101页 |
| 4.3.9 基因敲除突变体的获得 | 第101-103页 |
| 4.3.10 基因回补实验 | 第103-106页 |
| 4.3.11 突变体和回补菌株表型测定 | 第106-107页 |
| 4.3.12 致病性测定 | 第107页 |
| 4.4 实验结果 | 第107-123页 |
| 4.4.1 候选效应分子筛选结果 | 第107-108页 |
| 4.4.2 与参考基因组的比对结果 | 第108-109页 |
| 4.4.3 候选效应基因不同侵染时间点的表达模式分析 | 第109-111页 |
| 4.4.4 层出镰孢菌K140108原生质体制备方法的研究 | 第111-113页 |
| 4.4.5 候选效应基因敲除和功能回复验证 | 第113-116页 |
| 4.4.6 菌落形态、生长速率以及产孢量的观察和测定 | 第116-118页 |
| 4.4.7 孢子萌发及菌丝形态的观察 | 第118-119页 |
| 4.4.8 突变体对过氧化氢敏感 | 第119-120页 |
| 4.4.9 致病性分析 | 第120-123页 |
| 4.5 讨论 | 第123-125页 |
| 4.6 本章小结 | 第125-126页 |
| 5 层出镰孢菌K140108丝裂原活化蛋白激酶基因FpPMK1的鉴定和功能研究 | 第126-138页 |
| 5.1 引言 | 第126页 |
| 5.2 材料、试剂与仪器 | 第126-127页 |
| 5.2.1 实验材料 | 第126-127页 |
| 5.2.2 主要实验仪器 | 第127页 |
| 5.2.3 实验试剂 | 第127页 |
| 5.2.4 试剂配制 | 第127页 |
| 5.2.5 培养基配制 | 第127页 |
| 5.3 实验方法 | 第127-129页 |
| 5.3.1 基因组DNA的提取 | 第127页 |
| 5.3.2 层出镰孢菌K140108中Pmk1同源基因的鉴定 | 第127页 |
| 5.3.3 FpPMK1基因与参考全基因组比对 | 第127页 |
| 5.3.4 FpPMK1基因敲除同源重组序列的获得 | 第127-128页 |
| 5.3.5 FpPMK1基因敲除突变体的获得 | 第128页 |
| 5.3.6 FpPMK1基因回补实验 | 第128-129页 |
| 5.3.7 突变体和回补菌株表型测定 | 第129页 |
| 5.3.8 AFppmk1突变体致病性测定 | 第129页 |
| 5.4 实验结果 | 第129-136页 |
| 5.4.1 FpPMK1基因筛选和参考全基因组比对 | 第129-130页 |
| 5.4.2 FpPMK1基因敲除和功能回复验证 | 第130-132页 |
| 5.4.3 菌落形态、生长速率以及产孢量的观察和测定 | 第132-133页 |
| 5.4.4 孢子萌发及菌丝形态的观察 | 第133-134页 |
| 5.4.5 突变体对过氧化氢敏感 | 第134页 |
| 5.4.6 致病性分析 | 第134-136页 |
| 5.5 讨论 | 第136-137页 |
| 5.6 本章小结 | 第137-138页 |
| 6 结论与展望 | 第138-140页 |
| 6.1 结论 | 第138页 |
| 6.2 创新点 | 第138-139页 |
| 6.3 展望 | 第139-140页 |
| 参考文献 | 第140-152页 |
| 附录A 五个候选效应基因和FpPMK1基因在Fusarium proliferatum ET1基因组上的同源序列 | 第152-166页 |
| 附录B 184个层出镰孢菌K140108候选效应基因 | 第166-171页 |
| 附录C 层出镰孢菌K140108参考转录组数据中五个候选效应基因和FpPMK1基因序列 | 第171-174页 |
| 附录D 敲除目的基因后通过测序方法对突变体菌株序列进行验证 | 第174-185页 |
| 作者简介 | 第185页 |
| 攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第185-186页 |
| 致谢 | 第186页 |
