| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-7页 |
| 1 绪论 | 第14-26页 |
| 1.1 猫科动物研究概况 | 第14-17页 |
| 1.1.1 猫科动物简介 | 第14-15页 |
| 1.1.2 我国的猫科动物资源 | 第15-16页 |
| 1.1.3 猫科动物的进化历史 | 第16-17页 |
| 1.2 保护遗传学 | 第17-22页 |
| 1.2.1 保护遗传学简介 | 第17页 |
| 1.2.2 保护遗传学研究内容 | 第17-19页 |
| 1.2.3 保护遗传学分子标记方法 | 第19-21页 |
| 1.2.4 猫科动物保护遗传学分子标记方法研究进展 | 第21-22页 |
| 1.3 NGS技术简介及应用 | 第22-23页 |
| 1.3.1 NGS测序技术简介 | 第22页 |
| 1.3.2 NGS技术在猫科动物研究中的应用进展 | 第22-23页 |
| 1.4 猫科动物保护遗传学研究不足之处 | 第23-24页 |
| 1.5 论文的研究内容、意义和创新点 | 第24-26页 |
| 1.5.1 研究内容 | 第24页 |
| 1.5.2 研究意义 | 第24-25页 |
| 1.5.3 创新点 | 第25-26页 |
| 2 猫科动物系统发生关系框架的重建及分化历史探索 | 第26-36页 |
| 2.1 引言 | 第26页 |
| 2.2 数据与方法 | 第26-29页 |
| 2.2.1 物种分类依据及物种序列信息 | 第26-27页 |
| 2.2.2 序列处理、模型策略及模型的选择 | 第27-28页 |
| 2.2.3 系统发育生物学分析 | 第28页 |
| 2.2.4 分歧时间分析 | 第28-29页 |
| 2.3 结果 | 第29-33页 |
| 2.3.1 系统发育生物学研究 | 第29-31页 |
| 2.3.2 分歧时间 | 第31-33页 |
| 2.4 讨论 | 第33-35页 |
| 2.4.1 猫科动物系统发育关系及分歧时间 | 第33-34页 |
| 2.4.2 猫科动物应对新生代气候变化 | 第34-35页 |
| 2.5 本章小结 | 第35-36页 |
| 3 基于核基因组猫科4个代表物种微卫星位点的识别与分子标记的开发 | 第36-42页 |
| 3.1 引言 | 第36页 |
| 3.2 数据与方法 | 第36-37页 |
| 3.3 结果与讨论 | 第37-41页 |
| 3.4 本章小结 | 第41-42页 |
| 4 NGS技术检测大量SSR标记在圈养东北虎中的多态性 | 第42-53页 |
| 4.1 引言 | 第42页 |
| 4.2 材料和方法 | 第42-49页 |
| 4.2.1 样本信息 | 第42-43页 |
| 4.2.2 SSR分子标记信息 | 第43-46页 |
| 4.2.3 基因组提取、PCR扩增及测序 | 第46-47页 |
| 4.2.4 生物信息学 | 第47-49页 |
| 4.3 结果 | 第49-51页 |
| 4.4 讨论 | 第51-52页 |
| 4.5 本章小结 | 第52-53页 |
| 5 多拷贝微卫星在圈养东北虎保护遗传学研究中的应用 | 第53-62页 |
| 5.1 引言 | 第53页 |
| 5.2 材料和方法 | 第53-56页 |
| 5.2.1 样本信息 | 第53页 |
| 5.2.2 多拷贝SSR标记信息 | 第53-54页 |
| 5.2.3 PCR扩增及测序 | 第54页 |
| 5.2.4 生物信息学分析 | 第54-55页 |
| 5.2.5 数据分析 | 第55-56页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第56-61页 |
| 5.3.1 多拷贝SSR多样性 | 第56-58页 |
| 5.3.2 圈养东北虎多拷贝SSR基因多样性分析 | 第58-59页 |
| 5.3.3 圈养东北虎遗传结构分析 | 第59-60页 |
| 5.3.4 多拷贝SSR有做为DNA指纹的潜力 | 第60-61页 |
| 5.4 本章小结 | 第61-62页 |
| 6 NGS和并行标记对多个体圈养虎线粒体基因组测序及应用 | 第62-76页 |
| 6.1 引言 | 第62页 |
| 6.2 材料和方法 | 第62-69页 |
| 6.2.1 样本信息、引物信息及PCR扩增 | 第62-64页 |
| 6.2.2 扩增产物合并、个体特异性条码连接及测序 | 第64-66页 |
| 6.2.3 生物信息学 | 第66-68页 |
| 6.2.4 线粒体基因组注释及SNP探测 | 第68页 |
| 6.2.5 系统育关系及遗传结构分析 | 第68页 |
| 6.2.6 支系数量及群体大小变化随时间变化关系分析 | 第68-69页 |
| 6.3 结果 | 第69-73页 |
| 6.3.1 线粒体基因组组装及SNPs位点统计 | 第69-70页 |
| 6.3.2 系统发育关系 | 第70-71页 |
| 6.3.3 遗传结构分析 | 第71-72页 |
| 6.3.4 支系数量及群体大小变化随时间变化关系 | 第72-73页 |
| 6.4 讨论 | 第73-74页 |
| 6.4.1 测序及序列分析 | 第73页 |
| 6.4.2 遗传学分析 | 第73-74页 |
| 6.5 本章小结 | 第74-76页 |
| 结论与展望 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-87页 |
| 附录 | 第87-112页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第112-113页 |
| 致谢 | 第113-115页 |
| 附件 | 第115-116页 |
