| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 缩略词表 | 第12-13页 |
| 1 前言 | 第13-27页 |
| 1.1 木薯概述 | 第13-14页 |
| 1.1.1 木薯简介 | 第13页 |
| 1.1.2 木薯的经济价值与生产加工 | 第13-14页 |
| 1.2 高通量测序技术体系及其主要应用 | 第14-20页 |
| 1.2.1 高通量技术体系 | 第14-16页 |
| 1.2.2 基因组denovo测序 | 第16-17页 |
| 1.2.3 变异检测 | 第17-20页 |
| 1.2.4 RNA测序 | 第20页 |
| 1.3 植物关联分析研究进展 | 第20-22页 |
| 1.3.1 关联分析的基础与策略 | 第20-21页 |
| 1.3.2 关联分析在植物中的发展趋势 | 第21-22页 |
| 1.4 木薯种质资源遗传研究进展 | 第22-26页 |
| 1.4.1 木薯种质资源的收集与利用 | 第22-23页 |
| 1.4.2 木薯种质资源的多样性评价 | 第23-24页 |
| 1.4.3 木薯遗传图谱构建和主要性状的QTL定位 | 第24-26页 |
| 1.5 本研究的目的与意义 | 第26-27页 |
| 2 材料和方法 | 第27-39页 |
| 2.1 木薯实验群体的材料来源与田间种植 | 第27-30页 |
| 2.1.1 木薯实验群体的材料来源 | 第27-30页 |
| 2.1.2 田间种植实验 | 第30页 |
| 2.2 木薯主要农艺性状鉴定与分析 | 第30-33页 |
| 2.2.1 木薯主要农艺性状鉴定 | 第30-32页 |
| 2.2.2 产后生理衰变的测定 | 第32页 |
| 2.2.3 木薯23个农艺性状的表型分析 | 第32-33页 |
| 2.3 木薯关联群体基因型鉴定 | 第33-37页 |
| 2.3.1 DNA提取 | 第33-34页 |
| 2.3.2 AFSM建库测序 | 第34-36页 |
| 2.3.3 SNP提取与注释 | 第36-37页 |
| 2.4 群体结构与连锁不平衡分析 | 第37页 |
| 2.5 连锁不平衡(LD)分析 | 第37页 |
| 2.6 关联分析 | 第37-38页 |
| 2.7 候选基因筛选及其表达分析 | 第38页 |
| 2.8 候选基因GO(Gene Ontology)注释 | 第38-39页 |
| 3 研究结果 | 第39-92页 |
| 3.1 表型分析 | 第39-55页 |
| 3.1.1 表型性状的多样性分析 | 第39-45页 |
| 3.1.2 木薯PPD分析 | 第45-46页 |
| 3.1.3 数量性状的BLUP分析和广义遗传力的评估 | 第46-48页 |
| 3.1.4 木薯种质资源的表型聚类分析 | 第48-50页 |
| 3.1.5 表型相关性和主成分分析 | 第50-53页 |
| 3.1.6 木薯种质的综合评价 | 第53-55页 |
| 3.2 木薯群体基因型变异分析 | 第55-58页 |
| 3.2.1 木薯DNA提取、建库、测序与变异位点统计 | 第55-57页 |
| 3.2.2 SNP多态性分析 | 第57-58页 |
| 3.3 木薯群体结构 | 第58-61页 |
| 3.4 木薯遗传多样性 | 第61页 |
| 3.5 木薯全基因组的连锁不平衡 | 第61-62页 |
| 3.6 重要农艺性状的关联分析 | 第62-87页 |
| 3.7 显著性位点的一因多效分析 | 第87-88页 |
| 3.8 候选基因在不同组织的表达模式 | 第88-90页 |
| 3.9 候选基因的GO注释 | 第90-92页 |
| 4 讨论 | 第92-98页 |
| 4.1 表型多样性与综合性评价 | 第92-93页 |
| 4.2 木薯遗传多样性 | 第93页 |
| 4.3 群体结构与连锁不平衡 | 第93-94页 |
| 4.4 测序技术与群体大小 | 第94-95页 |
| 4.5 木薯主要性状的关联分析 | 第95-97页 |
| 4.6 展望 | 第97-98页 |
| 结论 | 第98-99页 |
| 参考文献 | 第99-112页 |
| 附录 | 第112-139页 |
| 附录1 木薯鲜薯淀粉含量的测定 | 第112-113页 |
| 附录2 CTAB法提取叶片DNA | 第113页 |
| 附录3 接头、barcode和引物 | 第113-115页 |
| 附录4 木薯每个材料的测序数据量 | 第115-116页 |
| 附图1 质量性状的全基因组关联分析 | 第116-117页 |
| 附图2 淀粉含量的全基因组关联分析 | 第117-118页 |
| 附图3 干物质含量的全基因关联分析 | 第118-121页 |
| 附图4 块根条数的全基因组关联分析 | 第121-123页 |
| 附图5 块根产量的全基因组关联分析 | 第123-125页 |
| 附图6 干物质产量的全基因关联分析 | 第125-127页 |
| 附图7 第一分支高度的全基因组关联分析 | 第127-129页 |
| 附图8 主茎粗的全基因组关联分析 | 第129-131页 |
| 附图9 中间裂叶长度的全基因组关联分析 | 第131-133页 |
| 附图10 中间裂叶宽度的全基因组关联分析 | 第133-134页 |
| 附图11 叶柄长度的全基因组关联分析 | 第134-135页 |
| 附图12 裂叶长宽比的全基因组关联分析 | 第135-138页 |
| 附图13 PPD的全基因组关联分析 | 第138-139页 |
| 在校期间发表论文情况 | 第139-140页 |
| 致谢 | 第140-141页 |
