| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第11-21页 |
| 1.1 课题研究背景及意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-19页 |
| 1.2.1 DNA-AuNPs自组装 | 第12-17页 |
| 1.2.2 分子模拟 | 第17-19页 |
| 1.3 本文主要工作 | 第19-21页 |
| 第二章 分子动力学模拟 | 第21-40页 |
| 2.1 分子动力学简介 | 第21-22页 |
| 2.2 分子动力学模拟算法 | 第22-29页 |
| 2.2.1 MD基本原理 | 第22-23页 |
| 2.2.2 运动方程数值求解 | 第23-25页 |
| 2.2.3 周期性边界条件 | 第25-26页 |
| 2.2.4 统计系综 | 第26-28页 |
| 2.2.5 能量最小化 | 第28-29页 |
| 2.3 势函数 | 第29-37页 |
| 2.3.1 势函数简介 | 第29-32页 |
| 2.3.2 LJ势函数 | 第32-33页 |
| 2.3.3 AMBER势函数 | 第33-34页 |
| 2.3.4 CHARMM势函数 | 第34页 |
| 2.3.5 COMPASS势函数 | 第34-37页 |
| 2.4 MD模拟方法及软件 | 第37-39页 |
| 2.4.1 MD模拟方法及软件简介 | 第37-38页 |
| 2.4.2 Materials Studio软件 | 第38-39页 |
| 2.5 本章小结 | 第39-40页 |
| 第三章 DNA-AuNPs自组装模拟方案 | 第40-57页 |
| 3.1 模拟体系总体需求 | 第40页 |
| 3.2 DNA-AuNPs自组装方案探索 | 第40-43页 |
| 3.2.1 LAMMPS软件模拟 | 第40-42页 |
| 3.2.2 NAMD软件模拟 | 第42-43页 |
| 3.3 Materials Studio软件模拟 | 第43-47页 |
| 3.3.1 DNA建模 | 第43-45页 |
| 3.3.2 金纳米粒子建模 | 第45-46页 |
| 3.3.3 水分子建模 | 第46-47页 |
| 3.4 粒子间相互作用势 | 第47-49页 |
| 3.5 结构优化 | 第49-53页 |
| 3.5.1 AuNPs结构优化 | 第50-51页 |
| 3.5.2 DNA结构优化 | 第51-52页 |
| 3.5.3 水分子结构优化 | 第52-53页 |
| 3.6 创建DNA-AuNPs体系 | 第53-55页 |
| 3.6.1 DNA-AuNPs真空体系 | 第53-54页 |
| 3.6.2 DNA-AuNPs水溶液体系 | 第54-55页 |
| 3.7 能量最小化 | 第55-56页 |
| 3.8 本章小结 | 第56-57页 |
| 第四章 DNA-AuNPs自组装MD模拟及结果分析 | 第57-71页 |
| 4.1 前言 | 第57页 |
| 4.2 DNA-AuNPs自组装及结果分析 | 第57-62页 |
| 4.2.1 弛豫时间分析 | 第58页 |
| 4.2.2 构象分析 | 第58-60页 |
| 4.2.3 均方根偏差分析 | 第60-61页 |
| 4.2.4 能量分析 | 第61-62页 |
| 4.2.5 结论 | 第62页 |
| 4.3 水溶液对DNA-Au NPs自组装的影响 | 第62-66页 |
| 4.3.1 弛豫时间分析 | 第62-64页 |
| 4.3.2 构象分析 | 第64页 |
| 4.3.3 均方根偏差分析 | 第64-65页 |
| 4.3.4 吸附能分析 | 第65-66页 |
| 4.3.5 结论 | 第66页 |
| 4.4 温度对DNA-AuNPs自组装的影响 | 第66-70页 |
| 4.4.1 弛豫时间分析 | 第66-67页 |
| 4.4.2 构象分析 | 第67-69页 |
| 4.4.3 均方根偏差分析 | 第69页 |
| 4.4.4 吸附能分析 | 第69-70页 |
| 4.4.5 结论 | 第70页 |
| 4.5 本章小结 | 第70-71页 |
| 第五章 总结与展望 | 第71-73页 |
| 5.1 本文总结 | 第71-72页 |
| 5.2 展望 | 第72-73页 |
| 致谢 | 第73-74页 |
| 参考文献 | 第74-79页 |
| 附录一 | 第79-80页 |
| 附录二 | 第80-82页 |
| 附录三 | 第82-83页 |
| 附录四 | 第83-85页 |
| 附录五 | 第85-89页 |