| 摘要 | 第4-6页 |
| Abstract | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第15-29页 |
| 1.1 课题背景及意义 | 第15-17页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第15-16页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第16-17页 |
| 1.2 相关知识介绍 | 第17-20页 |
| 1.2.1 系统树 | 第17-18页 |
| 1.2.2 系统发生网络 | 第18-20页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第20-27页 |
| 1.3.1 基于基因组数据的进化模型 | 第20-21页 |
| 1.3.2 系统树构建算法 | 第21-23页 |
| 1.3.3 系统发生网络空间上的度量 | 第23-24页 |
| 1.3.4 系统发生网络构建算法 | 第24-27页 |
| 1.4 本文主要工作 | 第27-29页 |
| 第2章 DNA序列间距离计算方法 | 第29-36页 |
| 2.1 引言 | 第29页 |
| 2.2 JCV方法 | 第29-31页 |
| 2.3 实验与讨论 | 第31-35页 |
| 2.3.1 JCV方法在模拟数据集上的验证 | 第31-32页 |
| 2.3.2 JCV方法在真实数据集上的验证 | 第32-33页 |
| 2.3.3 讨论 | 第33-35页 |
| 2.4 本章小结 | 第35-36页 |
| 第3章 基于距离的系统树构建算法 | 第36-55页 |
| 3.1 引言 | 第36-39页 |
| 3.2 邻接法介绍 | 第39-44页 |
| 3.3 邻接法改进算法 | 第44-51页 |
| 3.3.1 邻接法改进算法及时间复杂度 | 第44-47页 |
| 3.3.2 邻接法改进算法的理论证明 | 第47-49页 |
| 3.3.3 实验与讨论 | 第49-51页 |
| 3.4 FastJoin算法 | 第51-54页 |
| 3.4.1 RapidNJ算法与ERapidNJ算法 | 第51-52页 |
| 3.4.2 FastJoin算法 | 第52页 |
| 3.4.3 实验与讨论 | 第52-54页 |
| 3.5 本章小结 | 第54-55页 |
| 第4章 部分简化系统发生网络空间上度量的定义 | 第55-71页 |
| 4.1 引言 | 第55-57页 |
| 4.2 部分简化系统发生网络空间 | 第57-61页 |
| 4.2.1 有源系统发生网络的同构 | 第57-58页 |
| 4.2.2 简化系统发生网络空间介绍 | 第58-59页 |
| 4.2.3 部分简化系统发生网络空间介绍 | 第59-61页 |
| 4.3 de度量 | 第61-68页 |
| 4.3.1 节点的半等价与等价关系 | 第61-66页 |
| 4.3.2 de度量的定义 | 第66-67页 |
| 4.3.3 de度量的计算算法 | 第67-68页 |
| 4.4 本章小结 | 第68-69页 |
| 附图 | 第69-71页 |
| 第5章 基于有根系统树的系统发生网络构建算法 | 第71-107页 |
| 5.1 引言 | 第71-72页 |
| 5.2 有源系统发生网络的相关概念及算法 | 第72-80页 |
| 5.2.1 相关概念 | 第72-77页 |
| 5.2.2 CASS算法 | 第77-78页 |
| 5.2.3 种子增长算法 | 第78-80页 |
| 5.3 不相容物种及分离物种 | 第80-84页 |
| 5.4 LNETWORK方法 | 第84-99页 |
| 5.4.1 LNETWORK的主定理 | 第84-85页 |
| 5.4.2 LNETWORK算法 | 第85-88页 |
| 5.4.3 算法例子 | 第88-95页 |
| 5.4.4 实验与讨论 | 第95-99页 |
| 5.5 BIMLR方法 | 第99-105页 |
| 5.5.1 BIMLR的主定理 | 第99-100页 |
| 5.5.2 BIMLR算法 | 第100-101页 |
| 5.5.3 实验与讨论 | 第101-105页 |
| 5.6 本章小结 | 第105-107页 |
| 结论 | 第107-109页 |
| 参考文献 | 第109-122页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其他成果 | 第122-124页 |
| 致谢 | 第124-125页 |
| 个人简历 | 第125页 |