| 摘要 | 第5-6页 |
| Abstract | 第6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-13页 |
| 1.1 课题研究背景及研究意义 | 第9-11页 |
| 1.1.1 系统生物学的研究任务 | 第9页 |
| 1.1.2 蛋白质相互作用的研究意义 | 第9-10页 |
| 1.1.3 复杂网络的研究 | 第10页 |
| 1.1.4 蛋白质网络研究的进展 | 第10-11页 |
| 1.2 论文的主要研究工作 | 第11-12页 |
| 1.3 本文的组织结构 | 第12-13页 |
| 第二章 蛋白质网络概述及相关挖掘算法 | 第13-27页 |
| 2.1 基本概念 | 第13-15页 |
| 2.2 结构特性 | 第15-21页 |
| 2.2.1 小世界特性 | 第16-17页 |
| 2.2.2 无标度特性 | 第17-18页 |
| 2.2.3 模块结构 | 第18-19页 |
| 2.2.4 稳健性和脆弱性 | 第19-21页 |
| 2.3 蛋白质网络复合物挖掘算法 | 第21-26页 |
| 2.3.1 基于网络拓扑结构的蛋白质复合物挖掘算法 | 第21-24页 |
| 2.3.2 基于多元数据的蛋白质复合物挖掘算法 | 第24-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-27页 |
| 第三章 基于传播理论与基因本体加权PPI网络的蛋白质复合物挖掘算法 | 第27-44页 |
| 3.1 引言 | 第27页 |
| 3.2 基于基因本体将无权网络图变为有权网络图 | 第27-30页 |
| 3.2.1 基因本体的介绍 | 第28-29页 |
| 3.2.2 GO术语的相似性计算 | 第29-30页 |
| 3.2.3 构建PPI加权网络 | 第30页 |
| 3.3 算法GO-TSA | 第30-36页 |
| 3.3.1 信号更新策略定义 | 第32页 |
| 3.3.2 跳转衰减因子 | 第32页 |
| 3.3.3 算法思想和基本过程 | 第32-36页 |
| 3.4 实验结果与分析 | 第36-42页 |
| 3.4.1 复合物评价方法的介绍 | 第36-38页 |
| 3.4.2 不同参数下的聚类结果分析 | 第38-40页 |
| 3.4.3 与已知蛋白质复合物的比较 | 第40-42页 |
| 3.4.4 功能富集性分析 | 第42页 |
| 3.5 本章小结 | 第42-44页 |
| 第四章 基于传播理论的重叠蛋白质复合物挖掘算法研究 | 第44-53页 |
| 4.1 引言 | 第44页 |
| 4.2 算法GO-OTSA | 第44-47页 |
| 4.2.1 相关结构的定义 | 第44-45页 |
| 4.2.2 更新策略 | 第45-46页 |
| 4.2.3 算法思想 | 第46-47页 |
| 4.3 实验结果与分析 | 第47-52页 |
| 4.3.1 与已知蛋白质复合物的比较 | 第48-50页 |
| 4.3.2 功能富集和共定位富集分析 | 第50-51页 |
| 4.3.3 重叠率分析 | 第51-52页 |
| 4.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 第五章 总结 | 第53-55页 |
| 5.1 本文的工作总结 | 第53-54页 |
| 5.2 展望 | 第54-55页 |
| 参考文献 | 第55-59页 |
| 致谢 | 第59页 |
