| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5页 |
| 第1章 绪论 | 第8-13页 |
| 1.1 课题的研究背景和意义 | 第8页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第8-12页 |
| 1.2.1 常用序列比对算法 | 第9-10页 |
| 1.2.2 并行序列比对现状 | 第10-12页 |
| 1.3 论文的主要内容 | 第12-13页 |
| 第2章 序列比对和并行计算 | 第13-27页 |
| 2.1 序列比对 | 第13-18页 |
| 2.1.1 全局比对 | 第14-16页 |
| 2.1.2 局部比对 | 第16-18页 |
| 2.1.3 近似比对 | 第18页 |
| 2.1.4 多序列比对 | 第18页 |
| 2.2 序列比对相关知识 | 第18-22页 |
| 2.2.1 后缀树 | 第18-21页 |
| 2.2.2 利用后缀树进行字符串匹配 | 第21-22页 |
| 2.3 并行计算 | 第22-26页 |
| 2.3.1 OPENMP简介 | 第23页 |
| 2.3.2 Needleman-Wunsch算法并行化 | 第23-25页 |
| 2.3.3 分析算法的潜在并行性 | 第25-26页 |
| 2.4 本章小结 | 第26-27页 |
| 第3章 双序列比对算法的并行化设计 | 第27-47页 |
| 3.1 Hirschberg算法的并行化设计 | 第27-31页 |
| 3.1.1 Hirschberg算法步骤 | 第27-29页 |
| 3.1.2 Hirschberg算法并行化 | 第29-30页 |
| 3.1.3 实验结果和分析 | 第30-31页 |
| 3.2 MUMmer算法的并行化设计 | 第31-40页 |
| 3.2.1 MUMmer算法步骤 | 第31-33页 |
| 3.2.2 MUMmer算法并行化 | 第33-39页 |
| 3.2.3 实验与实验结果分析 | 第39-40页 |
| 3.3 FASTA算法的并行化设计 | 第40-45页 |
| 3.3.1 FASTA算法步骤 | 第40-42页 |
| 3.3.2 FASTA算法的并行化 | 第42-45页 |
| 3.3.3 实验与分析 | 第45页 |
| 3.4 本章小结 | 第45-47页 |
| 第4章 多序列比对算法的并行化研究 | 第47-53页 |
| 4.1 Clustal W算法步骤 | 第47-50页 |
| 4.2 Clustal W算法的并行化 | 第50-51页 |
| 4.2.1 距离矩阵的并行化获取 | 第50-51页 |
| 4.2.2 通过进化树获取多序列比对结果 | 第51页 |
| 4.3 实验与分析 | 第51-52页 |
| 4.4 本章小结 | 第52-53页 |
| 结论 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-58页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第58-60页 |
| 致谢 | 第60页 |