| 摘要 | 第4-8页 |
| Abstract | 第8-11页 |
| 符号说明 | 第12-21页 |
| 第一章 文献综述 | 第21-37页 |
| 1 海豚链球菌的国内外研究概况 | 第21-27页 |
| 1.1 海豚链球菌的发现与命名 | 第21页 |
| 1.2 海豚链球菌的生物学特性 | 第21-23页 |
| 1.2.1 生长特性 | 第21-22页 |
| 1.2.2 生化特性 | 第22页 |
| 1.2.3 血清型 | 第22-23页 |
| 1.3 海豚链球菌的流行病学研究 | 第23-25页 |
| 1.3.1 海豚链球菌的易感宿主 | 第23-24页 |
| 1.3.2 海豚链球菌的流行区域 | 第24页 |
| 1.3.3 海豚链球菌的来源 | 第24页 |
| 1.3.4 海豚链球菌的感染途径 | 第24-25页 |
| 1.3.5 海豚链球菌的感染环境 | 第25页 |
| 1.4 海豚链球菌的鉴定与分型 | 第25-26页 |
| 1.4.1 形态和生化特性鉴定 | 第25页 |
| 1.4.2 分子生物学技术 | 第25-26页 |
| 1.4.3 免疫学技术 | 第26页 |
| 1.5 海豚链球菌感染后的临床症状和病理表现 | 第26-27页 |
| 1.6 海豚链球菌的治疗 | 第27页 |
| 1.6.1 哺乳动物的治疗 | 第27页 |
| 1.6.2 鱼类的治疗 | 第27页 |
| 2 鱼类疫苗研究进展 | 第27-33页 |
| 2.1 鱼类疫苗的发展 | 第27-28页 |
| 2.2 商品化的鱼类疫苗 | 第28-29页 |
| 2.3 鱼类疫苗免疫方式 | 第29-30页 |
| 2.3.1 口服免疫 | 第29页 |
| 2.3.2 浸泡免疫 | 第29-30页 |
| 2.3.3 注射免疫 | 第30页 |
| 2.4 鱼类疫苗的类型 | 第30-33页 |
| 2.4.1 灭活疫苗 | 第31页 |
| 2.4.2 弱毒疫苗 | 第31-32页 |
| 2.4.3 核酸疫苗 | 第32页 |
| 2.4.4 亚单位疫苗 | 第32-33页 |
| 3 海豚链球菌疫苗研究进展 | 第33-35页 |
| 3.1 海豚链球菌疫苗种类 | 第33-34页 |
| 3.2 海豚链球菌疫苗候选抗原筛选 | 第34-35页 |
| 3.2.1 毒力基因筛选 | 第34-35页 |
| 3.2.2 免疫蛋白质组学筛选 | 第35页 |
| 3.2.3 细菌基因组筛选 | 第35页 |
| 4 研究目的与意义 | 第35-37页 |
| 第二章 海豚链球菌DX09株全基因组测序分析 | 第37-59页 |
| 前言 | 第37页 |
| 1 实验材料 | 第37-38页 |
| 1.1 菌株 | 第37页 |
| 1.2 组织病料 | 第37页 |
| 1.3 主要试剂 | 第37-38页 |
| 1.4 主要试剂配制 | 第38页 |
| 1.5 主要仪器 | 第38页 |
| 2 方法 | 第38-42页 |
| 2.1 菌株鉴定 | 第38页 |
| 2.2 菌株对鱼体组织损伤观察 | 第38-39页 |
| 2.3 全基因组测序菌株准备和DNA制备 | 第39页 |
| 2.4 菌株全基因组测序、组装和基本功能分析 | 第39-42页 |
| 2.4.1 Illumina Miseq测序 | 第39页 |
| 2.4.2 原始数据处理 | 第39-40页 |
| 2.4.3 序列组装和数据上传 | 第40页 |
| 2.4.4 基因预测和基本功能注释 | 第40-41页 |
| 2.4.5 保守性免疫原性基因决定簇的预测 | 第41-42页 |
| 3 结果 | 第42-57页 |
| 3.1 菌株鉴定结果 | 第42-43页 |
| 3.2 患病鱼体病理学观察 | 第43-44页 |
| 3.3 菌株测序质量和组装结果 | 第44-57页 |
| 3.3.1 原始测序数据质控 | 第44-46页 |
| 3.3.2 测序数据统计 | 第46页 |
| 3.3.3 组装结果 | 第46页 |
| 3.3.4 rRNA/tRNA预测 | 第46-48页 |
| 3.3.5 基因预测结果 | 第48页 |
| 3.3.6 基因功能预测结果 | 第48-50页 |
| 3.3.7 保守性免疫原性基因决定簇的预测 | 第50-57页 |
| 4 讨论 | 第57-58页 |
| 5 小结 | 第58-59页 |
| 第三章 海豚链球菌DX09比较基因组学研究 | 第59-78页 |
| 前言 | 第59-60页 |
| 1 实验菌株 | 第60页 |
| 2 方法 | 第60-61页 |
| 2.1 可塑性区域1 (PZ-Ⅰ)和可塑性区域2(PZ-Ⅱ)的生物信息学分析 | 第60页 |
| 2.2 海豚链球菌DX09和海豚链球菌SF1基因组共线性分析 | 第60-61页 |
| 3 结果 | 第61-76页 |
| 3.1 S.iniae DX09,ISET0901,ISNO,CAIM 527,IUSA1和SF1中特异性的包含ess基因座的可塑性区域1(PZ-Ⅰ regions)的鉴定 | 第61-64页 |
| 3.2 厚壁菌门和放线菌门7型分泌系统基因簇和基因的比较分析 | 第64-68页 |
| 3.3 YSFST01-82,9117,CAIM 527,KCTC 11634BP和IUSA1包含特异性PTS系统的可塑性区域2 (PZ-Ⅱ regions)的鉴定 | 第68-71页 |
| 3.4 海豚链球菌中PRD结构域的转录调控因子对摄取半乳糖醇的调控作用的预测 | 第71-74页 |
| 3.5 PZ-Ⅰ和PZ-Ⅱ可能介导了不同的宿主生态位的适应性 | 第74-76页 |
| 4 讨论 | 第76-77页 |
| 5 小结 | 第77-78页 |
| 第四章 海豚链球菌DX09株5个疫苗候选蛋白基因生物信息学分析 | 第78-111页 |
| 前言 | 第78页 |
| 1 试验方法 | 第78页 |
| 2 结果 | 第78-109页 |
| 2.1 核酸序列特征分析 | 第78-83页 |
| 2.2 氨基酸序列特征分析 | 第83-109页 |
| 2.2.1 基本理化性质 | 第83-87页 |
| 2.2.2 保守结构域分析 | 第87-89页 |
| 2.2.3 同源性和进化树分析 | 第89-94页 |
| 2.2.4 信号肽和跨膜区、亚细胞定位 | 第94-99页 |
| 2.2.5 亲/疏水性分析 | 第99-102页 |
| 2.2.6 抗原表位预测 | 第102-104页 |
| 2.2.7 二级结构与三级结构预测 | 第104-109页 |
| 3 讨论 | 第109-110页 |
| 4 小结 | 第110-111页 |
| 第五章 5个疫苗候选蛋白基因的原核表达及免疫原性分析 | 第111-134页 |
| 前言 | 第111页 |
| 1 试验材料 | 第111-114页 |
| 1.1 试验菌株和载体 | 第111页 |
| 1.2 主要试剂 | 第111-112页 |
| 1.3 主要仪器 | 第112页 |
| 1.4 主要溶液的配制 | 第112-114页 |
| 1.4.1 主要培养基和溶液的配制 | 第112页 |
| 1.4.2 琼脂糖凝胶电泳所用溶液 | 第112-113页 |
| 1.4.3 SDS-PAGE电泳相关溶液 | 第113页 |
| 1.4.4 Western-blot相关试剂配置 | 第113-114页 |
| 2 试验方法 | 第114-119页 |
| 2.1 引物设计与合成 | 第114页 |
| 2.2 目的基因的PCR扩增 | 第114页 |
| 2.3 T载体连接 | 第114-115页 |
| 2.4 DH5α感受态细胞的转化 | 第115页 |
| 2.5 五个基因T克隆的鉴定 | 第115-116页 |
| 2.5.1 菌落PCR鉴定 | 第115页 |
| 2.5.2 酶切鉴定 | 第115-116页 |
| 2.5.3 测序鉴定 | 第116页 |
| 2.6 重组表达载体的构建及鉴定 | 第116-118页 |
| 2.6.1 质粒DNA的提取 | 第116页 |
| 2.6.2 质粒DNA的酶切及纯化回收 | 第116页 |
| 2.6.3 质粒DNA的连接 | 第116-117页 |
| 2.6.4 重组表达质粒的转化 | 第117页 |
| 2.6.5 重组表达质粒的PCR鉴定 | 第117页 |
| 2.6.6 重组表达质粒的双酶切鉴定 | 第117-118页 |
| 2.6.7 重组表达质粒的测序鉴定 | 第118页 |
| 2.7 重组蛋白的诱导表达及分布 | 第118页 |
| 2.8 重组蛋白的纯化 | 第118-119页 |
| 2.9 重组蛋白的抗原性分析 | 第119页 |
| 3 结果与分析 | 第119-130页 |
| 3.1 五个基因PCR扩增及其T克隆 | 第119-122页 |
| 3.2 重组表达载体的构建与鉴定 | 第122-125页 |
| 3.3 重组蛋白的诱导表达及分布鉴定 | 第125-129页 |
| 3.4 重组蛋白的抗原性分析 | 第129-130页 |
| 4 讨论 | 第130-133页 |
| 5 小结 | 第133-134页 |
| 第六章 5个亚单位候选疫苗对斑点叉尾鮰的免疫效果评价 | 第134-146页 |
| 前言 | 第134页 |
| 1 试验材料 | 第134-136页 |
| 1.1 试验菌株和蛋白 | 第134页 |
| 1.2 试验动物 | 第134-135页 |
| 1.3 主要试剂 | 第135页 |
| 1.4 主要仪器 | 第135页 |
| 1.5 主要溶液的配制 | 第135-136页 |
| 2 试验方法 | 第136-138页 |
| 2.1 菌株复壮 | 第136页 |
| 2.2 亚单位疫苗制备 | 第136-137页 |
| 2.3 免疫实验 | 第137页 |
| 2.4 抗体水平检测 | 第137-138页 |
| 2.5 攻毒实验 | 第138页 |
| 2.6 统计学分析 | 第138页 |
| 3. 结果 | 第138-141页 |
| 3.1 抗体水平检测 | 第138-140页 |
| 3.2 免疫保护率 | 第140-141页 |
| 4. 讨论 | 第141-145页 |
| 5. 小结 | 第145-146页 |
| 全文总结 | 第146-147页 |
| 参考文献 | 第147-162页 |
| 致谢 | 第162-163页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第163页 |
