| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-49页 |
| 1.1 深海及深海化能合成生态系统 | 第13-24页 |
| 1.1.1 深海及深海环境介绍 | 第13-14页 |
| 1.1.2 深海化能合成生态系统 | 第14-15页 |
| 1.1.3 深海化能合成生态系统主要类型和分布 | 第15-16页 |
| 1.1.4 深海生物适应性 | 第16-20页 |
| 1.1.5 深海生物起源和演化 | 第20-21页 |
| 1.1.6 深海偏顶蛤 | 第21-23页 |
| 1.1.7 深海研究相关设备 | 第23-24页 |
| 1.2 胁迫应激及免疫防御系统 | 第24-26页 |
| 1.2.1 胁迫应激系统 | 第25-26页 |
| 1.2.2 免疫防御系统 | 第26页 |
| 1.3 共生 | 第26-43页 |
| 1.3.1 共生体系中不同生物生活史的融合 | 第27-30页 |
| 1.3.2 共生体系的相互作用 | 第30-41页 |
| 1.3.3 深海化能合成生态系统共生相关的研究 | 第41-43页 |
| 1.4 多组学分析及应用 | 第43-47页 |
| 1.4.1 高通量测序及多组学分析 | 第43-44页 |
| 1.4.2 生态基因组学的应用 | 第44-47页 |
| 1.5 研究目的和意义 | 第47-49页 |
| 1.5.1 研究意义 | 第47-48页 |
| 1.5.2 研究主要内容及目的 | 第48-49页 |
| 第二章 基因组大小测定及不同群体的比较分析 | 第49-61页 |
| 2.1 前言 | 第49-50页 |
| 2.2 材料和方法 | 第50-53页 |
| 2.2.1 样品采集和保存 | 第50-51页 |
| 2.2.2 细胞悬液制备 | 第51-52页 |
| 2.2.3 基因组大小的测定 | 第52-53页 |
| 2.2.4 统计分析 | 第53页 |
| 2.3 结果 | 第53-55页 |
| 2.3.1 基因组大小 | 第53-54页 |
| 2.3.2 热液和冷泉同种生物C值比较 | 第54-55页 |
| 2.4 讨论 | 第55-61页 |
| 2.4.1 基因组大小的差异 | 第55-57页 |
| 2.4.2 深海化能极端环境对基因组大小的影响 | 第57-59页 |
| 2.4.3 小结 | 第59-61页 |
| 第三章 深海偏顶蛤B.platifrons基因组测序及分析 | 第61-79页 |
| 3.1 前言 | 第61-62页 |
| 3.2 材料和方法 | 第62-65页 |
| 3.2.1 材料和样品 | 第62-63页 |
| 3.2.2 基因组survey评估、基因组测序、组装及注释 | 第63-64页 |
| 3.2.3 基因组分析 | 第64-65页 |
| 3.3 结果 | 第65-76页 |
| 3.3.1 基因组survey评估结果 | 第65-66页 |
| 3.3.2 基因组测序结果 | 第66-68页 |
| 3.3.3 基因组组装结果及评估 | 第68-69页 |
| 3.3.4 基因组注释结果 | 第69-71页 |
| 3.3.5 比较基因组分析结果 | 第71-76页 |
| 3.4 讨论 | 第76-79页 |
| 第四章 深海偏顶蛤贻贝系统发育及其演化关系的研究 | 第79-105页 |
| 4.1 前言 | 第79-80页 |
| 4.2 材料和方法 | 第80-82页 |
| 4.2.1 DNA提取及线粒体基因组测序 | 第80-81页 |
| 4.2.2 线粒体基因组注释和分析 | 第81页 |
| 4.2.3 系统发育分析 | 第81-82页 |
| 4.2.4 种群遗传学分析 | 第82页 |
| 4.3 结果 | 第82-95页 |
| 4.3.1 四种贻贝的线粒体基因组特征 | 第82-88页 |
| 4.3.2 贻贝线粒体基因组比较 | 第88-90页 |
| 4.3.3 系统发育分析和分歧时间估计 | 第90-92页 |
| 4.3.4 线粒体基因组基因排列比较 | 第92-94页 |
| 4.3.5 B.platifrons种群连通性 | 第94-95页 |
| 4.4 讨论 | 第95-105页 |
| 4.4.1 贻贝线粒体基因组演化 | 第95-98页 |
| 4.4.2 深海贝起源 | 第98-100页 |
| 4.4.3 更新贻贝的系统发育关系 | 第100-101页 |
| 4.4.4 热液和冷泉群体的连通性 | 第101-102页 |
| 4.4.5 小结 | 第102-105页 |
| 第五章 深海偏顶蛤贻贝适应性及贻贝宿主与共生菌的相互作用 | 第105-125页 |
| 5.1 前言 | 第105-106页 |
| 5.2 材料和方法 | 第106-108页 |
| 5.2.1 贻贝样品及转录组测序 | 第106-107页 |
| 5.2.2 数据挖掘及功能注释 | 第107页 |
| 5.2.3 直系同源基因预测和受正选择基因筛选 | 第107-108页 |
| 5.2.4 差异分析和系统发育分析及统计 | 第108页 |
| 5.3 结果 | 第108-118页 |
| 5.3.1 Illumina测序及组装 | 第108-109页 |
| 5.3.2 基因注释 | 第109-110页 |
| 5.3.3 直系同源基因筛选 | 第110-112页 |
| 5.3.4 系统发育分析 | 第112-114页 |
| 5.3.5 受正选择的基因(PSGs) | 第114-117页 |
| 5.3.6 深海贝和近海贝中差异表达的基因 | 第117-118页 |
| 5.4 讨论 | 第118-125页 |
| 5.4.1 胁迫条件下细胞稳态的维持 | 第118-119页 |
| 5.4.2 宿主与共生菌相互作用 | 第119-124页 |
| 5.4.3 小结 | 第124-125页 |
| 第六章 总结与展望 | 第125-129页 |
| 6.1 主要研究结论 | 第125-126页 |
| 6.2 本论文创新点 | 第126-127页 |
| 6.3 展望 | 第127-129页 |
| 参考文献 | 第129-157页 |
| 附录I | 第157-159页 |
| 致谢 | 第159-163页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第163页 |
