| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-10页 |
| 第一章 引言 | 第11-17页 |
| 1.1 研究背景及意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-15页 |
| 1.2.1 最大似然法构建系统发育树的算法优化研究 | 第12-14页 |
| 1.2.2 最大似然法构建系统发育树的软件并行化研究 | 第14-15页 |
| 1.3 研究内容与结构安排 | 第15-17页 |
| 第二章 最大似然法重建系统发育树 | 第17-27页 |
| 2.1 系统发育树 | 第17-18页 |
| 2.2 系统发育树的似然计算 | 第18-21页 |
| 2.3 最大似然法重建系统发育树的串行算法 | 第21-27页 |
| 第三章 最大似然法重建系统发育树的并行性分析 | 第27-46页 |
| 3.1 可并行性分析 | 第27-31页 |
| 3.2 基于Fork/Join框架的并行算法 | 第31-40页 |
| 3.2.1 Fork/Join并行计算框架 | 第31-34页 |
| 3.2.2 基于Fork/Join的树空间并行策略 | 第34-37页 |
| 3.2.3 基于Fork/Join的位点空间并行策略 | 第37-40页 |
| 3.3 实验与结果分析 | 第40-46页 |
| 3.3.1 树空间并行的Fork/Join实验 | 第40-43页 |
| 3.3.2 位点空间并行的Fork/Join实验 | 第43-46页 |
| 第四章 最大似然法重建系统发育树的MPJ并行化 | 第46-61页 |
| 4.1 MPJ并行计算框架 | 第46-48页 |
| 4.1.1 MPJ概述 | 第46页 |
| 4.1.2 MPJ函数 | 第46-48页 |
| 4.2 基于MPJ的最大似然法重建系统发育树并行策略 | 第48-53页 |
| 4.2.1 树空间的MPJ并行 | 第48-50页 |
| 4.2.2 融合Fork/Join的MPJ并行 | 第50-53页 |
| 4.3 实验与结果分析 | 第53-61页 |
| 4.3.1 实验数据与环境 | 第53页 |
| 4.3.2 实验内容 | 第53-54页 |
| 4.3.3 实验结果 | 第54-56页 |
| 4.3.4 结果分析 | 第56-61页 |
| 第五章 最大似然法重建系统发育树的MapReduce并行化 | 第61-77页 |
| 5.1 MapReduce并行框架 | 第61-64页 |
| 5.2 基于MapReduce的最大似然法重建系统发育树并行策略 | 第64-70页 |
| 5.2.1 树空间的MapReduce并行 | 第64-69页 |
| 5.2.2 融合Fork/Join的MapReduce并行 | 第69-70页 |
| 5.3 实验与结果分析 | 第70-77页 |
| 5.3.1 实验数据与环境 | 第70-71页 |
| 5.3.2 实验内容 | 第71页 |
| 5.3.3 实验结果 | 第71-72页 |
| 5.3.4 结果分析 | 第72-77页 |
| 第六章 总结与展望 | 第77-81页 |
| 6.1 总结 | 第77-78页 |
| 6.2 展望 | 第78-81页 |
| 参考文献 | 第81-87页 |
| 致谢 | 第87页 |
