| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 第一章 绪论 | 第7-16页 |
| 1.1 引言 | 第7-8页 |
| 1.2 蛋白质相互作用概述 | 第8-12页 |
| 1.2.1 蛋白质的组成 | 第9页 |
| 1.2.2 蛋白质相互作用的机理 | 第9-11页 |
| 1.2.3 蛋白质结合面上的热点残基 | 第11-12页 |
| 1.3 热点残基研究的国内外现状 | 第12-14页 |
| 1.4 本文的内容研究和安排 | 第14-16页 |
| 1.4.1 内容安排 | 第14-15页 |
| 1.4.2 研究内容 | 第15-16页 |
| 第二章 热点残基数据集的搜集 | 第16-20页 |
| 2.1 热点残基数据库 | 第16页 |
| 2.2 热点残基数据集 | 第16-19页 |
| 2.2.1 训练集热点残基数目 | 第17页 |
| 2.2.2 训练集使用的蛋白质复合物 | 第17-19页 |
| 2.3 本章小结 | 第19-20页 |
| 第三章 特征选择方法和SVM模型 | 第20-27页 |
| 3.1 特征选择 | 第20-22页 |
| 3.1.1 特征选择简介 | 第20-21页 |
| 3.1.2 基于mRMR和穷举搜索的两步特征选择策略 | 第21-22页 |
| 3.2 支持向量机原理 | 第22-26页 |
| 3.2.1 线性可分SVM | 第23-24页 |
| 3.2.2 线性不可分SVM | 第24-25页 |
| 3.2.3 SVM的核函数 | 第25-26页 |
| 3.3 本章小结 | 第26-27页 |
| 第四章 蛋白质作用界面热点残基的预测 | 第27-35页 |
| 4.1 数据集 | 第27页 |
| 4.2 特征提取 | 第27-32页 |
| 4.2.1 理化特征 | 第28-30页 |
| 4.2.2 基于溶剂表面可及性的特征 | 第30-31页 |
| 4.2.3 残基的微环境特征 | 第31页 |
| 4.2.4 其他特征 | 第31-32页 |
| 4.3 预测模型的评价指标 | 第32-33页 |
| 4.4 预测模型的构建 | 第33-34页 |
| 4.5 本章小结 | 第34-35页 |
| 第五章 热点残基预测的实验结果与分析 | 第35-42页 |
| 5.1 特征选择的结果 | 第35页 |
| 5.2 交叉验证 | 第35-36页 |
| 5.3 实例分析 | 第36-38页 |
| 5.3.1 促红细胞生成素受体和配体模拟肽复合物作用 | 第37页 |
| 5.3.2 β连环蛋白和腺瘤性息肉蛋白作用 | 第37-38页 |
| 5.4 特征分析 | 第38-41页 |
| 5.5 本章小结 | 第41-42页 |
| 第六章 总结与展望 | 第42-44页 |
| 6.1 工作总结 | 第42-43页 |
| 6.2 工作展望 | 第43-44页 |
| 参考文献 | 第44-49页 |
| 致谢 | 第49-50页 |
| 附录 | 第50-66页 |
| 攻读学位期间发表的学术论文 | 第66页 |