| 摘要 | 第5-8页 |
| ABSTRACT | 第8-10页 |
| 第一章 家养动物的遗传多样性和长链非编RNA | 第17-35页 |
| 1.1 家养动物的遗传多样性 | 第17-28页 |
| 1.1.1 前言 | 第17页 |
| 1.1.2 家养动物人工选择的两个历史阶段 | 第17-18页 |
| 1.1.3 家猪的性状和人工选择 | 第18-21页 |
| 1.1.4 家犬的性状和人工选择 | 第21-24页 |
| 1.1.5 家牛的性状和人工选择 | 第24-25页 |
| 1.1.6 绵羊的性状和人工选择 | 第25-27页 |
| 1.1.7 总结 | 第27-28页 |
| 1.2 长链非编码RNA | 第28-35页 |
| 1.2.1 前言 | 第28页 |
| 1.2.2 lincRNA的鉴定 | 第28-32页 |
| 1.2.3 lincRNA的基因组学分析 | 第32-33页 |
| 1.2.4 lincRNA的作用机制 | 第33-34页 |
| 1.2.5 总结 | 第34-35页 |
| 第二章 lincRNA在家猪驯化过程中的作用 | 第35-49页 |
| 2.1 引言 | 第35-36页 |
| 2.2 材料和方法 | 第36-37页 |
| 2.2.1 EST和RNA-seq数据集 | 第36页 |
| 2.2.2 EST和RNA-seq的数据分析 | 第36-37页 |
| 2.2.3 lincRNA的鉴定 | 第37页 |
| 2.2.4 基因的表达水平 | 第37页 |
| 2.2.5 在人类和小鼠的同源序列 | 第37页 |
| 2.2.6 鉴定差异表达的基因 | 第37页 |
| 2.3 结果 | 第37-44页 |
| 2.3.1 lincRNA的鉴定 | 第37-40页 |
| 2.3.2 猪lincRNA的组织特异性表达 | 第40-42页 |
| 2.3.3 在人类和小鼠中鉴定猪lincRNA的同源序列 | 第42-44页 |
| 2.3.4 lincRNA基因在欧洲家猪和欧洲野猪的表达差异 | 第44页 |
| 2.4 讨论 | 第44-47页 |
| 2.5 总结 | 第47-49页 |
| 第三章 lincRNA在猪的脂肪和肌肉组织的DNA甲基化 | 第49-63页 |
| 3.1 引言 | 第49-50页 |
| 3.2 材料和方法 | 第50-52页 |
| 3.2.1 甲基化数据及其分析 | 第50页 |
| 3.2.2 启动子的定义 | 第50页 |
| 3.2.3 差异甲基化区域的鉴定 | 第50-51页 |
| 3.2.4 亚硫酸盐甲基化测序 | 第51-52页 |
| 3.3 结果 | 第52-59页 |
| 3.3.1 lincRNA基因的甲基化模式 | 第52页 |
| 3.3.2 lincRNA转录起始位点的甲基化模式 | 第52-55页 |
| 3.3.3 差异甲基化区域的lincRNA基因 | 第55-57页 |
| 3.3.4 和脂肪沉积相关的lincRNA基因 | 第57页 |
| 3.3.5 lincRNA基因在背膘的时序甲基化 | 第57-59页 |
| 3.4 讨论 | 第59-61页 |
| 3.5 总结 | 第61-63页 |
| 第四章 lincRNA在家犬驯化过程中的作用 | 第63-89页 |
| 4.1 引言 | 第63-64页 |
| 4.2 材料和方法 | 第64-76页 |
| 4.2.1 样品和RNA-seq | 第64页 |
| 4.2.2 RNA-seq数据分析 | 第64页 |
| 4.2.3 EST和RefSeq数据集 | 第64-65页 |
| 4.2.4 lincRNA的鉴定 | 第65页 |
| 4.2.5 基因的表达量评估以及表达差异 | 第65页 |
| 4.2.6 细胞培养 | 第65-66页 |
| 4.2.7 细胞传代 | 第66页 |
| 4.2.8 siRNA细胞转染 | 第66-67页 |
| 4.2.9 RNA抽提、逆转录及实时定量PCR | 第67-69页 |
| 4.2.10 流式细胞实验 | 第69页 |
| 4.2.11 RNA pull down | 第69-73页 |
| 4.2.12 RNA pull down结果验证 | 第73-75页 |
| 4.2.13 细胞爬片免疫荧光 | 第75-76页 |
| 4.3 结果 | 第76-86页 |
| 4.3.1 lincRNA的鉴定 | 第76-77页 |
| 4.3.2 lincRNA的组织特异性表达 | 第77-79页 |
| 4.3.3 lincRNA在灰狼和家犬的大脑的差异表达 | 第79页 |
| 4.3.4 lincRNA可能和大脑大小有关 | 第79-84页 |
| 4.3.5 linc-4682和KRT1相互作用 | 第84-86页 |
| 4.4 讨论 | 第86-87页 |
| 4.5 总结 | 第87-89页 |
| 第五章 猪的SNP和正选择信号数据库 | 第89-97页 |
| 5.1 引言 | 第89-90页 |
| 5.2 数据库的构建 | 第90-95页 |
| 5.2.1 数据来源 | 第90页 |
| 5.2.2 SNP的鉴定 | 第90-91页 |
| 5.2.3 SNP的古代和衍生单倍型 | 第91页 |
| 5.2.4 选择信号的计算 | 第91页 |
| 5.2.5 数据库的构建 | 第91-93页 |
| 5.2.6 数据特征 | 第93页 |
| 5.2.7 数据库的使用 | 第93-95页 |
| 5.3 讨论 | 第95-96页 |
| 5.4 总结 | 第96-97页 |
| 第六章 总结与展望 | 第97-101页 |
| 6.1 总结 | 第97-98页 |
| 6.2 展望 | 第98-101页 |
| 参考文献 | 第101-113页 |
| 附录 | 第113-139页 |
| 附录参考文献 | 第137-139页 |
| 致谢 | 第139-141页 |
| 在读期间发表的学术论文与取得的其他研究成果 | 第141页 |
