| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 高频词对照表 | 第8-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-37页 |
| 1 藏猪的生物学特性及分布 | 第12-13页 |
| 1.1 藏猪的生物特征 | 第12页 |
| 1.2 藏猪的分布及起源 | 第12-13页 |
| 2 动物高海拔适应研究进展 | 第13-19页 |
| 2.1 高海拔适应 | 第13-15页 |
| 2.2 动物高海拔适应性的相关研究 | 第15-17页 |
| 2.3 藏猪高海拔适应性的相关研究 | 第17-19页 |
| 3 动物进化研究的发展历程 | 第19-26页 |
| 3.1 利用SNP信息揭示动物进化 | 第19-22页 |
| 3.2 基因组及转录组与进化相关研究 | 第22-24页 |
| 3.3 可遗传的DNA甲基化与动物进化 | 第24-26页 |
| 4 基因组学研究手段的进步与演变 | 第26-37页 |
| 4.1 Illumina/Solexa | 第27-28页 |
| 4.2 RNA-seq概念以及技术应用 | 第28-33页 |
| 4.3 Denovo概念以及技术应用 | 第33-34页 |
| 4.4 全基因组DNA甲基化检测的发展以及应用 | 第34-37页 |
| 第二章 本研究选题背景与目的意义 | 第37-39页 |
| 1 选题背景 | 第37页 |
| 2 主要研究内容 | 第37-38页 |
| 2 研究的目的意义 | 第38-39页 |
| 第三章 材料与方法 | 第39-56页 |
| 1 实验动物 | 第39-40页 |
| 1.1 线粒体实验采集样本信息 | 第39页 |
| 1.2 重测序相关实验样本信息 | 第39页 |
| 1.3 转录组测序相关样本信息 | 第39页 |
| 1.4 甲基化测序相关样本信息 | 第39-40页 |
| 2 实验仪器与主要试剂 | 第40-42页 |
| 2.1 主要仪器设备 | 第40页 |
| 2.2 主要试剂 | 第40-42页 |
| 3 试验方法 | 第42-56页 |
| 3.1 核酸抽提 | 第42-45页 |
| 3.2 线粒体相关实验 | 第45-46页 |
| 3.3 重测序数据的分析 | 第46-48页 |
| 3.4 不同组织RNA-seq比较及受选择分析 | 第48-52页 |
| 3.5 甲基化测序及分析 | 第52-56页 |
| 第四章 结果与分析 | 第56-97页 |
| 1 藏猪与四川家猪线粒体DNA全序列分析 | 第56-60页 |
| 1.1 DNA凝胶电泳检测结果 | 第56页 |
| 1.2 PCR扩增、测序及全线粒体DNA序列拼接 | 第56-57页 |
| 1.3 系统发育分析 | 第57-58页 |
| 1.4 线粒体DNA的核酸多样性分析 | 第58-59页 |
| 1.5 蛋白编码基因突变率分析 | 第59-60页 |
| 2 藏猪及四川家猪全基因组重测序分析 | 第60-71页 |
| 2.1 DNA凝胶电泳检测结果 | 第60-61页 |
| 2.2 测序数据概述 | 第61页 |
| 2.3 不同猪种SNP calling | 第61-62页 |
| 2.4 基于全基因组SNP的系统发育及群体遗传结构分析 | 第62-65页 |
| 2.5 基因的受选择分析 | 第65-68页 |
| 2.6 受选择基因的功能富集分析 | 第68-71页 |
| 3 藏猪与亚洲野猪不同组织的转录组比较及表达量分析 | 第71-76页 |
| 3.1 RNA检测结果 | 第71-73页 |
| 3.2 不同组织RNA-seq文库构建 | 第73页 |
| 3.3 不同组织的基因差异表达分析 | 第73-74页 |
| 3.4 受选择基因与差异表达基因联合分析 | 第74-75页 |
| 3.5 组织特异性基因表达模式分析 | 第75-76页 |
| 4 高原藏猪与平原藏猪背最长肌全基因组DNA甲基化及RNA-seq比较分析 | 第76-97页 |
| 4.1 藏猪全基因组单碱基分辨率DNA甲基化图谱的构建 | 第76-85页 |
| 4.2 甲基化聚类分析 | 第85-86页 |
| 4.3 差异甲基化分析 | 第86-90页 |
| 4.4 高原藏猪与平原藏猪转录组差异分析 | 第90-97页 |
| 第五章 讨论 | 第97-102页 |
| 1 藏猪与家猪的线粒体DNA比较 | 第97页 |
| 2 重测序对揭示动物重要经济性状分子机制的重要作用 | 第97-99页 |
| 3 藏猪基因组中受自然选择的区域/基因 | 第99-100页 |
| 4 藏猪的各组织mRNA转录组特征 | 第100页 |
| 5 藏猪的全基因组DNA甲基化图谱 | 第100-102页 |
| 第六章 结论与创新点 | 第102-103页 |
| 1 结论 | 第102页 |
| 2 本研究创新点 | 第102-103页 |
| 参考文献 | 第103-112页 |
| 致谢 | 第112-113页 |
| 附录 | 第113-160页 |
| 博士在读期间发表的论文 | 第160-161页 |
