| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 1 前言 | 第10-21页 |
| 1.1 黄瓜花性分化的遗传基础 | 第10-11页 |
| 1.2 激素与植物花性分化的研究进展 | 第11-13页 |
| 1.3 光质对植物开花的影响 | 第13-14页 |
| 1.4 光受体与植物激素 | 第14页 |
| 1.5 光质与开花时间基因 | 第14-17页 |
| 1.6 植物花性分化相关转录因子 | 第17-18页 |
| 1.7 RNA-Seq测序技术在葫芦科蔬菜研究中的应用 | 第18-21页 |
| 2 材料与方法 | 第21-26页 |
| 2.1 材料 | 第21页 |
| 2.2 总RNA提取和质量检测及cDNA第一链的合成 | 第21-22页 |
| 2.2.1 总RNA提取 | 第21-22页 |
| 2.2.2 RNA样品检测 | 第22页 |
| 2.2.3 cDNA第一链的合成（荧光定量PCR实验） | 第22页 |
| 2.3 Read文库的构建 | 第22-23页 |
| 2.4 信息分析 | 第23页 |
| 2.4.1 原始测序数据处理 | 第23页 |
| 2.4.2 过滤数据 | 第23页 |
| 2.5 测序评估 | 第23-24页 |
| 2.5.1 测序质量评估 | 第23页 |
| 2.5.2 测序饱和度分析 | 第23-24页 |
| 2.5.3 测序随机性统计分析 | 第24页 |
| 2.6 对比统计 | 第24页 |
| 2.6.1 与核糖体数据库比对 | 第24页 |
| 2.6.2 与参考基因组比对 | 第24页 |
| 2.7 转录本组装和基因表达量的统计 | 第24-25页 |
| 2.7.1 转录本组装 | 第24-25页 |
| 2.7.2 基因表达量的统计 | 第25页 |
| 2.8 基因注释及基因功能预测 | 第25页 |
| 2.8.1 GO功能显著富集分析 | 第25页 |
| 2.8.2 KEGG Pathway显著富集分析 | 第25页 |
| 2.9 实时荧光定量PCR（qRT -PCR）验证分析 | 第25-26页 |
| 3 结果与分析 | 第26-42页 |
| 3.1 不同光质LED灯处理影响黄瓜雌花开放的数量 | 第26页 |
| 3.2 黄瓜茎尖总mRNA质量分析 | 第26-27页 |
| 3.3 RNA-seq测序质量的评估 | 第27-30页 |
| 3.3.1 实验重复性检验 | 第27-28页 |
| 3.3.2 测序数据统计分析及与参考基因组对比统计 | 第28-29页 |
| 3.3.3 基因表达结果统计 | 第29-30页 |
| 3.4 差异表达基因Gene Ontology功能显著性分析和Pathway富集分析 | 第30-34页 |
| 3.4.1 差异表达基因Gene Ontology功能显著性分析 | 第30-33页 |
| 3.4.2 差异表达基因pathway富集分析 | 第33-34页 |
| 3.5 差异表达基因的筛选 | 第34-38页 |
| 3.6 实时荧光定量PCR（qRT -PCR）验证分析 | 第38页 |
| 3.7 不同光质LED灯处理黄瓜苗期对叶片光信号传导的影响 | 第38-39页 |
| 3.8 光质调控黄瓜苗期花性分化相关差异表达基因的分析 | 第39-42页 |
| 4 讨论 | 第42-46页 |
| 4.1 光质影响黄瓜开花时间的早晚 | 第42-43页 |
| 4.2 光质调控黄瓜苗期花性分化 | 第43-46页 |
| 4.2.1 光质通过激素信号转导调控黄瓜苗期花性分化 | 第43-44页 |
| 4.2.2 光质通过影响转录因子调控黄瓜苗期花性分化 | 第44-46页 |
| 致谢 | 第46-47页 |
| 参考文献 | 第47-59页 |
| 附录 | 第59-64页 |
