| 摘要 | 第3-5页 |
| ABSTRACT | 第5-6页 |
| 第一章 绪论 | 第9-26页 |
| 1.1 CYP3A4与非典型Michaelis-Menten动力学 | 第11-14页 |
| 1.2 CYP2J2突变及代谢 | 第14-15页 |
| 1.3 分子动力学方法与AMBER | 第15-26页 |
| 1.3.1 分子动力学 | 第16-21页 |
| 1.3.2 AMBER | 第21-26页 |
| 第二章 材料与方法 | 第26-41页 |
| 2.1 研究思路 | 第26-27页 |
| 2.2 材料与软件 | 第27-29页 |
| 2.2.1 分子结构文件 | 第27-28页 |
| 2.2.2 主要网站 | 第28页 |
| 2.2.3 主要软件 | 第28-29页 |
| 2.3 素材准备及预处理 | 第29-33页 |
| 2.4 产生MD文件 | 第33-39页 |
| 2.4.1 生成prmtop和inpcrd文件 | 第33-36页 |
| 2.4.2 生成分子模拟程序文件 | 第36-39页 |
| 2.5 分子动力学模拟 | 第39页 |
| 2.6 结合自由能量分析 | 第39-41页 |
| 第三章 结果Ⅰ | 第41-62页 |
| 3.1 轨迹文件初始分析 | 第43-44页 |
| 3.2 普通结合与协同结合模式中的相互作用 | 第44-49页 |
| 3.3 结合自由能分析 | 第49-50页 |
| 3.4 紧密接触分析 | 第50-57页 |
| 3.5 协同结合模式中的pi-pi叠合作用 | 第57-61页 |
| 3.6 结论 | 第61-62页 |
| 第四章 结果Ⅱ | 第62-78页 |
| 4.1 CYP2J2的三维结构 | 第62-64页 |
| 4.2 建模计算模型的验证 | 第64-68页 |
| 4.3 花生四烯酸结合模式与作用 | 第68-70页 |
| 4.4 T143A突变引发的酶功能异常 | 第70-73页 |
| 4.5 N404Y突变引起的酶功能异常 | 第73-76页 |
| 4.6 结论 | 第76-78页 |
| 第五章结束语 | 第78-79页 |
| 5.1 主要工作与创新点 | 第78页 |
| 5.2 后续研究工作 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-84页 |
| 附录 1 | 第84-87页 |
| 附录 2 | 第87-88页 |
| 附录 3 | 第88-91页 |
| 附录 4 | 第91-94页 |
| 附录 5 | 第94-100页 |
| 附录 6 | 第100-101页 |
| 致谢 | 第101-103页 |
| 攻读硕士学位期间已发表或录用的论文 | 第103-105页 |