| 摘要 | 第6-9页 |
| Abstract | 第9-13页 |
| 第1章 绪论 | 第27-45页 |
| 1.1 研究的背景及意义 | 第27-29页 |
| 1.2 转录因子 | 第29-31页 |
| 1.2.1 植物转录因子的结构 | 第30-31页 |
| 1.2.2 转录因子在逆境胁迫信号转导中的作用 | 第31页 |
| 1.3 植物抗逆相关转录因子 | 第31-32页 |
| 1.4 植物转录因子功能 | 第32-34页 |
| 1.4.1 转录因子参与植物生长及形态建成 | 第32-33页 |
| 1.4.2 转录因子与植物抗逆 | 第33-34页 |
| 1.5 植物转录因子研究方法 | 第34-37页 |
| 1.5.1 转录因子结构域分析研究 | 第34-35页 |
| 1.5.2 转录因子亚细胞定位分析 | 第35-36页 |
| 1.5.3 转录因子转录激活作用分析 | 第36页 |
| 1.5.4 转录因子复合体研究 | 第36-37页 |
| 1.5.5 研究转录因子功能的方法 | 第37页 |
| 1.6 转录因子功能分析 | 第37-39页 |
| 1.6.1 构建系统进化树-预测转录因子功能 | 第37-38页 |
| 1.6.2 表达特性分析推测转录因子功能 | 第38页 |
| 1.6.3 基因缺失表型分析鉴定转录因子功能 | 第38页 |
| 1.6.4 基因过表达表型分析鉴定转录因子功能 | 第38页 |
| 1.6.5 下游相关基因分析鉴定转录因子功能 | 第38-39页 |
| 1.7 生物信息学在基因组学和蛋白组学上的应用研究进展 | 第39-41页 |
| 1.7.1 生物信息学概况 | 第39页 |
| 1.7.2 生物信息学的主要应用 | 第39-40页 |
| 1.7.3 生物信息学在基因组学研究中应用 | 第40页 |
| 1.7.4 生物信息学在蛋白组学研究中应用 | 第40-41页 |
| 1.8 转录组测序技术及应用 | 第41-42页 |
| 1.9 研究的主要内容 | 第42-45页 |
| 第2章 桑树Trihelix转录因子家族的鉴定和分析 | 第45-55页 |
| 2.1 材料和方法 | 第46-47页 |
| 2.1.1 Trihelix基因家族数据获取与分析 | 第46页 |
| 2.1.2 桑树Trihelix家族基因的分类、结构及基因信息 | 第46页 |
| 2.1.3 桑树Trihelix保守基序的鉴定及分析 | 第46页 |
| 2.1.4 多序列联配、蛋白质保守序列比对和系统进化树的构建 | 第46-47页 |
| 2.2 结果与讨论 | 第47-54页 |
| 2.2.1 桑树Trihelix转录因子家族的鉴定 | 第47-49页 |
| 2.2.2 桑树Trihelix转录因子家族的进化分析 | 第49-51页 |
| 2.2.3 桑树Trihelix转录因子的保守基序分析 | 第51-54页 |
| 2.3 小结 | 第54-55页 |
| 第3章 桑树bZIP转录因子家族的鉴定和分析 | 第55-66页 |
| 3.1 材料和方法 | 第57-58页 |
| 3.1.1 bZIP基因家族数据获取与分析 | 第57页 |
| 3.1.2 桑bZIP家族基因的分类、结构及基因信息 | 第57页 |
| 3.1.3 桑树bZIP保守基序的鉴定及分析 | 第57页 |
| 3.1.4 多序列联配、蛋白质保守序列比对和系统进化树的构建 | 第57-58页 |
| 3.2 结果与讨论 | 第58-65页 |
| 3.2.1 桑树bZIP转录因子家族的鉴定 | 第58-60页 |
| 3.2.2 桑树bZIP转录因子家族的进化分析 | 第60-62页 |
| 3.2.3 桑树bZIP转录因子的保守基序分析 | 第62-65页 |
| 3.3 讨论 | 第65-66页 |
| 第4章 桑树MYB转录因子家族的鉴定和分析 | 第66-81页 |
| 4.1 材料和方法 | 第68-69页 |
| 4.1.1 桑树MYB基因家族数据获取与分析 | 第68页 |
| 4.1.2 桑树MYB家族基因的分类、结构及基因信息 | 第68页 |
| 4.1.3 桑树MYB保守基序的鉴定及分析 | 第68页 |
| 4.1.4 多序列联配、蛋白质保守序列比对和系统进化树的构建 | 第68-69页 |
| 4.2 结果与讨论 | 第69-80页 |
| 4.2.1 桑树MYB转录因子家族的鉴定 | 第69-73页 |
| 4.2.2 桑树MYB转录因子家族的进化分析 | 第73-75页 |
| 4.2.3 桑树MYB转录因子的保守基序分析 | 第75-80页 |
| 4.3 讨论 | 第80-81页 |
| 第5章 桑树ERF转录因子家族的鉴定和分析 | 第81-97页 |
| 5.1 材料和方法 | 第82-83页 |
| 5.1.1ERF基因家族数据的获取与分析 | 第82页 |
| 5.1.2 桑树ERF家族基因的分类、结构及基因信息 | 第82页 |
| 5.1.3 桑树ERF保守基序的鉴定和分析 | 第82-83页 |
| 5.1.4 多序列联配、蛋白质保守序列比对和系统进化树的构建 | 第83页 |
| 5.2 结果与讨论 | 第83-96页 |
| 5.2.1 桑树ERF转录因子家族的鉴定 | 第83-88页 |
| 5.2.2 ERF转录因子家族的进化分析 | 第88-92页 |
| 5.2.3 桑树ERF转录因子的保守基序分析 | 第92-96页 |
| 5.3 讨论 | 第96-97页 |
| 第6章 桑树干旱胁迫转录组转录因子鉴定 | 第97-111页 |
| 6.1 材料和方法 | 第97-100页 |
| 6.1.1 实验材料的准备 | 第97页 |
| 6.1.2 主要仪器与试剂 | 第97-98页 |
| 6.1.3 样品总RNA提取 | 第98页 |
| 6.1.4 RNA质量检测 | 第98页 |
| 6.1.5 测序文库的构建 | 第98-99页 |
| 6.1.6 文库质检、簇生成及Solexa测序 | 第99页 |
| 6.1.7 测序数据的处理和分析 | 第99页 |
| 6.1.8 测序数据的组装分析 | 第99页 |
| 6.1.9 差异表达分析 | 第99-100页 |
| 6.1.10 差异表达基因(DEGs)注释和分类 | 第100页 |
| 6.1.11 四个转录因子家族差异基因富集分析 | 第100页 |
| 6.2 结果与分析 | 第100-109页 |
| 6.2.1 RNA质量检测结果 | 第100-101页 |
| 6.2.2 测序结果质控结果 | 第101-103页 |
| 6.2.3 测序数据的组装与分析 | 第103页 |
| 6.2.4 与参考基因组序列对比结果 | 第103页 |
| 6.2.5 基因差异表达分析 | 第103-105页 |
| 6.2.6 差异基因GO功能注释分类 | 第105-109页 |
| 6.3 讨论 | 第109-111页 |
| 第7章 桑树Trihelix基因的克隆和序列分析及表达模式 | 第111-127页 |
| 7.1 材料与试剂 | 第111-112页 |
| 7.1.1 实验材料 | 第111页 |
| 7.1.2 主要仪器 | 第111页 |
| 7.1.3 主要试剂 | 第111-112页 |
| 7.2 实验方法 | 第112-120页 |
| 7.2.1 大肠杆菌(E.coli)感受态细胞的制备 | 第112页 |
| 7.2.2 目的基因片段的回收、连接和转化 | 第112-113页 |
| 7.2.3 桑树的胁迫处理 | 第113-116页 |
| 7.2.4 桑树总RNA的提取和cDNA的合成 | 第116-117页 |
| 7.2.5 目的基因的克隆和测序 | 第117-118页 |
| 7.2.6 桑树基因的全长cDNA序列分析 | 第118页 |
| 7.2.7 桑树Mntrihelix基因的结构及基因信息 | 第118-119页 |
| 7.2.8 荧光定量PCR(qRT-PCR) | 第119-120页 |
| 7.3 结果与分析 | 第120-124页 |
| 7.3.1 桑树Mntrihelix基因的克隆与分析 | 第120页 |
| 7.3.2 桑树Mntrihelix基因的分析 | 第120-121页 |
| 7.3.3 桑树Mntrihelix同源进化分析 | 第121-122页 |
| 7.3.4 桑树Mntrihelix基因在胁迫条件下的表达分析 | 第122-124页 |
| 7.4 讨论 | 第124-127页 |
| 第8章 桑树bZIP基因的克隆和序列分析及表达模式 | 第127-135页 |
| 8.1 材料与试剂 | 第127页 |
| 8.1.1 实验材料 | 第127页 |
| 8.1.2 主要仪器 | 第127页 |
| 8.1.3 主要试剂 | 第127页 |
| 8.2 实验方法 | 第127-129页 |
| 8.2.1 大肠杆菌(E.coli)感受态细胞的制备 | 第127页 |
| 8.2.2 目的基因片段的回收、连接和转化 | 第127-128页 |
| 8.2.3 桑树的胁迫处理 | 第128页 |
| 8.2.4 桑树总RNA提取和cDNA的合成 | 第128页 |
| 8.2.5 目的基因的克隆和测序 | 第128页 |
| 8.2.6 桑树基因的全长cDNA序列分析 | 第128页 |
| 8.2.7 桑树MnbZIP基因的结构及基因信息 | 第128-129页 |
| 8.2.8 荧光定量PCR(qRT-PCR) | 第129页 |
| 8.3 结果与分析 | 第129-133页 |
| 8.3.1 桑树MnbZIP基因的克隆与分析 | 第129页 |
| 8.3.2 桑树MnbZIP基因的分析 | 第129-130页 |
| 8.3.3 桑树MnbZIP同源进化分析 | 第130-131页 |
| 8.3.4 桑树MnbZIP基因在胁迫条件下的表达分析 | 第131-133页 |
| 8.4 讨论 | 第133-135页 |
| 第9章 桑树MYB基因的克隆、序列分析、表达模式及原核表达 | 第135-148页 |
| 9.1 材料与试剂 | 第136页 |
| 9.1.1 实验材料 | 第136页 |
| 9.1.2 主要仪器 | 第136页 |
| 9.1.3 主要试剂 | 第136页 |
| 9.2 实验方法 | 第136-141页 |
| 9.2.1 桑树的胁迫处理 | 第136页 |
| 9.2.2 桑树总RNA的提取和cDNA的合成 | 第136-137页 |
| 9.2.3 目的基因的克隆和测序 | 第137页 |
| 9.2.4 桑树基因的全长cDNA序列分析 | 第137页 |
| 9.2.5 桑树MnMYB家族基因的结构及基因信息 | 第137页 |
| 9.2.6 桑树转录因子MYB基因的原核表达 | 第137-141页 |
| 9.2.7 荧光定量PCR(qRT-PCR) | 第141页 |
| 9.3 结果与分析 | 第141-146页 |
| 9.3.1 桑树MnMYB基因的克隆与分析 | 第141-142页 |
| 9.3.2 桑树MnMYB基因的分析 | 第142页 |
| 9.3.3 桑树MnMYB同源进化分析 | 第142-143页 |
| 9.3.4 MYB基因的原核表达 | 第143-144页 |
| 9.3.5 桑树MnMYB基因在胁迫条件下的表达分析 | 第144-146页 |
| 9.4 讨论 | 第146-148页 |
| 第10章 桑树ERF基因的克隆和序列分析及表达模式 | 第148-156页 |
| 10.1 材料与试剂 | 第148页 |
| 10.1.1 实验材料 | 第148页 |
| 10.1.2 主要仪器 | 第148页 |
| 10.1.3 主要试剂 | 第148页 |
| 10.2 实验方法 | 第148-150页 |
| 10.2.1 大肠杆菌(E.coli)感受态细胞的制备 | 第148页 |
| 10.2.2 目的基因片段的回收、连接和转化 | 第148-149页 |
| 10.2.3 桑树的胁迫处理 | 第149页 |
| 10.2.4 桑树总RNA提取和cDNA的合成 | 第149页 |
| 10.2.5 目的基因的克隆和测序 | 第149页 |
| 10.2.6 桑树基因的全长cDNA序列分析 | 第149页 |
| 10.2.7 桑树ERF家族基因的结构及基因信息 | 第149页 |
| 10.2.8 荧光定量PCR(qRT PCR) | 第149-150页 |
| 10.3 结果与分析 | 第150-154页 |
| 10.3.1 桑树MnERF基因克隆与分析 | 第150页 |
| 10.3.2 桑树MnERF基因的分析 | 第150-151页 |
| 10.3.3 桑树MnERF同源进化分析 | 第151-152页 |
| 10.3.4 桑树MnERF在胁迫条件下的表达分析 | 第152-154页 |
| 10.4 讨论 | 第154-156页 |
| 结论 | 第156-159页 |
| 参考文献 | 第159-170页 |
| 博士期间学术论文发表情况 | 第170-172页 |
| 致谢 | 第172-174页 |
| 详细摘要 | 第174-182页 |
