| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 英文缩略词表 | 第14-16页 |
| 第一部分 文献综述 | 第16-40页 |
| 第一章 干细胞特性建立及维持调控研究进展 | 第16-27页 |
| 1 转录因子 | 第16-18页 |
| 2 干细胞多能性的信号通路调控 | 第18-20页 |
| 3 干细胞多能性的表观遗传调控 | 第20-25页 |
| 3.1 DNA甲基化 | 第21-22页 |
| 3.2 组蛋白修饰 | 第22-23页 |
| 3.3 长链非编码RNA（Longnon-coding RNA，lncRNA） | 第23-24页 |
| 3.4 N6-methyladenosine (m6A) | 第24-25页 |
| 4 多能性转录因子、组蛋白修饰、信号通路和非编码RNA彼此协作 | 第25-27页 |
| 4.1 转录因子与信号通路 | 第25页 |
| 4.2 转录因子与表观修饰 | 第25-27页 |
| 第二章 miRNA与干细胞多能性调控 | 第27-35页 |
| 1 miRNA生物学特征及检测方法 | 第27-30页 |
| 1.1 miRNA生物学特征 | 第27-29页 |
| 1.2 miRNA表达谱检测方法 | 第29-30页 |
| 2 干细胞多能性建立及维持相关miRNA | 第30-35页 |
| 2.1 miRNA在干细胞多能性维持及体细胞重编程中的作用 | 第30-32页 |
| 2.2 miRNAs与其他多能性调控因子的互作 | 第32-35页 |
| 第三章 猪多能性干细胞及调控机制研究 | 第35-39页 |
| 1 猪干细胞类型 | 第35-38页 |
| 1.1 猪ESCs | 第35-36页 |
| 1.2 猪iPSCs | 第36-38页 |
| 1.3 猪ASCs | 第38页 |
| 2 猪干细胞多能性维持及调控 | 第38-39页 |
| 2.1 信号传导通路 | 第38-39页 |
| 2.2 表观修饰 | 第39页 |
| 小结 | 第39-40页 |
| 第二部分 试验部分 猪多能性干细胞miRNA的鉴定及其生物学功能分析 | 第40-104页 |
| 1 材料与方法 | 第41-48页 |
| 1.1 试验细胞 | 第41页 |
| 1.2 主要试剂和试剂盒 | 第41-42页 |
| 1.3 主要仪器与耗材 | 第42页 |
| 1.4 细胞培养相关试剂配制 | 第42-43页 |
| 1.5 pADSCs的复苏及传代培养 | 第43页 |
| 1.6 pEFs传代培养方法与pADSCs一致 | 第43页 |
| 1.7 小鼠胚胎成纤维细胞系建立 | 第43页 |
| 1.8 饲养层的制备 | 第43页 |
| 1.9 pPiPSCs传代培养 | 第43-44页 |
| 1.10 NpiPSCs传代培养 | 第44页 |
| 1.11 总RNA提取 | 第44页 |
| 1.12 总RNA质量检测 | 第44页 |
| 1.13 miRNA测序文库构建及上机测序 | 第44-45页 |
| 1.14 测序数据初步的处理 | 第45页 |
| 1.15 测序数据的初步分析 | 第45-46页 |
| 1.16 数据分析软件 | 第46页 |
| 1.17 分析平台 | 第46页 |
| 1.18 数据库及软件 | 第46页 |
| 1.19 公共及特有序列分析 | 第46页 |
| 1.20 已知miRNAs比对 | 第46页 |
| 1.21 miRNAs碱基偏好性 | 第46页 |
| 1.22 新miRNA预测 | 第46-47页 |
| 1.23 已知miRNA的差异分析 | 第47页 |
| 1.24 已知miRNAs和新miRNAs的聚类分析 | 第47页 |
| 1.25 定量PCR验证 | 第47-48页 |
| 2 结果 | 第48-96页 |
| 2.1 总RNA的质量检测 | 第48-50页 |
| 2.2 序列文库质量处理 | 第50-53页 |
| 2.3 small RNA文库片段的长度分布 | 第53-54页 |
| 2.4 small RNA的特征分析 | 第54-63页 |
| 2.5 small RNA的文库分类注释 | 第63-65页 |
| 2.6 公共及特有序列分析 | 第65-67页 |
| 2.7 已知miRNA比对 | 第67-68页 |
| 2.8 miRNAs碱基偏好性 | 第68-69页 |
| 2.9 新miRNA的预测 | 第69-70页 |
| 2.10 已知miRNA的差异分析 | 第70-72页 |
| 2.11 已知miRNAs和新miRNAs的聚类分析 | 第72-74页 |
| 2.12 定量PCR验证 | 第74-76页 |
| 2.13 差异表达的已知miRNA的靶基因预测 | 第76-78页 |
| 2.14 差异表达的已知miRNA的GO富集分析 | 第78-81页 |
| 2.15 差异表达的已知miRNAs预测靶基因KEGG分析 | 第81-83页 |
| 2.16 差异表达的新mRNAs的靶基因预测 | 第83-86页 |
| 2.17 差异表达的新miRNA的GO富集分析 | 第86-88页 |
| 2.18 差异表达的新mRNAs的KEGG分析 | 第88-90页 |
| 2.19 候选miRNA-KEGG交联分析 | 第90-94页 |
| 2.20 候选miRNA的靶基因KEGG pathway富集分析 | 第94-96页 |
| 3 讨论 | 第96-104页 |
| 3.1 测序样品的选择 | 第96-97页 |
| 3.2 miRNAs区分不同多能性程度细胞 | 第97-99页 |
| 3.3 miRNA区分不同重编程程度细胞 | 第99-100页 |
| 3.4 猪干细胞多能性调控的潜在miRNAs | 第100-102页 |
| 3.5 靶基因预测及KEGG Pathway富集鉴定潜在差异多能性miRNAs | 第102-104页 |
| 结论 | 第104-105页 |
| 参考文献 | 第105-119页 |
| 附录 | 第119-142页 |
| 致谢 | 第142-143页 |
| 个人简历 | 第143-144页 |
