基于CALYPSO方法的XRD逆向结构搜索和蛋白质结构预测
| 论文提要 | 第5-6页 |
| 中文摘要 | 第6-9页 |
| abstract | 第9-12页 |
| 第一章 绪论 | 第17-27页 |
| 1.1 群智理论 | 第17-22页 |
| 1.1.1 群智理论概述 | 第17-18页 |
| 1.1.2 粒子群优化算法概述 | 第18-22页 |
| 1.2 CALYPSO结构预测方法 | 第22-24页 |
| 1.3 本论文的选题与目的 | 第24-27页 |
| 第二章 晶体结构与X射线衍射 | 第27-41页 |
| 2.1 晶体的基本结构 | 第27-29页 |
| 2.1.1 晶体的基本特征 | 第27-28页 |
| 2.1.2 晶面与面指数 | 第28页 |
| 2.1.3 倒格子 | 第28-29页 |
| 2.2 晶体对X射线衍射 | 第29-32页 |
| 2.2.1 Bragg衍射公式 | 第29-31页 |
| 2.2.2 原子散射因子和几何结构因子 | 第31-32页 |
| 2.3 X射线粉末衍射技术 | 第32-34页 |
| 2.4 X射线粉末衍射晶体结构测定 | 第34-41页 |
| 第三章 基于XRD的逆向结构搜索 | 第41-53页 |
| 3.1 本章简介 | 第41-42页 |
| 3.2 程序流程 | 第42-48页 |
| 3.2.1 实验数据预处理 | 第43-45页 |
| 3.2.2 CALYPSO方法产生结构 | 第45页 |
| 3.2.3 模拟结构XRD图谱 | 第45-47页 |
| 3.2.4 评估XRD图谱差异 | 第47-48页 |
| 3.3 测试和应用 | 第48-51页 |
| 3.3.1 测试 | 第48-49页 |
| 3.3.2 应用 | 第49-51页 |
| 3.4 本章小结 | 第51-53页 |
| 第四章 蛋白质空间结构及理论结构预测 | 第53-69页 |
| 4.1 蛋白质基本结构 | 第53-57页 |
| 4.1.1 氨基酸 | 第53-55页 |
| 4.1.2 蛋白质的肽链 | 第55-57页 |
| 4.2 蛋白质结构层次的形成 | 第57-61页 |
| 4.3 蛋白质结构中的相互作用 | 第61-63页 |
| 4.4 蛋白质结构预测概述 | 第63-67页 |
| 4.4.1 同源模型法 | 第64-65页 |
| 4.4.2 折叠识别法 | 第65-66页 |
| 4.4.3 从头算法 | 第66-67页 |
| 4.5 评估预测蛋白质的准确性 | 第67-69页 |
| 第五章 CALYPSO从头算蛋白质结构预测方法 | 第69-79页 |
| 5.1 本章简介 | 第69-70页 |
| 5.2 程序流程 | 第70-73页 |
| 5.2.1 蛋白质二级结构预测 | 第71页 |
| 5.2.2 构建蛋白质全原子模型 | 第71-72页 |
| 5.2.3 能量最小化和能量表征 | 第72页 |
| 5.2.4 结构演化 | 第72-73页 |
| 5.3 结果与讨论 | 第73-78页 |
| 5.4 本章小结 | 第78-79页 |
| 第六章 数据库辅助的蛋白质结构预测方法 | 第79-91页 |
| 6.1 本章简介 | 第79-80页 |
| 6.2 程序流程 | 第80-86页 |
| 6.2.1 预处理 | 第80-83页 |
| 6.2.2 构建蛋白质初始结构 | 第83-84页 |
| 6.2.3 能量最小化和能量表征 | 第84页 |
| 6.2.4 结构演化 | 第84-86页 |
| 6.3 结果与讨论 | 第86-90页 |
| 6.4 本章小结 | 第90-91页 |
| 第七章 总结与展望 | 第91-93页 |
| 参考文献 | 第93-109页 |
| 作者简介及科研成果 | 第109-110页 |
| 攻读研究生期间公开发表的学术论文 | 第110-111页 |
| 致谢 | 第111-112页 |
