| 摘要 | 第4-6页 |
| abstract | 第6-8页 |
| 第一章 引言 | 第14-25页 |
| 1.1 核桃植物的研究 | 第14-16页 |
| 1.1.1 核桃植物学特征概述 | 第14页 |
| 1.1.2 核桃价值 | 第14-15页 |
| 1.1.3 核桃的研究现状 | 第15-16页 |
| 1.2 谱系生物地理学概述 | 第16-20页 |
| 1.2.1 谱系生物地理学研究 | 第16-17页 |
| 1.2.2 谱系生物地理学中不同分子标记的应用 | 第17-20页 |
| 1.3 转录组学的研究 | 第20-23页 |
| 1.3.1 转录组概况 | 第20-21页 |
| 1.3.2 基于高通量测序的转录组数据在分子标记方面的应用 | 第21-23页 |
| 1.3.2.1 常见的DNA分子标记技术 | 第21-23页 |
| 1.3.2.2 高通量测序技术在分子标记中的应用 | 第23页 |
| 1.4 本研究的目的和意义 | 第23-25页 |
| 第二章 核桃不同地理群体的谱系地理学研究 | 第25-73页 |
| 2.1 实验材料与方法 | 第25-33页 |
| 2.1.1 材料的采集 | 第25-28页 |
| 2.1.2 实验方法 | 第28-31页 |
| 2.1.2.1 DNA提取与检测 | 第28页 |
| 2.1.2.2 引物筛选 | 第28-31页 |
| 2.1.2.3 群体扩增与测序 | 第31页 |
| 2.1.3 数据分析 | 第31-33页 |
| 2.1.3.1 序列比对与校正 | 第31-32页 |
| 2.1.3.2 遗传多样性分析 | 第32页 |
| 2.1.3.3 群体遗传结构分析 | 第32页 |
| 2.1.3.4 群体动态历史检验 | 第32页 |
| 2.1.3.5 单倍型分布与系统发育分析 | 第32-33页 |
| 2.1.3.6 分化时间的估算 | 第33页 |
| 2.2 研究结果 | 第33-67页 |
| 2.2.1 线粒体片段3-9谱系分化分析 | 第33-38页 |
| 2.2.1.1 核苷酸多样性 | 第33-34页 |
| 2.2.1.2 单倍型谱系关系 | 第34-35页 |
| 2.2.1.3 核桃群体的遗传结构 | 第35-36页 |
| 2.2.1.4 群体动态历史 | 第36-38页 |
| 2.2.1.5 胡桃属系统发育关系 | 第38页 |
| 2.2.2 叶绿体片段TrnL-F谱系分化分析 | 第38-47页 |
| 2.2.2.1 核苷酸多样性 | 第38-43页 |
| 2.2.2.2 单倍型地理分布 | 第43-44页 |
| 2.2.2.3 叶绿体基因片段TrnL-F的系统发育关系 | 第44-45页 |
| 2.2.2.4 群体遗传结构 | 第45-46页 |
| 2.2.2.5 群体动态历史 | 第46页 |
| 2.2.2.6 分化时间的估算 | 第46-47页 |
| 2.2.3 基于细胞质基因片段核桃的遗传多样性分析 | 第47-48页 |
| 2.2.4 ITS的分析结果 | 第48-53页 |
| 2.2.4.1 核苷酸多样性 | 第48-51页 |
| 2.2.4.2 单倍型的地理分布与系统发育关系 | 第51-52页 |
| 2.2.4.3 群体遗传结构 | 第52-53页 |
| 2.2.4.4 群体群体动态历史 | 第53页 |
| 2.2.5 JRD5680与15R-8分析结果 | 第53-67页 |
| 2.2.5.1 核苷酸多态性 | 第53-61页 |
| 2.2.5.2 群体群体动态历史 | 第61页 |
| 2.2.5.3 群体遗传结构 | 第61-64页 |
| 2.2.5.4 单倍型地理分布图 | 第64-66页 |
| 2.2.5.5 系统发育分析 | 第66-67页 |
| 2.3 讨论 | 第67-72页 |
| 2.3.1 胡桃属物种的系统发育关系与分化时间的估算 | 第67-68页 |
| 2.3.2 核桃遗传多样性 | 第68-69页 |
| 2.3.3 核桃群体遗传结构 | 第69-70页 |
| 2.3.4 群体扩张与动态历史 | 第70-71页 |
| 2.3.5 核桃群体迁移路线推测 | 第71-72页 |
| 2.4 小结 | 第72-73页 |
| 第三章 转录组测序分析与EST-SSR引物开发 | 第73-104页 |
| 3.1 材料和方法 | 第73-76页 |
| 3.1.1 实验材料 | 第73-74页 |
| 3.1.2 RNA提取及检测 | 第74页 |
| 3.1.3 转录组数据的相关分析和EST-SSR引物开发 | 第74-76页 |
| 3.1.3.1 转录组测序 | 第74页 |
| 3.1.3.2 转录组的组装和基因注释 | 第74页 |
| 3.1.3.3 EST-SSR位点检测和引物设计 | 第74-75页 |
| 3.1.3.4 多态性引物筛选与检测 | 第75页 |
| 3.1.3.5 EST-SSR数据分析 | 第75-76页 |
| 3.2 研究结果 | 第76-100页 |
| 3.2.1 转录组测序产量及组装 | 第76页 |
| 3.2.2 功能注释与分类 | 第76-78页 |
| 3.2.2.1 GO分类 | 第76-77页 |
| 3.2.2.2 COG分类 | 第77-78页 |
| 3.2.2.3 KEGG分类 | 第78页 |
| 3.2.3 转录组EST-SSR引物开发 | 第78-100页 |
| 3.2.3.1 核桃转录组序列中SSR分布特征 | 第78-79页 |
| 3.2.3.2 SSR引物筛选与多态性验证 | 第79-90页 |
| 3.2.3.3 39对EST-SSR的多态性与11个群体遗传结构分析 | 第90-100页 |
| 3.3 讨论 | 第100-103页 |
| 3.3.1 转录组测序 | 第100页 |
| 3.3.2 功能注释 | 第100-101页 |
| 3.3.3 转录组数据中SSR位点分布特征 | 第101-102页 |
| 3.3.4 EST-SSR筛选与多态性检测 | 第102-103页 |
| 3.4 小结 | 第103-104页 |
| 结论 | 第104-106页 |
| 参考文献 | 第106-120页 |
| 攻读硕士期间取得的学术成果 | 第120-121页 |
| 致谢 | 第121页 |
