| 摘要 | 第1-10页 |
| ABSTRACT | 第10-14页 |
| 第1章 文献综述 | 第14-36页 |
| ·甘蓝型油菜的起源和进化 | 第14-16页 |
| ·芸薹属的起源 | 第14-15页 |
| ·甘蓝型油菜的起源和栽培历史 | 第15页 |
| ·甘蓝型油菜在我国的分布 | 第15-16页 |
| ·重要农作物基因组测序的研究进展 | 第16-19页 |
| ·从一代测序到高通量测序的发展 | 第16-17页 |
| ·重要植物的全基因组测序 | 第17-18页 |
| ·高通量测序在植物中的应用 | 第18-19页 |
| ·甘蓝型油菜及其亲本种测序进展 | 第19-22页 |
| ·白菜基因组的测序 | 第19-20页 |
| ·甘蓝基因组的测序 | 第20-21页 |
| ·油菜基因组的测序 | 第21-22页 |
| ·其他高通量测序在油菜中的应用 | 第22页 |
| ·SNP的检测方法比较及在油菜中的应用 | 第22-25页 |
| ·SNP的定义、特点和研究意义 | 第22-23页 |
| ·SNP检测方法 | 第23-25页 |
| ·SNP芯片技术在油菜中的应用 | 第25页 |
| ·关联分析的研究进展及在植物中的应用 | 第25-31页 |
| ·关联分析的基础-连锁不平衡 | 第26页 |
| ·LD的原理和度量 | 第26-27页 |
| ·影响LD的因素 | 第27-28页 |
| ·关联分析的基本方法 | 第28-30页 |
| ·GWAS的常用分析软件 | 第30-31页 |
| ·关联分析与传统连锁作图的比较 | 第31页 |
| ·基因组学在研究农作物起源和驯化中的应用 | 第31-34页 |
| ·栽培水稻的起源和驯化 | 第32页 |
| ·玉米从短日照向长日照的驯化 | 第32页 |
| ·黄瓜苦味的选择驯化 | 第32-33页 |
| ·番茄从小变大的育种驯化历史 | 第33页 |
| ·大豆的驯化与改良 | 第33-34页 |
| ·本研究的目的和意义 | 第34-36页 |
| 第2章 甘蓝型油菜遗传结构和多样性分析 | 第36-56页 |
| ·引言 | 第36页 |
| ·材料与方法 | 第36-40页 |
| ·材料来源 | 第36页 |
| ·主要实验试剂和仪器 | 第36-37页 |
| ·植物材料总DNA的提取和纯化 | 第37页 |
| ·甘蓝型油菜60K SNP芯片杂交技术 | 第37-38页 |
| ·SNP基因型分型检测 | 第38页 |
| ·SNP和基因的电子比对 | 第38页 |
| ·连锁不平衡和LD衰退的检测 | 第38-39页 |
| ·群体结构和亲缘关系的估计 | 第39页 |
| ·系统进化树的构建 | 第39页 |
| ·遗传多样性分析 | 第39-40页 |
| ·Tajima's D值检验 | 第40页 |
| ·部分同源序列比较分析 | 第40页 |
| ·生态型稀有SNP和生态型特有SNP分析 | 第40页 |
| ·结果分析 | 第40-51页 |
| ·SNP的评价和分布 | 第40-42页 |
| ·全基因组水平的连锁不平衡分析 | 第42-44页 |
| ·LD热点和冷点事件 | 第44-46页 |
| ·三个生态型间的多样性和遗传渗透分析 | 第46-49页 |
| ·稀有SNP检测群体扩张 | 第49-50页 |
| ·甘蓝型油菜A和C亚基因组的基因流渗透 | 第50-51页 |
| ·讨论 | 第51-56页 |
| ·油菜遗传多样性和LD衰退的比较研究 | 第51-53页 |
| ·半冬性甘蓝型油菜的遗传改良 | 第53页 |
| ·影响LD及LD热点和冷点的因素 | 第53-55页 |
| ·基因流渗透分析 | 第55-56页 |
| 第3章 甘蓝型油菜生态型间的群体分化和选择适应性分析 | 第56-84页 |
| ·引言 | 第56页 |
| ·材料与方法 | 第56-59页 |
| ·材料种植和数据来源 | 第56-57页 |
| ·群体分化系数的扫描 | 第57页 |
| ·选择性消除分析 | 第57-58页 |
| ·基因富集分析 | 第58页 |
| ·画图工具Circos的安装和使用(Win 7版本) | 第58页 |
| ·全基因组关联分析 | 第58-59页 |
| ·GSAA基因集关联分析 | 第59页 |
| ·开花期的统计 | 第59页 |
| ·数据处理和结果整理 | 第59页 |
| ·结果分析 | 第59-79页 |
| ·甘蓝型油菜生态型间的群体分化研究 | 第59-61页 |
| ·不同生态型问差异基因的富集分析 | 第61-62页 |
| ·不同生态型油菜在DNA和RNA水平下群体分化的互补分析 | 第62-63页 |
| ·中国半冬性油菜与冬性和春性油菜之间的群体分化 | 第63-64页 |
| ·中国半冬性与欧洲油菜的选择性消除分析 | 第64-70页 |
| ·冬性和春性油菜的差异基因分析 | 第70-71页 |
| ·开花期的全基因组关联分析(GWAS) | 第71-76页 |
| ·基于GSAA的生物通路富集分析 | 第76-79页 |
| ·讨论 | 第79-84页 |
| ·SNP芯片和转录组数据的互补性 | 第79页 |
| ·不同种植环境下油菜抗病的选择信号分析 | 第79-80页 |
| ·影响冬性和春性油菜分化的因素 | 第80页 |
| ·开花期关联位点的比较分析 | 第80-81页 |
| ·全基因组关联分析方法的发展 | 第81-82页 |
| ·正向选择分析方法的探讨 | 第82-84页 |
| 第4章 主要结论及创新点 | 第84-86页 |
| ·主要结论 | 第84-85页 |
| ·创新点 | 第85-86页 |
| 参考文献 | 第86-98页 |
| 缩略词表 | 第98-100页 |
| 附录 1 | 第100-104页 |
| 附录 2 | 第104-112页 |
| 附录 3 | 第112-114页 |
| 附录 4 | 第114-118页 |
| 附录 5 | 第118-120页 |
| 附录 6 | 第120-122页 |
| 附录 7 | 第122-124页 |
| 附录 8 | 第124-126页 |
| 致谢 | 第126-128页 |
| 发表论文 | 第128页 |
