| 致谢 | 第1-5页 |
| 目录 | 第5-11页 |
| 摘要 | 第11-13页 |
| 1 文献综述 | 第13-33页 |
| ·植物连作障碍的研究进展 | 第13-16页 |
| ·连作障碍危害 | 第13页 |
| ·连作障碍产生的原因 | 第13-14页 |
| ·连作障碍与植物化感物质 | 第14页 |
| ·连作障碍与根际微生态境 | 第14-15页 |
| ·连作障碍与病虫害 | 第15-16页 |
| ·地黄生产与其连作障碍研究现状 | 第16-17页 |
| ·地黄生产现状分析 | 第16页 |
| ·地黄连作障碍的研究 | 第16-17页 |
| ·转录组学研究 | 第17-21页 |
| ·转录组学的定义 | 第17页 |
| ·转录组学的研究方法 | 第17-20页 |
| ·表达序列标签 | 第17-18页 |
| ·cDNA-AFLP | 第18页 |
| ·基因表达序列分析法 | 第18页 |
| ·基因芯片 | 第18页 |
| ·新一代测序技术 | 第18-20页 |
| ·转录组学的研究应用 | 第20-21页 |
| ·地黄与转录组学 | 第21页 |
| ·差异表达基因分离的研究方法及其应用 | 第21-25页 |
| ·差异显示 | 第21-22页 |
| ·cDNA代表性差异分析 | 第22页 |
| ·cDNA-AFLP | 第22-23页 |
| ·抑制差减杂交(SSH)技术 | 第23页 |
| ·新一代测序下数字化基因表达谱研究 | 第23-25页 |
| ·数字化基因表达(DGE)谱的特点 | 第23-24页 |
| ·数字化基因表达谱的原理和方法 | 第24-25页 |
| ·数字化基因表达谱的应用 | 第25页 |
| ·MIRNAs是真核生物基因表达的重要调控者 | 第25-31页 |
| ·miRNAs特点及作用机理 | 第26-27页 |
| ·miRNAs的特点 | 第26页 |
| ·miRNAs作用机理 | 第26-27页 |
| ·植物miRNAs的研究进展 | 第27-30页 |
| ·miRNAs及其靶基因的鉴定和验证 | 第27页 |
| ·miRNAs调控植物发育 | 第27-28页 |
| ·miRNAs与逆境胁迫 | 第28-30页 |
| ·miRNAs与地黄连作障碍 | 第30-31页 |
| ·本研究的提出和意义 | 第31-33页 |
| 2 基于高通量Solexa/Illumina测序技术的地黄转录组学研究 | 第33-54页 |
| ·引言 | 第33页 |
| ·材料与方法 | 第33-39页 |
| ·材料 | 第33页 |
| ·方法 | 第33-39页 |
| ·总RNA提取 | 第33-36页 |
| ·信息分析 | 第36-39页 |
| ·结果与分析 | 第39-49页 |
| ·序列组装分析 | 第39-45页 |
| ·数据产出 | 第39页 |
| ·Contig组装 | 第39-40页 |
| ·Scaffold拼接 | 第40-41页 |
| ·Unigene 组装 | 第41-42页 |
| ·All-Unigene组装 | 第42-45页 |
| ·All-Unigene功能分析 | 第45-49页 |
| ·同源性比较 | 第45页 |
| ·COG功能分类 | 第45-46页 |
| ·GO功能分类 | 第46-47页 |
| ·All-Unigene代谢通路分析 | 第47页 |
| ·预测编码蛋白框(CDS) | 第47-49页 |
| ·结论与讨论 | 第49-54页 |
| 3 连作地黄根部基因差异表达谱构建及其响应连作障碍基因的筛选 | 第54-92页 |
| ·引言 | 第54页 |
| ·材料与方法 | 第54-64页 |
| ·植物材料的收集与总RNA分离 | 第54页 |
| ·方法 | 第54-64页 |
| ·总RNA提取 | 第54-55页 |
| ·样品制备 | 第55页 |
| ·信息分析 | 第55-60页 |
| ·qRT-PCR分析 | 第60-64页 |
| ·结果与分析 | 第64-86页 |
| ·Solexa Tags标签库测序分析 | 第64-67页 |
| ·测序质量分析 | 第64-65页 |
| ·测序饱和度分析 | 第65-66页 |
| ·Tags匹配转录组分析 | 第66-67页 |
| ·差异表达基因分析 | 第67-86页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第67-72页 |
| ·qRT-PCR验证 | 第72-73页 |
| ·差异表达基因的功能注释 | 第73页 |
| ·差异表达基因GO的功能分类 | 第73-75页 |
| ·差异表达基因的代谢途径分析 | 第75页 |
| ·响应连作障碍关键基因的候选 | 第75-83页 |
| ·关键基因表达模式分析 | 第83-86页 |
| ·结论与讨论 | 第86-92页 |
| ·基因表达差异谱的构建 | 第86页 |
| ·响应地黄连作障碍关键基因的调控机制分析 | 第86-92页 |
| ·MAPK信号转导途径 | 第87-88页 |
| ·钙信号转导和乙烯生物合成途径 | 第88-92页 |
| 4 连作地黄叶片基因差异表达谱构建及其响应连作障碍基因的筛选 | 第92-116页 |
| ·引言 | 第92页 |
| ·材料与方法 | 第92-94页 |
| ·植物材料的收集与RNA分离 | 第92页 |
| ·方法 | 第92-94页 |
| ·结果与分析 | 第94-112页 |
| ·Solexa Tags标签库测序分析 | 第94-97页 |
| ·测序质量分析 | 第94-95页 |
| ·测序饱和度分析 | 第95-96页 |
| ·Tags匹配转录组分析 | 第96-97页 |
| ·差异表达基因分析 | 第97-112页 |
| ·差异表达基因筛选 | 第97-100页 |
| ·差异表达基因功能注释 | 第100-101页 |
| ·差异表达基因GO功能分类 | 第101-102页 |
| ·差异表达基因代谢途径分析 | 第102-103页 |
| ·候选响应连作障碍的关键基因 | 第103-110页 |
| ·关键基因的表达模式分析 | 第110-112页 |
| ·结论与讨论 | 第112-116页 |
| ·基因表达差异谱的构建 | 第112页 |
| ·响应连作地黄叶片关键基因调控机制分析 | 第112-116页 |
| ·逆境胁迫响应 | 第112-113页 |
| ·核心代谢途径受阻 | 第113-116页 |
| 5 响应地黄连作障碍的特异miRNAs鉴定及其功能分析 | 第116-148页 |
| ·引言 | 第116页 |
| ·材料与方法 | 第116-120页 |
| ·植物材料的收集与总RNA分离 | 第116页 |
| ·Solexa/Illumina测序 | 第116-117页 |
| ·保守miRNAs鉴定 | 第117页 |
| ·新型miRNAs鉴定 | 第117页 |
| ·反转录反应(Reverse Transcription Reaction) | 第117页 |
| ·用RT-PCR克隆新型miRNAs | 第117-118页 |
| ·miRNAs表达谱差异分析 | 第118页 |
| ·qRT-PCR分析(quantitative RT-PCR analysis) | 第118-119页 |
| ·miRNAs靶基因预测及GO功能分析 | 第119-120页 |
| ·结果与分析 | 第120-143页 |
| ·小RNAs库构建 | 第120-121页 |
| ·保守miRNAs的鉴定 | 第121-122页 |
| ·新型miRNAs的鉴定 | 第122-128页 |
| ·miRNAs表达差异谱分析 | 第128-137页 |
| ·miRNAs表达模式分析 | 第137-138页 |
| ·差异表达的miRNAs靶基因预测及其GO功能分类 | 第138-143页 |
| ·miRNAs勒基因预测 | 第138-141页 |
| ·靶基因GO功能分类 | 第141-143页 |
| ·结论与讨论 | 第143-148页 |
| ·小RNAs库构建 | 第143页 |
| ·差异表达的miRNAs家族及其靶基因主要功能分析 | 第143-148页 |
| ·miR163家族 | 第143页 |
| ·miR1851家族 | 第143-144页 |
| ·miR4414家族 | 第144页 |
| ·miR863家族 | 第144-145页 |
| ·miR157家族 | 第145页 |
| ·miR397家族 | 第145-146页 |
| ·miR830家族 | 第146-148页 |
| 本研究的特色与创新之处 | 第148-149页 |
| 参考文献 | 第149-167页 |
| Abstract | 第167-170页 |
| 作者简历及在学成果 | 第170-171页 |
