| 摘要 | 第5-6页 |
| ABSTRACT | 第6-7页 |
| 第一章 绪论 | 第10-16页 |
| 1.1 研究背景与意义 | 第10-13页 |
| 1.1.1 研究背景 | 第10-12页 |
| 1.1.2 研究意义 | 第12-13页 |
| 1.2 DNA甲基化与基因表达研究现状 | 第13页 |
| 1.3 目前研究存在的问题 | 第13-14页 |
| 1.4 本文研究内容 | 第14页 |
| 1.5 本文组织结构 | 第14-16页 |
| 第二章 数据与预处理 | 第16-28页 |
| 2.1 基因芯片 | 第16-21页 |
| 2.1.1 DNA甲基化芯片 | 第16-20页 |
| 2.1.2 基因表达芯片 | 第20-21页 |
| 2.2 基因注释数据 | 第21-24页 |
| 2.2.1 GEO数据库 | 第21-23页 |
| 2.2.2 UCSC Genome Browser | 第23-24页 |
| 2.3 蛋白质相互作用信息 | 第24-25页 |
| 2.4 实验数据 | 第25-26页 |
| 2.4.1 DNA甲基化和基因表达数据 | 第25-26页 |
| 2.4.2 PPI数据 | 第26页 |
| 2.5 数据预处理 | 第26-27页 |
| 2.5.1 DNA甲基化和基因表达数据预处理 | 第26-27页 |
| 2.5.2 人类蛋白质互作网络构建 | 第27页 |
| 2.6 本章小结 | 第27-28页 |
| 第三章 差异甲基化和差异表达基因识别 | 第28-33页 |
| 3.1 差异甲基化区域问题描述 | 第28-29页 |
| 3.2 差异甲基化区域识别方法 | 第29-31页 |
| 3.3 差异甲基化基因识别 | 第31页 |
| 3.4 差异表达基因识别 | 第31-32页 |
| 3.5 基因类别划分 | 第32页 |
| 3.6 本章小结 | 第32-33页 |
| 第四章 分类特征构造和分类 | 第33-39页 |
| 4.1 SVM分类方法 | 第33-36页 |
| 4.1.1 SVM方法的原理 | 第33-34页 |
| 4.1.2 线性可分最优分类决策面求解过程 | 第34-36页 |
| 4.2 分类特征构造 | 第36-38页 |
| 4.2.1 中心性方法 | 第36-37页 |
| 4.2.2 Page Rank | 第37-38页 |
| 4.2.3 1N index | 第38页 |
| 4.3 分类器训练和性能估计 | 第38页 |
| 4.4 本章小结 | 第38-39页 |
| 第五章 实验与结果分析 | 第39-51页 |
| 5.1 差异甲基化和差异表达基因 | 第39-40页 |
| 5.2 基因组注释特征的分析 | 第40-41页 |
| 5.3 结合表达的分析 | 第41-43页 |
| 5.4 差异甲基化且差异表达基因的分类 | 第43-44页 |
| 5.5 GO富集分析 | 第44-47页 |
| 5.6 基于差异基因识别方法的比较 | 第47-48页 |
| 5.7 讨论 | 第48-49页 |
| 5.8 本章小结 | 第49-51页 |
| 第六章 总结和展望 | 第51-53页 |
| 6.1 全文总结 | 第51-52页 |
| 6.2 展望 | 第52-53页 |
| 致谢 | 第53-54页 |
| 参考文献 | 第54-59页 |
| 附录 | 第59-60页 |
| 详细摘要 | 第60-62页 |