非血红素铁酶及分子间相互作用力场的研究
| 中文摘要 | 第1-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-24页 |
| ·非血红素铁酶 | 第14-16页 |
| ·分子间弱相互作用 | 第16-17页 |
| ·卤键 | 第17-20页 |
| ·本论文的研究内容及意义 | 第20-21页 |
| 参考文献 | 第21-24页 |
| 第二章 理论基础和计算方法 | 第24-58页 |
| ·量子化学概述 | 第24-42页 |
| ·Born-Oppenhemer近似 | 第24-28页 |
| ·分子轨道理论 | 第28-31页 |
| ·电子相关与相关能 | 第31-36页 |
| ·密度泛函理论 | 第36-39页 |
| ·能量分解方法 | 第39-40页 |
| ·分子静电势 | 第40-41页 |
| ·复合物相互作用能计算 | 第41-42页 |
| ·分子动力学模拟 | 第42-45页 |
| ·分子动力学 | 第42-43页 |
| ·分子力场 | 第43-44页 |
| ·分子力场的参数化 | 第44-45页 |
| ·QM/MM方法 | 第45-51页 |
| ·QM/MM方法的计算模型 | 第45-46页 |
| ·QM/MM方法的基本理论框架 | 第46-50页 |
| ·QM/MM计算程序 | 第50-51页 |
| 参考文献 | 第51-58页 |
| 第三章 HEPD酶的分子动力学模拟 | 第58-70页 |
| ·前言 | 第58-60页 |
| ·计算方法 | 第60-62页 |
| ·模型构建 | 第60-61页 |
| ·分子动力学模拟 | 第61-62页 |
| ·QM/MM分子动力学模拟 | 第62页 |
| ·结果与讨论 | 第62-67页 |
| ·结论 | 第67-68页 |
| 参考文献 | 第68-70页 |
| 第四章 HEPD酶的催化反应机理 | 第70-105页 |
| ·前言 | 第70-71页 |
| ·计算方法 | 第71-76页 |
| ·团簇模型的计算 | 第71-74页 |
| ·QM/MM计算模型 | 第74-76页 |
| ·结果与讨论 | 第76-93页 |
| ·HEPD酶的催化反应机理 | 第77-78页 |
| ·铁超氧化物中间体的性质 | 第78页 |
| ·末端和前端氢转移反应 | 第78-83页 |
| ·羟基过氧化物中间体 | 第83-85页 |
| ·C-C键断裂的反应机理 | 第85-89页 |
| ·酶环境的重要作用 | 第89-93页 |
| ·碳碳键断裂反应的可调节性 | 第93页 |
| ·结论 | 第93-95页 |
| 参考文献 | 第95-105页 |
| 第五章 HEPD酶中水分子的催化作用 | 第105-127页 |
| ·前言 | 第105-107页 |
| ·计算细节 | 第107-108页 |
| ·结果与讨论 | 第108-121页 |
| ·QM/MM反应机理总结 | 第108-109页 |
| ·酶活性中心附近受限水分子的性质 | 第109-113页 |
| ·配体与水分子交换取代反应的检验 | 第113页 |
| ·水分子参与的HEPD酶催化反应机理 | 第113-118页 |
| ·与实验结果的比较 | 第118-121页 |
| ·结论 | 第121-123页 |
| 参考文献 | 第123-127页 |
| 第六章 可极化椭球力场在卤键中的应用 | 第127-150页 |
| ·卤键简介 | 第127-131页 |
| ·卤键势能面的特点 | 第131-132页 |
| ·卤键的可极化椭球模型 | 第132-137页 |
| ·理论和方法 | 第132-135页 |
| ·PEff力场参数拟合方法 | 第135-137页 |
| ·结果和讨论 | 第137-144页 |
| ·PEff模型中的参数 | 第137-138页 |
| ·PEff模型描述卤键的效果 | 第138-144页 |
| ·结论 | 第144-145页 |
| 参考文献 | 第145-150页 |
| 展望 | 第150-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
| 攻读博士期间发表的论文 | 第152-153页 |
| 附录 | 第153-172页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第172页 |
