| 中文摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-15页 |
| 第一章 文献综述 | 第15-34页 |
| 1. 影响鸡肉品质性状的因素 | 第15-16页 |
| ·遗传因素 | 第15页 |
| ·营养因素 | 第15页 |
| ·饲养方式及环境 | 第15-16页 |
| ·屠宰及宰后因素 | 第16页 |
| 2. 鸡肉的品质风味研究进展 | 第16-17页 |
| ·肉品质概念及研究内容 | 第16-17页 |
| ·风味物质及鲜味成分的产生 | 第17页 |
| 3. 肌苷酸作为风味物质的研究进展 | 第17-22页 |
| ·肌苷酸的研究进展 | 第17页 |
| ·肌苷酸形成机理 | 第17-19页 |
| ·活体中肌苷酸的形成 | 第17-19页 |
| ·屠宰后肌苷酸的形成 | 第19页 |
| ·肌苷酸含量的影响因素 | 第19-20页 |
| ·遗传差异 | 第19-20页 |
| ·屠宰 | 第20页 |
| ·肉的冷藏与加热 | 第20页 |
| ·饲料组成 | 第20页 |
| ·肌苷酸合成代谢相关的基因 | 第20-22页 |
| ·PRAT和PAICS | 第20-21页 |
| ·GARS、GART和AIRS | 第21页 |
| ·ATIC | 第21-22页 |
| ·ADSL | 第22页 |
| ·AMPD | 第22页 |
| 4. 基因芯片技术 | 第22-24页 |
| ·基因芯片概述 | 第22-23页 |
| ·基因芯片的基本原理 | 第23页 |
| ·基因芯片的特点 | 第23页 |
| ·基因芯片的制备 | 第23-24页 |
| ·基因芯片的应用 | 第24页 |
| 5. 实时荧光定量PCR | 第24-26页 |
| ·实时荧光定量PCR技术原理 | 第24-25页 |
| ·实时荧光定量PCR定量方法 | 第25页 |
| ·实时荧光定量PCR应用 | 第25-26页 |
| 6. 蛋白质双向电泳和质谱分析技术 | 第26-27页 |
| ·蛋白质双向电泳 | 第26页 |
| ·质谱分析技术 | 第26-27页 |
| 7. 基因网络调控研究现状 | 第27-29页 |
| ·基因网络调控的定义 | 第27页 |
| ·基因网络调控的特点 | 第27-28页 |
| ·基因调控网络构建实验技术 | 第28页 |
| ·基于基因芯片技术网络调控的构建方法 | 第28-29页 |
| 8. 生物信息学方法 | 第29-33页 |
| ·R语言和Bioconductor软件 | 第29-30页 |
| ·Perl语言 | 第30-31页 |
| ·皮尔森系数 | 第31页 |
| ·Cytoscape软件 | 第31-32页 |
| ·GO | 第32-33页 |
| ·KEGG Pathway | 第33页 |
| 9. 本研究目的和意义 | 第33-34页 |
| 第二章 基于基因芯片技术差异表达基因的筛选和分析 | 第34-75页 |
| 第一节 不同鸡种不同时期肌肉组织生长相关基因的表达谱分析 | 第35-63页 |
| 1 引言 | 第35页 |
| 2 试验材料与方法 | 第35-46页 |
| ·试验材料 | 第35-37页 |
| ·试验动物 | 第35页 |
| ·主要试剂和溶液配制 | 第35-36页 |
| ·主要实验仪器 | 第36-37页 |
| ·试验方法 | 第37-41页 |
| ·基因表达谱的检测 | 第37-41页 |
| ·总RNA的提取 | 第37页 |
| ·总RNA的纯化 | 第37-38页 |
| ·cDNA第一链和第二链的一步法合成 | 第38页 |
| ·aaUTP标记cDNA合成 | 第38-39页 |
| ·cRNA纯化 | 第39页 |
| ·cRNA浓度测定 | 第39-40页 |
| ·cRNA标样后标记 | 第40页 |
| ·荧光标记cRNA样品纯化 | 第40-41页 |
| ·荧光分子浓度及掺入率计算 | 第41页 |
| ·cRNA样品片段化和芯片杂交 | 第41页 |
| ·芯片洗涤 | 第41页 |
| ·芯片扫描 | 第41页 |
| ·芯片数据查看说明 | 第41-42页 |
| ·表格字符说明 | 第41-42页 |
| ·检出率计算方法 | 第42页 |
| ·芯片的数据的标准化 | 第42页 |
| ·芯片数据的验证 | 第42-46页 |
| ·实时荧光定量PCR分析 | 第42-43页 |
| ·引物设计 | 第43页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第43页 |
| ·蛋白质双向电泳和质谱分析技术分析 | 第43-46页 |
| ·蛋白质双向电泳 | 第43-45页 |
| ·胶内蛋白质原位酶解和肽混合物的制备 | 第45页 |
| ·质谱分析技术 | 第45页 |
| ·数据库检索鉴定蛋白质 | 第45-46页 |
| 3 数据分析 | 第46页 |
| 4 结果与分析 | 第46-60页 |
| ·质量控制 | 第46-48页 |
| ·RNA质量检测 | 第46-47页 |
| ·芯片的数据质量控制 | 第47-48页 |
| ·荧光Real-time-PCR的质量控制 | 第48页 |
| ·差异基因的筛选和聚类分析 | 第48-56页 |
| ·不同时期肌肉基因表达谱 | 第48-49页 |
| ·肌肉基因在不同生长时间下的差异表达分析 | 第49-51页 |
| ·聚类分析 | 第51-56页 |
| ·分层聚类 | 第51-53页 |
| ·自组织映射聚类 | 第53-55页 |
| ·主成分分析 | 第55-56页 |
| ·芯片数据验证 | 第56-60页 |
| ·实时荧光定量PCR分析 | 第56-58页 |
| ·蛋白质双向电泳和质谱分析技术分析 | 第58-60页 |
| 5 讨论 | 第60-63页 |
| ·实时荧光PCR和蛋白方法验证芯片数据 | 第60-61页 |
| ·基因表达谱分析 | 第61-63页 |
| 第二节 2、12周龄如皋黄鸡与隐性白羽鸡肌肉组织相关差异基因的表达 | 第63-75页 |
| 1 引言 | 第63页 |
| 2 试验材料与方法 | 第63-64页 |
| ·试验材料 | 第63页 |
| ·试验方法 | 第63-64页 |
| ·体重的测量 | 第63页 |
| ·实时荧光定量PCR | 第63页 |
| ·引物设计 | 第63-64页 |
| 3 数据分析 | 第64页 |
| 4 结果与分析 | 第64-71页 |
| ·两鸡种不同周龄体重 | 第64-65页 |
| ·如皋黄鸡和隐性白羽鸡肌肉不同时期相关差异基因筛选以及GO分类 | 第65-69页 |
| ·差异基因Cluster聚类图 | 第69-70页 |
| ·实时荧光定量PCR分析 | 第70-71页 |
| 5 讨论 | 第71-75页 |
| ·动物模型的选择 | 第71页 |
| ·生长发育差异基因与体重的相关分析 | 第71-72页 |
| ·筛选的部分其他相关主效基因 | 第72-74页 |
| ·GO功能分类及其未知基因的发现 | 第74-75页 |
| 第三章 肌苷酸关键酶基因的表达及其网络调控的构建 | 第75-95页 |
| 1 引言 | 第75-76页 |
| 2 材料与方法 | 第76-81页 |
| ·试验动物 | 第76页 |
| ·主要溶液的配制及主要实验仪器 | 第76-77页 |
| ·试验方法 | 第77-81页 |
| ·肌苷酸含量的测定步骤 | 第77-78页 |
| ·芯片的制备和数据处理 | 第78-79页 |
| ·相关系数模型构建肌苷酸相关基因的网络调控图 | 第79-81页 |
| 3 相关分析软件和统计方法 | 第81-82页 |
| 4 结果与分析 | 第82-91页 |
| ·肌肉组织中肌苷酸的含量 | 第82页 |
| ·肌苷酸关键酶基因的表达与肌苷酸含量分析 | 第82-83页 |
| ·相关系数求解基因线性相关及其网络图分析 | 第83-89页 |
| ·肌苷酸相关基因网络调控的构建 | 第89-91页 |
| 5 讨论 | 第91-95页 |
| ·肌苷酸关键酶基因的表达与肌苷酸含量相关分析 | 第91-92页 |
| ·相关系数求解基因线性相关及其网络图分析 | 第92-93页 |
| ·肌苷酸相关基因网络调控的构建 | 第93-95页 |
| 全文结论 | 第95-96页 |
| 全文创新点 | 第96-97页 |
| 参考文献 | 第97-107页 |
| 附录 | 第107-110页 |
| 致谢 | 第110-111页 |
| 攻读学位期间发表学术论文和专利目录 | 第111-114页 |
