| 摘要 | 第1-5页 |
| Abstract | 第5-14页 |
| 第一章 绪论 | 第14-30页 |
| ·代谢网络简介 | 第14页 |
| ·代谢网络研究意义 | 第14-17页 |
| ·代谢流量分析与代谢组学 | 第15页 |
| ·代谢流量分析与代谢工程 | 第15-16页 |
| ·代谢拓扑结构与生物功能 | 第16页 |
| ·代谢网络与进化分析 | 第16-17页 |
| ·本文研究内容 | 第17-19页 |
| ·相关研究进展 | 第19-29页 |
| ·重构代谢网络 | 第19页 |
| ·代谢网络流量分析 | 第19-23页 |
| ·代谢网络结构分析 | 第23-25页 |
| ·代谢网络进化理论 | 第25-29页 |
| ·论文结构 | 第29-30页 |
| 第二章 大肠杆菌代谢流量分析 | 第30-40页 |
| ·引言 | 第30-31页 |
| ·方法 | 第31-34页 |
| ·基本公式 | 第31-32页 |
| ·流量范围计算 | 第32-33页 |
| ·平均流量计算 | 第33页 |
| ·平衡流量计算 | 第33-34页 |
| ·大肠杆菌中心碳代谢网络 | 第34页 |
| ·结果和分析 | 第34-38页 |
| ·本章小结 | 第38-40页 |
| 第三章 大肠杆菌最小代谢网络 | 第40-52页 |
| ·引言 | 第40-41页 |
| ·材料和方法 | 第41-44页 |
| ·代谢反应 | 第41页 |
| ·方法 | 第41-44页 |
| ·结果 | 第44-50页 |
| ·辅助代谢物 | 第44-45页 |
| ·最小代谢反应集 | 第45-46页 |
| ·重要反应分类 | 第46-47页 |
| ·代谢物节点度分布 | 第47-49页 |
| ·重要基因分析 | 第49-50页 |
| ·本章小结 | 第50-52页 |
| 第四章 缺失变异对代谢网络的影响 | 第52-62页 |
| ·引言 | 第52-53页 |
| ·材料和方法 | 第53-54页 |
| ·代谢网络 | 第53页 |
| ·方法 | 第53-54页 |
| ·结果 | 第54-59页 |
| ·讨论 | 第59-61页 |
| ·本章小结 | 第61-62页 |
| 第五章 通过代谢网络预测重要基因 | 第62-68页 |
| ·引言 | 第62-63页 |
| ·材料和方法 | 第63-64页 |
| ·代谢网络 | 第63页 |
| ·方法 | 第63-64页 |
| ·结果和讨论 | 第64-66页 |
| ·本章小结 | 第66-68页 |
| 第六章 元代谢网络的进化 | 第68-82页 |
| ·引言 | 第68-69页 |
| ·材料和方法 | 第69-72页 |
| ·元代谢网络 | 第69-70页 |
| ·主要反应 | 第70页 |
| ·辅助反应 | 第70页 |
| ·辅助代谢物 | 第70-71页 |
| ·进化原始起点 | 第71页 |
| ·原始无机环境 | 第71页 |
| ·原始有机环境 | 第71页 |
| ·原始辅助物质 | 第71页 |
| ·进化模式 | 第71-72页 |
| ·结果 | 第72-79页 |
| ·讨论 | 第79-80页 |
| ·本章小结 | 第80-82页 |
| 第七章 大肠杆菌代谢网络的自主和适应性进化 | 第82-94页 |
| ·引言 | 第82-83页 |
| ·材料和方法 | 第83-84页 |
| ·代谢网络 | 第83-84页 |
| ·方法 | 第84页 |
| ·结果 | 第84-90页 |
| ·不同种类生物体的代谢网络进化过程 | 第84-85页 |
| ·大肠肝菌代谢网络进化分析 | 第85-88页 |
| ·必须的代谢物 | 第88-90页 |
| ·大肠肝菌进化的适应性和自主性 | 第90页 |
| ·本章小结 | 第90-94页 |
| 第八章 基于代谢网络进化的生物优化生长反应出现期推测 | 第94-102页 |
| ·引言 | 第94-95页 |
| ·材料和方法 | 第95-97页 |
| ·元代谢网络 | 第95-96页 |
| ·通量平衡分析模型 | 第96页 |
| ·大肠杆菌代谢网络 | 第96-97页 |
| ·结果 | 第97-98页 |
| ·代谢网络进化 | 第97页 |
| ·大肠杆菌的重要反应 | 第97页 |
| ·大肠杆菌的优化生长反应 | 第97-98页 |
| ·讨论 | 第98-100页 |
| ·本章小结 | 第100-102页 |
| 第九章 结论与展望 | 第102-106页 |
| ·本文工作的总结 | 第102-103页 |
| ·未来工作的展望 | 第103-106页 |
| 参考文献 | 第106-120页 |
| 发表/录用论文 | 第120页 |
| 已投稿论文 | 第120-122页 |
| 致谢 | 第122-123页 |