| 致谢 | 第1-6页 |
| 摘要 | 第6-7页 |
| ABSTRACT | 第7-13页 |
| 第一章 文献综述 | 第13-25页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶 | 第13-15页 |
| ·醛缩酶简介 | 第13页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的性质 | 第13页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的催化机制 | 第13-15页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的应用 | 第15-16页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的应用 | 第15-16页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的应用局限性 | 第16页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的研究进展 | 第16-21页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的基因工程研究进展 | 第16-19页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的立体选择性研究 | 第19-21页 |
| ·分子模拟 | 第21-23页 |
| ·同源建模 | 第21-23页 |
| ·分子对接研究 | 第23页 |
| ·生物信息学应用 | 第23-24页 |
| ·本文研究思路 | 第24-25页 |
| 第二章 脱氧核糖醛缩酶同源基因的克隆与过表达 | 第25-44页 |
| ·引言 | 第25页 |
| ·实验材料与方法 | 第25-37页 |
| ·菌种和质粒 | 第25-26页 |
| ·主要实验仪器 | 第26-27页 |
| ·药品与试剂 | 第27-31页 |
| ·实验方法 | 第31-37页 |
| ·菌种的活化和保藏 | 第31页 |
| ·玻璃珠法提取革兰氏阳性菌染色体DNA | 第31页 |
| ·从基因组扩增目的片段 | 第31-33页 |
| ·PCR产物的纯化 | 第33页 |
| ·DNA琼脂糖凝胶电泳 | 第33页 |
| ·DNA电泳条带的切胶回收 | 第33页 |
| ·酶切体系建立 | 第33-34页 |
| ·限制性内切酶的失活 | 第34页 |
| ·连接体系的建立 | 第34页 |
| ·超级感受态细胞的制备(Inoue法) | 第34-35页 |
| ·质粒的转化 | 第35页 |
| ·质粒抽提(煮沸法) | 第35-36页 |
| ·IPTG诱导表达 | 第36页 |
| ·SDS-PAGE蛋白电泳 | 第36-37页 |
| ·DNA测序 | 第37页 |
| ·结果与讨论 | 第37-43页 |
| ·含目的基因片断的重组质粒的构建 | 第37-40页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的表达验证 | 第40-42页 |
| ·脱氧核糖醛缩酶的基因及蛋白序列比较 | 第42-43页 |
| ·本章小结 | 第43-44页 |
| 第三章 脱氧核糖醛缩酶的分离纯化与酶学性质测定 | 第44-56页 |
| ·引言 | 第44页 |
| ·实验材料与方法 | 第44-48页 |
| ·菌种与培养基 | 第44页 |
| ·主要实验仪器 | 第44-45页 |
| ·试剂 | 第45页 |
| ·实验方法 | 第45-48页 |
| ·DERA过表达 | 第45-46页 |
| ·粗酶液的提取 | 第46页 |
| ·镍离子亲和层析柱HisTrap~(TM) FF纯化DERA | 第46页 |
| ·用脱盐柱置换缓冲液 | 第46页 |
| ·纯化产物的分析 | 第46页 |
| ·酶活的测定 | 第46-47页 |
| ·蛋白含量测定 | 第47页 |
| ·热稳定性和最优pH测定 | 第47页 |
| ·连续羟醛缩合方法 | 第47页 |
| ·分析方法 | 第47-48页 |
| ·结果和讨论 | 第48-55页 |
| ·诱导条件优化 | 第48-49页 |
| ·蛋白的纯化 | 第49-51页 |
| ·温度及pH对脱氧核糖醛缩酶的影响 | 第51-52页 |
| ·各种DERA对DRP和DR的催化效率比较 | 第52-53页 |
| ·结构与底物专一性分析 | 第53-55页 |
| ·连续羟醛缩合反应及产物定性分析 | 第55页 |
| ·本章小节 | 第55-56页 |
| 第四章 脱氧核糖醛缩酶分子同源建模与对接研究 | 第56-64页 |
| ·引言 | 第56页 |
| ·材料和方法 | 第56-57页 |
| ·蛋白氨基酸序列 | 第56页 |
| ·计算结构预测和分子模拟 | 第56页 |
| ·同源建模 | 第56页 |
| ·对接分析 | 第56-57页 |
| ·蛋白的准备 | 第56-57页 |
| ·配体的准备 | 第57页 |
| ·配体的构象分析 | 第57页 |
| ·精确分子对接 | 第57页 |
| ·结果和讨论 | 第57-63页 |
| ·结构叙述 | 第57-58页 |
| ·同源建模及模型评价 | 第58-60页 |
| ·同源建模 | 第58页 |
| ·模型评价 | 第58-60页 |
| ·结构分析 | 第60页 |
| ·对接分析 | 第60-63页 |
| ·对接结果分析 | 第60-61页 |
| ·静电与疏水性分析 | 第61-63页 |
| ·本章小结 | 第63-64页 |
| 第五章 结论与展望 | 第64-66页 |
| ·结论 | 第64-65页 |
| ·展望 | 第65-66页 |
| 参考文献 | 第66-72页 |
| 附录 | 第72-93页 |
| 附录Ⅰ 核苷酸序列列表 | 第72-76页 |
| 附录Ⅱ 氨基酸序列 | 第76-78页 |
| 附录Ⅲ 连续羟醛反应GC-MS结果 | 第78-80页 |
| 附录Ⅳ 同源建模比对 | 第80-84页 |
| 附录Ⅴ DERA静电与疏水特性图 | 第84-93页 |
| 作者简历 | 第93页 |