| 摘要 | 第3-4页 |
| Abstract | 第4页 |
| 主要符号对照表 | 第7-11页 |
| 第1章 绪论 | 第11-16页 |
| 1.1 研究意义 | 第11-12页 |
| 1.2 国内外研究现状 | 第12-13页 |
| 1.3 研究内容和创新之处 | 第13-16页 |
| 1.3.1 病毒的分类 | 第13-14页 |
| 1.3.2 寨卡病毒的进化分析 | 第14页 |
| 1.3.3 新的序列比较方法 | 第14页 |
| 1.3.4 创新之处 | 第14-16页 |
| 第2章 病毒在60维蛋白质空间上的分类 | 第16-36页 |
| 2.1 序言 | 第16-18页 |
| 2.2 方法 | 第18-23页 |
| 2.2.1 病毒数据的概述 | 第18-19页 |
| 2.2.2 自然向量和蛋白质空间 | 第19-20页 |
| 2.2.3 豪斯多夫距离 | 第20-21页 |
| 2.2.4 自然图形 | 第21-22页 |
| 2.2.5 预测病毒的类别 | 第22-23页 |
| 2.3 结果 | 第23-31页 |
| 2.3.1 ds DNA病毒的预测（第I巴尔的摩纲） | 第24页 |
| 2.3.2 ss DNA病毒的预测（第II巴尔的摩纲） | 第24-26页 |
| 2.3.3 ds RNA病毒的预测（第III巴尔的摩纲） | 第26-27页 |
| 2.3.4 (+)ss RNA病毒的预测（第IV巴尔的摩纲） | 第27-28页 |
| 2.3.5 (-)ss RNA病毒的预测（第V巴尔的摩纲） | 第28页 |
| 2.3.6 ss RNA-RT病毒的预测（第VI巴尔的摩纲） | 第28-29页 |
| 2.3.7 ds DNA-RT病毒的预测（第VII巴尔的摩纲） | 第29-31页 |
| 2.4 与其它方法的比较 | 第31-33页 |
| 2.5 讨论和结论 | 第33-36页 |
| 第3章 基于自然向量法的寨卡和黄病毒的进化分析 | 第36-54页 |
| 3.1 序言 | 第36-37页 |
| 3.2 实验材料与方法 | 第37-42页 |
| 3.2.1 数据来源 | 第37-41页 |
| 3.2.2 自然向量法 | 第41-42页 |
| 3.3 结论 | 第42-48页 |
| 3.3.1 寨卡病毒株的进化分析 | 第42-45页 |
| 3.3.2 黄病毒的进化分析 | 第45-48页 |
| 3.4 讨论 | 第48-50页 |
| 3.5 结论 | 第50-54页 |
| 第4章 一种新的非序列比对的基因比较方法 | 第54-78页 |
| 4.1 序言 | 第54-55页 |
| 4.2 方法 | 第55-58页 |
| 4.2.1 多编码向量 | 第55页 |
| 4.2.2 多编码向量与序列的一一对应性 | 第55-58页 |
| 4.2.3 18 维多编码向量 | 第58页 |
| 4.3 结论 | 第58-67页 |
| 4.3.1 禽流感病毒的进化关系 | 第59页 |
| 4.3.2 人类鼻病毒的进化关系 | 第59-65页 |
| 4.3.3 冠状病毒的进化关系 | 第65-66页 |
| 4.3.4 细菌的进化关系 | 第66-67页 |
| 4.4 讨论和结论 | 第67-78页 |
| 第5章 结论 | 第78-79页 |
| 参考文献 | 第79-83页 |
| 致谢 | 第83-85页 |
| 附录A 数据 | 第85-95页 |
| 个人简历、在学期间发表的学术论文与研究成果 | 第95页 |
