基于转录组测序的拉萨裸裂尻鱼基因差异表达分析及分子标记开发
| 摘要 | 第6-8页 |
| Abstract | 第8-9页 |
| 缩略词表 | 第10-11页 |
| 第一章 文献综述 | 第11-24页 |
| 1 转录组学概述 | 第11-17页 |
| 1.1 转录组和转录组学 | 第11-12页 |
| 1.2 转录组学研究应用 | 第12-14页 |
| 1.2.1 挖掘未知基因 | 第12页 |
| 1.2.2 研究基因表达及基因功能 | 第12-13页 |
| 1.2.3 开发分子标记 | 第13-14页 |
| 1.3 鱼类转录组学研究进展 | 第14-17页 |
| 1.3.1 转录组学在鱼类毒理学中的应用 | 第14-15页 |
| 1.3.2 转录组学在鱼类发育生物学中的应用 | 第15页 |
| 1.3.3 转录组学在鱼类进化生物学中的应用 | 第15-16页 |
| 1.3.4 鱼类免疫学中转录组学的应用 | 第16-17页 |
| 2 分子标记概述 | 第17-22页 |
| 2.1 DNA分子标记 | 第17-18页 |
| 2.2 SSR分子标记 | 第18页 |
| 2.3 SNP分子标记 | 第18-20页 |
| 2.4 分子标记在鱼类中研究进展 | 第20-22页 |
| 2.4.1 遗传多样性和遗传结构分析 | 第20-21页 |
| 2.4.2 种质鉴定 | 第21页 |
| 2.4.3 亲缘关系分析 | 第21-22页 |
| 3 拉萨裸裂尻鱼研究进展 | 第22-23页 |
| 3.1 拉萨裸裂尻鱼概述 | 第22页 |
| 3.2 拉萨裸裂尻研究概述 | 第22-23页 |
| 4 本研究的目的与意义 | 第23-24页 |
| 第二章 拉萨裸裂尻鱼转录组测序及差异分析 | 第24-45页 |
| 1 引言 | 第24页 |
| 2 材料与方法 | 第24-28页 |
| 2.1 实验材料 | 第24页 |
| 2.2 实验方法 | 第24-28页 |
| 2.2.1 RNA提取 | 第24-25页 |
| 2.2.2 cDNA文库构建及测序 | 第25-27页 |
| 2.2.3 生物信息学分析 | 第27-28页 |
| 3 结果与分析 | 第28-43页 |
| 3.1 测序产量统计分析 | 第28-30页 |
| 3.2 转录本拼接及统计 | 第30-31页 |
| 3.3 基因功能注释 | 第31-35页 |
| 3.4 基因分类 | 第35-39页 |
| 3.4.1 基因GO分类 | 第35-36页 |
| 3.4.2 基因KOG分类 | 第36-38页 |
| 3.4.3 基因KEGG分类 | 第38-39页 |
| 3.5 基因表达水平分析 | 第39-40页 |
| 3.6 差异表达分析 | 第40页 |
| 3.7 差异基因GO和KEGG富集分析 | 第40-43页 |
| 4 讨论 | 第43-45页 |
| 4.1 转录组测序数据及功能分析 | 第43-44页 |
| 4.2 差异基因表达分析 | 第44-45页 |
| 第三章 拉萨裸裂尻鱼SSR标记开发 | 第45-59页 |
| 1 引言 | 第45页 |
| 2 材料与方法 | 第45-48页 |
| 2.1 实验材料 | 第45页 |
| 2.2 实验方法 | 第45-48页 |
| 2.2.1 DNA提取和检测 | 第45-46页 |
| 2.2.2 SSR位点查找与分析和引物设计 | 第46-47页 |
| 2.2.3 多态性引物筛选 | 第47-48页 |
| 3 结果与分析 | 第48-57页 |
| 3.1 SSR分子标记筛选 | 第48-50页 |
| 3.2 引物设计 | 第50-51页 |
| 3.3 引物初筛 | 第51-52页 |
| 3.4 SSR分子多态性分析 | 第52-57页 |
| 4 讨论 | 第57-59页 |
| 4.1 SS1重复类型分布特点及频率 | 第57-58页 |
| 4.2 SSR多态性筛选 | 第58-59页 |
| 全文总结 | 第59-60页 |
| 参考文献 | 第60-68页 |
| 致谢 | 第68页 |
