| 摘要 | 第7-9页 |
| Abstract | 第9-11页 |
| 第1章 文献综述 | 第12-20页 |
| 1.1 柑橘病毒病害的研究进展 | 第12-14页 |
| 1.1.1 柑橘碎叶病毒 | 第12-13页 |
| 1.1.2 柑橘叶斑驳病毒 | 第13-14页 |
| 1.2 柑橘病毒检测与鉴定方法研究进展 | 第14-20页 |
| 1.2.1 生物学测定法 | 第15页 |
| 1.2.2 电子显微镜检测方法 | 第15-16页 |
| 1.2.3 血清学检测方法 | 第16页 |
| 1.2.4 分子生物学检测方法 | 第16-18页 |
| 1.2.5 高通量测序 | 第18-20页 |
| 第2章 引言 | 第20-22页 |
| 2.1 研究背景及意义 | 第20-21页 |
| 2.2 技术路线 | 第21-22页 |
| 第3章 黄金蜜柚花叶病病原的高通量测序和分子鉴定分析 | 第22-50页 |
| 3.1 材料、仪器与试剂 | 第22-24页 |
| 3.1.1 样品来源 | 第22页 |
| 3.1.2 主要仪器设备 | 第22-23页 |
| 3.1.3 主要试剂及储备液配制 | 第23-24页 |
| 3.2 试验方法 | 第24-35页 |
| 3.2.1 Trizol法提取柑橘总RNA | 第24-25页 |
| 3.2.2 转录组建库测序 | 第25-27页 |
| 3.2.3 转录组测序原始数据处理与分析 | 第27页 |
| 3.2.4 引物设计合成 | 第27-29页 |
| 3.2.5 一步法PCR | 第29页 |
| 3.2.6 RACE-PCR(RapidAmplificationofcDNAEnds-PCR) | 第29-32页 |
| 3.2.7 目的条带切胶回收 | 第32-33页 |
| 3.2.8 连接转化克隆 | 第33-34页 |
| 3.2.9 阳性克隆检测 | 第34页 |
| 3.2.10 生物信息学分析 | 第34-35页 |
| 3.3 结果分析 | 第35-48页 |
| 3.3.1 高通量测序结果分析 | 第35页 |
| 3.3.2 候选病原物的确定及PCR验证 | 第35-36页 |
| 3.3.3 全基因组序列的扩增 | 第36-37页 |
| 3.3.4 3个ASGV分离株的基因组结构分析 | 第37-38页 |
| 3.3.5 3个ASGV分离株与其它相关病毒的相似性比较 | 第38-43页 |
| 3.3.6 遗传变异进化分析 | 第43-48页 |
| 3.4 结论与讨论 | 第48-50页 |
| 第4章 黄金蜜柚花叶病病原生物学鉴定和田间发生与分布调查 | 第50-60页 |
| 4.1 材料、仪器与试剂 | 第50-51页 |
| 4.1.1 样品准备 | 第50页 |
| 4.1.2 主要仪器设备 | 第50页 |
| 4.1.3 主要试剂及储备液配制 | 第50-51页 |
| 4.2 实验方法 | 第51-52页 |
| 4.2.1 Trizol法提取总核酸 | 第51页 |
| 4.2.2 引物合成 | 第51页 |
| 4.2.3 cDNA反转 | 第51-52页 |
| 4.2.4 普通PCR | 第52页 |
| 4.2.5 实时定量PCR(RT-qPCR) | 第52页 |
| 4.3 结果与分析 | 第52-58页 |
| 4.3.1 检测已嫁接黄金蜜柚芽的砧木 | 第52-53页 |
| 4.3.2 黄金蜜柚抽梢后检测 | 第53-56页 |
| 4.3.3 琯溪蜜柚接毒后检测 | 第56-57页 |
| 4.3.4 田间发生与分布调查 | 第57-58页 |
| 4.4 结论与讨论 | 第58-60页 |
| 第5章 春香叶斑驳病病原的高通量测序和分子鉴定分析 | 第60-76页 |
| 5.1 材料、仪器与试剂 | 第60-61页 |
| 5.1.1 样品来源 | 第60页 |
| 5.1.2 主要仪器设备 | 第60页 |
| 5.1.3 主要试剂及储备液配制 | 第60-61页 |
| 5.2 试验方法 | 第61-63页 |
| 5.2.1 Trizol法提取柑橘总RNA | 第61页 |
| 5.2.2 转录组建库测序 | 第61页 |
| 5.2.3 转录组测序原始数据处理与分析 | 第61页 |
| 5.2.4 引物设计合成 | 第61-62页 |
| 5.2.5 一步法PCR | 第62页 |
| 5.2.6 RACE-PCR | 第62页 |
| 5.2.7 目的条带切胶回收 | 第62-63页 |
| 5.2.8 连接转化 | 第63页 |
| 5.2.9 阳性克隆检测 | 第63页 |
| 5.2.10 生物信息学分析 | 第63页 |
| 5.3 结果分析 | 第63-74页 |
| 5.3.1 高通量测序结果分析 | 第63页 |
| 5.3.2 候选病原物的确定及PCR验证 | 第63-64页 |
| 5.3.3 HaCV全基因组序列的扩增 | 第64-65页 |
| 5.3.4 基因组结构分析 | 第65-67页 |
| 5.3.5 HaCV与其它相关病毒的相似性比较 | 第67-69页 |
| 5.3.6 遗传变异进化分析 | 第69-74页 |
| 5.4 结论与讨论 | 第74-76页 |
| 第6章 主要结论、创新点和展望 | 第76-78页 |
| 6.1 主要结论 | 第76页 |
| 6.2 创新点 | 第76页 |
| 6.3 展望 | 第76-78页 |
| 参考文献 | 第78-86页 |
| 附录 缩略词与中英文对照 | 第86-88页 |
| 攻读学位期间发表论文及参加科研项目 | 第88-90页 |
| 致谢 | 第90页 |
