| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第1章 绪论 | 第16-33页 |
| 1.1 课题背景及研究的目的和意义 | 第16-18页 |
| 1.2 相关概念介绍 | 第18-23页 |
| 1.2.1 基因本体 | 第18-19页 |
| 1.2.2 基因本体注释 | 第19-21页 |
| 1.2.3 术语语义相似度与基因功能相似度 | 第21-22页 |
| 1.2.4 蛋白质序列与结构域 | 第22-23页 |
| 1.3 国内外研究现状 | 第23-30页 |
| 1.3.1 基因功能相似度计算方法 | 第23-26页 |
| 1.3.2 基因功能相似度快速计算 | 第26-27页 |
| 1.3.3 基因功能相似网络构建与纯化 | 第27-28页 |
| 1.3.4 疾病基因挖掘方法 | 第28-30页 |
| 1.4 本文主要研究内容 | 第30-33页 |
| 第2章 基于加权继承语义的基因功能相似度计算方法 | 第33-55页 |
| 2.1 引言 | 第33-34页 |
| 2.2 基因功能相似度计算模型 | 第34-37页 |
| 2.3 术语与术语集合的语义信息量 | 第37-41页 |
| 2.3.1 术语语义信息量 | 第37-38页 |
| 2.3.2 术语集合语义信息量 | 第38页 |
| 2.3.3 加权继承语义方法计算术语集合语义信息量 | 第38-39页 |
| 2.3.4 实例演示：WIS计算术语集合语义信息量 | 第39-41页 |
| 2.4 基于WIS方法计算基因功能相似度 | 第41页 |
| 2.5 WIS算法时间复杂度分析 | 第41-42页 |
| 2.6 WIS方法实验结果与分析 | 第42-53页 |
| 2.6.1 实验数据和评价指标 | 第42-44页 |
| 2.6.2 术语语义信息量的分布 | 第44-45页 |
| 2.6.3 生物通路中基因功能分类 | 第45-46页 |
| 2.6.4 CESSM评价平台 | 第46-48页 |
| 2.6.5 酵母蛋白质相互作用实验 | 第48-51页 |
| 2.6.6 酵母基因共表达数据实验 | 第51-52页 |
| 2.6.7 讨论 | 第52-53页 |
| 2.7 本章小结 | 第53-55页 |
| 第3章 基因功能相似度计算加速方法 | 第55-71页 |
| 3.1 引言 | 第55-56页 |
| 3.2 基因功能相似度算法效率分析 | 第56-57页 |
| 3.3 基因功能相似度计算方法加速策略 | 第57-59页 |
| 3.4 实例演示：基于哈希表加速术语语义相似度计算 | 第59-62页 |
| 3.4.1 哈希表的构建 | 第59-60页 |
| 3.4.2 术语语义相似度计算 | 第60-62页 |
| 3.5 基因功能相似度计算加速方法时间复杂度分析 | 第62-63页 |
| 3.6 基因功能相似度加速方法实验结果与分析 | 第63-70页 |
| 3.6.1 构建哈希表的运行时间 | 第63-64页 |
| 3.6.2 计算术语语义相似度运行时间 | 第64-65页 |
| 3.6.3 计算基因功能相似度运行时间 | 第65-66页 |
| 3.6.4 与其它方法的比较 | 第66-68页 |
| 3.6.5 讨论 | 第68-70页 |
| 3.7 本章小结 | 第70-71页 |
| 第4章 基因功能相似网络构建与纯化算法 | 第71-89页 |
| 4.1 引言 | 第71-73页 |
| 4.2 多数据集成基因功能相似网络构建 | 第73-75页 |
| 4.2.1 实验数据 | 第73-74页 |
| 4.2.2 多数据集成的基因功能相似网络构建 | 第74-75页 |
| 4.3 参考基因关联网络构建 | 第75-78页 |
| 4.3.1 加权基因关联网络的构建 | 第75页 |
| 4.3.2 基因拓扑关联网络的构建 | 第75-77页 |
| 4.3.3 参考基因关联网络的构建 | 第77-78页 |
| 4.4 多数据集成基因功能相似网络纯化 | 第78-79页 |
| 4.4.1 多数据集成基因功能相似网络纯化 | 第78-79页 |
| 4.4.2 算法时间复杂度分析 | 第79页 |
| 4.5 实验结果与分析 | 第79-86页 |
| 4.5.1 基因功能相似度取值分布 | 第80页 |
| 4.5.2 基因功能相似性和蛋白质接近分数的关系 | 第80-81页 |
| 4.5.3 RGFSN的整体拓扑结构特性 | 第81-82页 |
| 4.5.4 RGFSN中节点度分布 | 第82-84页 |
| 4.5.5 RGFSN中基因功能相似度取值分布 | 第84页 |
| 4.5.6 蛋白质复合体预测实验 | 第84-86页 |
| 4.6 讨论 | 第86-88页 |
| 4.6.1 参考基因关联网络构建 | 第86-87页 |
| 4.6.2 网络纯化的阈值选择 | 第87-88页 |
| 4.6.3 纯化基因功能相似网络的验证 | 第88页 |
| 4.7 本章小结 | 第88-89页 |
| 第5章 基于基因相似网络的疾病基因挖掘算法 | 第89-109页 |
| 5.1 引言 | 第89-91页 |
| 5.2 多数据集成的基因相似网络构建 | 第91-95页 |
| 5.2.1 实验数据介绍 | 第91-92页 |
| 5.2.2 多数据集成的基因相似网络构建 | 第92-94页 |
| 5.2.3 多数据集成的基因相似网络阈值筛选 | 第94-95页 |
| 5.3 表型-基因双层网络构建 | 第95-96页 |
| 5.4 带重启的随机游走算法 | 第96-98页 |
| 5.4.1 带重启的随机游走模型 | 第96-97页 |
| 5.4.2 疾病基因挖掘算法－RWRB算法 | 第97-98页 |
| 5.4.3 RWRB算法时间复杂度分析 | 第98页 |
| 5.5 RWRB算法实验结果与分析 | 第98-105页 |
| 5.5.1 实验评价指标 | 第98-100页 |
| 5.5.2 RWRB算法实验结果 | 第100-101页 |
| 5.5.3 参数对RWRB算法的影响 | 第101-102页 |
| 5.5.4 RWRB算法与网络模型方法的比较 | 第102-103页 |
| 5.5.5 RWRB算法与特征表示方法的比较 | 第103-104页 |
| 5.5.6 基于RWRB方法预测阿尔茨海默病疾病基因 | 第104-105页 |
| 5.6 多数据集成的基因相似网络分析 | 第105-108页 |
| 5.6.1 多数据集成的基因相似网络的优点 | 第105-106页 |
| 5.6.2 多数据集成的基因相似网络阈值选择 | 第106-107页 |
| 5.6.3 接下来的工作 | 第107-108页 |
| 5.7 本章小结 | 第108-109页 |
| 结论 | 第109-111页 |
| 参考文献 | 第111-126页 |
| 攻读博士学位期间发表的论文及其它成果 | 第126-129页 |
| 致谢 | 第129-130页 |
| 个人简历 | 第130页 |
