| 摘要 | 第4-5页 |
| Abstract | 第5-6页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-28页 |
| 1.1 多杀菌素的结构 | 第12-14页 |
| 1.2 多杀菌素的作用机理 | 第14-15页 |
| 1.3 多杀菌素的生物合成 | 第15-20页 |
| 1.3.1 聚酮链的生物合成 | 第17-18页 |
| 1.3.2 大环内酯修饰基因 | 第18-19页 |
| 1.3.3 三甲氧基鼠李糖的生物合成与连接 | 第19页 |
| 1.3.4 福乐糖胺的生物合成 | 第19页 |
| 1.3.5 多杀菌素生物合成基因簇的侧翼基因 | 第19页 |
| 1.3.6 多杀菌素生物合成的调控基因 | 第19-20页 |
| 1.4 刺糖多孢菌的菌种特征、发酵条件和分离检测 | 第20-21页 |
| 1.4.1 菌种特征 | 第20页 |
| 1.4.2 发酵条件 | 第20页 |
| 1.4.3 分离检测 | 第20-21页 |
| 1.5 刺糖多孢菌的诱变育种和培养基优化 | 第21页 |
| 1.5.1 理化诱变育种筛选多杀菌素高产菌 | 第21页 |
| 1.5.2 多杀菌素发酵培养基的优化 | 第21页 |
| 1.6 刺糖多孢菌的遗传改造 | 第21-22页 |
| 1.6.1 刺糖多孢菌的遗传转化体系 | 第21页 |
| 1.6.2 通过基因改造提高多杀菌素产量 | 第21-22页 |
| 1.7 次级代谢产物代谢调控的研究策略 | 第22-23页 |
| 1.8 刺糖多孢菌的组学研究 | 第23-24页 |
| 1.9 红色糖多孢菌的组学研究 | 第24-27页 |
| 1.10 本研究的目的和意义 | 第27-28页 |
| 第二章 基于比较组学的ASAGF73菌株多杀菌素高产机制解析 | 第28-69页 |
| 2.1 引言 | 第28页 |
| 2.2 实验材料 | 第28-29页 |
| 2.2.1 培养基 | 第28-29页 |
| 2.2.2 菌种 | 第29页 |
| 2.2.3 参考基因组及注释 | 第29页 |
| 2.2.4 缓冲液 | 第29页 |
| 2.3 方法 | 第29-33页 |
| 2.3.1 基因组DNA提取及测序 | 第29-30页 |
| 2.3.2 基因组序列组装 | 第30页 |
| 2.3.3 基因预测与注释 | 第30页 |
| 2.3.4 SNV与Indel分析 | 第30页 |
| 2.3.5 共线性分析 | 第30页 |
| 2.3.6 转录组RNA的提取及测序 | 第30-31页 |
| 2.3.7 转录组测序数据的比对分析 | 第31页 |
| 2.3.8 转录组的差异表达分析 | 第31-32页 |
| 2.3.9 蛋白质组鉴定 | 第32页 |
| 2.3.10 RT-PCR验证 | 第32-33页 |
| 2.4 结果与分析 | 第33-67页 |
| 2.4.1 剌糖多孢菌ASAGF73基因组的基本特征 | 第33-40页 |
| 2.4.2 ASAGF73与其他刺糖多孢菌属菌株的全基因组比较分析 | 第40-41页 |
| 2.4.3 ASAGF73基因组中次级代谢合成基因簇的功能预测与分析 | 第41-44页 |
| 2.4.4 ASAGF73与ATCC 49460的全基因组比较分析 | 第44-54页 |
| 2.4.5 ASAGF73与ATCC 49460的比较转录组学研究 | 第54-58页 |
| 2.4.6 ASAGF73的初级代谢 | 第58-63页 |
| 2.4.7 ASAGF73的代谢调控 | 第63-65页 |
| 2.4.8 ASAGF73的次级代谢 | 第65-66页 |
| 2.4.9 qRT-PCR验证和蛋白质组关联 | 第66-67页 |
| 2.5 小结 | 第67-69页 |
| 第三章 通过增强脂肪酸代谢途径提高ASAGF73菌株多杀菌素产量 | 第69-104页 |
| 3.1 引言 | 第69-70页 |
| 3.2 实验材料 | 第70-74页 |
| 3.2.1 菌株和质粒 | 第70-71页 |
| 3.2.2 培养基 | 第71-72页 |
| 3.2.3 缓冲液及试剂 | 第72-73页 |
| 3.2.4 抗生素 | 第73页 |
| 3.2.5 主要仪器 | 第73-74页 |
| 3.2.6 酶及化学试剂 | 第74页 |
| 3.3 方法 | 第74-83页 |
| 3.3.1 大肠杆菌的培养及菌种保藏 | 第74-75页 |
| 3.3.2 刺糖多孢菌的培养及菌种保藏 | 第75页 |
| 3.3.3 链霉菌的培养及菌种保藏 | 第75页 |
| 3.3.4 大肠杆菌电转化感受态细胞的制备与转化 | 第75-76页 |
| 3.3.5 PCR扩增 | 第76页 |
| 3.3.6 琼脂糖凝胶电泳 | 第76页 |
| 3.3.7 DNA酶切和连接 | 第76-77页 |
| 3.3.8 质粒DNA的小量提取和目的DNA片段的回收 | 第77页 |
| 3.3.9 DNA测序 | 第77页 |
| 3.3.10 链霉菌基因组DNA的小量提取 | 第77-78页 |
| 3.3.11 刺糖多孢菌的接合转移 | 第78页 |
| 3.3.12 提取刺糖多孢菌RNA | 第78-79页 |
| 3.3.13 DNase处理 | 第79页 |
| 3.3.14 反转录 | 第79页 |
| 3.3.15 qPCR | 第79-80页 |
| 3.3.16 多杀菌素发酵单位测定 | 第80-81页 |
| 3.3.17 生物量测定 | 第81页 |
| 3.3.18 发酵液中残余葡萄糖浓度测定 | 第81页 |
| 3.3.19 发酵液中残余油脂浓度测定 | 第81页 |
| 3.3.20 脂肪酶活性测定 | 第81-82页 |
| 3.3.21 细胞内乙酰辅酶A和丙二酰辅酶A浓度测定 | 第82页 |
| 3.3.22 H_2O_2含量测定 | 第82-83页 |
| 3.3.23 脂肪酸组成测定 | 第83页 |
| 3.4 结果与分析 | 第83-103页 |
| 3.4.1 不同植物油对多杀菌素合成的影响 | 第83-84页 |
| 3.4.2 油脂利用对ASAGF73发酵过程的影响 | 第84-86页 |
| 3.4.3 脂肪酶活性的变化 | 第86页 |
| 3.4.4 添加植物油后脂肪酸代谢和合成途径相关基因的转录分析 | 第86-89页 |
| 3.4.5 添加植物油后细胞内乙酰辅酶A和丙二酰辅酶A浓度变化 | 第89-90页 |
| 3.4.6 在高产菌株ASAGF73中过表达fadD和fadE基因 | 第90-94页 |
| 3.4.7 基因工程菌株ASAGF46的发酵罐扩大培养 | 第94-95页 |
| 3.4.8 发酵过程中脂肪酸组成的变化 | 第95-98页 |
| 3.4.9 β-氧化过程中产生的内源性H_2O_2对多杀菌素生物合成的影响 | 第98-103页 |
| 3.5 小结 | 第103-104页 |
| 第四章 总结与展望 | 第104-106页 |
| 4.1 总结 | 第104-105页 |
| 4.2 展望 | 第105-106页 |
| 参考文献 | 第106-118页 |
| 致谢 | 第118-119页 |
| 附录: 一种吡哆醛5'-磷酸依赖性α-氨基酸单加氧酶-脱羧酶的发现 | 第119-153页 |
| 1 引言 | 第119-121页 |
| 2 材料与方法 | 第121-125页 |
| 2.1 仪器与试剂 | 第121页 |
| 2.2 CarU和GlyU非对映异构体的合成 | 第121-123页 |
| 2.3 Cap15的克隆 | 第123页 |
| 2.4 Cap15的定点突变 | 第123-124页 |
| 2.5 在大肠杆菌中表达蛋白 | 第124页 |
| 2.6 Cap15的功能鉴定 | 第124页 |
| 2.7 监测Cap15催化过程中CO_2的形成 | 第124-125页 |
| 2.8 Cap15的动力学分析 | 第125页 |
| 2.9 紫外/可见光谱分析 | 第125页 |
| 3 结果与分析 | 第125-146页 |
| 3.1 Cap15的生物信息学分析 | 第125-127页 |
| 3.2 Cap15的功能分析 | 第127-140页 |
| 3.3 生物化学性质 | 第140-142页 |
| 3.4 反应机理的初步探索 | 第142-146页 |
| 4 讨论 | 第146-148页 |
| 5 小结 | 第148-149页 |
| 6 参考文献 | 第149-153页 |
| 简历 | 第153-154页 |
