| 摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-22页 |
| 1.1 引言 | 第12-13页 |
| 1.2 基因调控网络生物基础 | 第13-14页 |
| 1.3 基因调控网络的研究意义和研究现状 | 第14-20页 |
| 1.3.1 研究意义 | 第14页 |
| 1.3.2 研究现状 | 第14-17页 |
| 1.3.3 逆向工程构建基因调.控网络的研究方法 | 第17-20页 |
| 1.4 本文的研究内容和组织结构 | 第20-22页 |
| 1.4.1 本文研究内容 | 第20-21页 |
| 1.4.2 本文组织结构 | 第21-22页 |
| 第二章 基于线性回归方法的基因调控网络重构研究 | 第22-38页 |
| 2.1 引言 | 第22-23页 |
| 2.2 基于线性模型的基因调控网络重构 | 第23-26页 |
| 2.2.1 基因网络重构与特征选择 | 第23页 |
| 2.2.2 特征选择方法 | 第23-24页 |
| 2.2.3 线性模型假设下的网络推理 | 第24-26页 |
| 2.3 基于线性回归特征选择算法重构基因调控网络 | 第26-36页 |
| 2.3.1 基于支持向量机回归(SVR)的重构方法 | 第26-29页 |
| 2.3.2 评价指标 | 第29-31页 |
| 2.3.3 实验结果 | 第31-36页 |
| 2.4 本章小结 | 第36-38页 |
| 第三章 基于先验知识的模型融合策略重构基因调控网络 | 第38-56页 |
| 3.1 引言 | 第38-39页 |
| 3.2 基于随机森林的基因网络重构 | 第39-40页 |
| 3.2.1 基于随机森林的特征选择算法 | 第39-40页 |
| 3.2.2 GENIE3方法 | 第40页 |
| 3.3 基于梯度提升决策树的基因调控网络重构 | 第40-44页 |
| 3.3.1 分类回归树 | 第40-41页 |
| 3.3.2 梯度提升决策树算法重构基因调控网络 | 第41-44页 |
| 3.4 基于多模型融合的基因网络重构 | 第44-49页 |
| 3.4.1 模型融合方法 | 第44-46页 |
| 3.4.2 融合策略 | 第46-49页 |
| 3.5 实验结果及分析 | 第49-54页 |
| 3.5.1 实验数据集 | 第49页 |
| 3.5.2 单个模型实验结果 | 第49-51页 |
| 3.5.3 模型结果融合重构基因网络 | 第51-53页 |
| 3.5.4 结果分析 | 第53-54页 |
| 3.6 本章小结 | 第54-56页 |
| 第四章 基于拓扑分析的网络分层参数估计方法研究 | 第56-74页 |
| 4.1 引言 | 第56-57页 |
| 4.2 基于微分方程组的基因调控网络建模 | 第57-61页 |
| 4.2.1 基因调控网络的微分方程组模型 | 第57-59页 |
| 4.2.2 基因调控网络模型参数求解 | 第59-61页 |
| 4.3 基于拓扑分析简化参数规模 | 第61-67页 |
| 4.3.1 结合拓扑分析网络结构 | 第61-63页 |
| 4.3.2 基因调控网络分层算法 | 第63-66页 |
| 4.3.3 分层示例说明 | 第66-67页 |
| 4.4 实验验证 | 第67-72页 |
| 4.5 本章小结 | 第72-74页 |
| 第五章 总结与展望 | 第74-76页 |
| 5.1 总结 | 第74-75页 |
| 5.2 展望 | 第75-76页 |
| 参考文献 | 第76-82页 |
| 致谢 | 第82-84页 |
| 个人简历 | 第84页 |
| 攻读硕士学位期间取得的成果 | 第84页 |