水稻生物信息平台构建
| 摘要 | 第6-7页 |
| Abstract | 第7页 |
| 缩略词表 | 第8-9页 |
| 1 绪论 | 第9-12页 |
| 1.1 问题由来 | 第9页 |
| 1.2 文献综述 | 第9-11页 |
| 1.3 研究目的 | 第11-12页 |
| 2 平台概述 | 第12-15页 |
| 3 GBrowse基因组浏览器 | 第15-22页 |
| 3.1 引言 | 第15页 |
| 3.2 材料和方法 | 第15-20页 |
| 3.2.1 GBrowse安装 | 第15-16页 |
| 3.2.2 数据的导入 | 第16页 |
| 3.2.3 配置文件 | 第16-18页 |
| 3.2.4 track设置 | 第18-20页 |
| 3.3 结果展示 | 第20-22页 |
| 4 BLAST工具 | 第22-28页 |
| 4.1 引言 | 第22-23页 |
| 4.2 材料和方法 | 第23-26页 |
| 4.2.1 本地版BLAST安装 | 第23页 |
| 4.2.2 数据库准备 | 第23页 |
| 4.2.3 BLAST调用 | 第23-24页 |
| 4.2.4 XML格式结果 | 第24页 |
| 4.2.5 XML处理 | 第24-25页 |
| 4.2.6 结果图形化 | 第25-26页 |
| 4.3 结果展示 | 第26-28页 |
| 5 KEGG代谢途径模块 | 第28-32页 |
| 5.1 引言 | 第28页 |
| 5.2 材料和方法 | 第28-30页 |
| 5.2.1 KEGG数据获取 | 第28-30页 |
| 5.2.2 KAAS注释 | 第30页 |
| 5.3 KEGG代谢途径展示 | 第30-32页 |
| 6 CRISPR设计 | 第32-38页 |
| 6.1 引言 | 第32-33页 |
| 6.1.1 CRISPR相关介绍 | 第32页 |
| 6.1.2 短序列比对工具选择 | 第32-33页 |
| 6.2 材料和方法 | 第33-36页 |
| 6.2.1 基本数据处理 | 第33-34页 |
| 6.2.2 CRISPR sgRNA设计基本思路 | 第34-36页 |
| 6.3 结果展示 | 第36-38页 |
| 7 基因富集分析 | 第38-42页 |
| 7.1 引言 | 第38页 |
| 7.1.1 基因功能分析 | 第38页 |
| 7.1.2 GO/GOSlim | 第38页 |
| 7.2 材料和方法 | 第38-42页 |
| 7.2.1 数据收集和处理 | 第38-39页 |
| 7.2.2 富集率的计算 | 第39页 |
| 7.2.3 结果展示 | 第39-42页 |
| 8 讨论和展望 | 第42-43页 |
| 参考文献 | 第43-46页 |
| 附录 硕士期间发表的论文 | 第46-47页 |
| 致谢 | 第47页 |
