| 中文摘要 | 第5-7页 |
| Abstract | 第7-8页 |
| 第一部分 文献综述 | 第9-18页 |
| 1.1 黄顶菊 | 第9页 |
| 1.2 C_3植物、C_4植物和C_3-C_4中间型植物 | 第9-10页 |
| 1.3 根际微生物以及其与植物的相互作用 | 第10-15页 |
| 1.3.1 微生物 | 第10-11页 |
| 1.3.2 根际微生物 | 第11-12页 |
| 1.3.3 根际微生物与植物之间的相互影响 | 第12-15页 |
| 1.3.3.1 根际微生物对植物的影响 | 第12-14页 |
| 1.3.3.2 植物对根际微生物组的影响 | 第14-15页 |
| 1.4 生物信息学及土壤微生物多样性研究方法 | 第15-18页 |
| 1.4.1 生物信息学 | 第15-16页 |
| 1.4.2 土壤微生物多样性的研究方法 | 第16-18页 |
| 第二部分 实验及数据分析方法 | 第18-46页 |
| 1 实验材料、试剂及仪器 | 第18页 |
| 1.1 植物材料 | 第18页 |
| 1.2 土壤材料、化学试剂和酶、实验仪器见附录 | 第18页 |
| 1.3 实验所用引物序列 | 第18页 |
| 2 实验方法 | 第18-29页 |
| 2.1 实验用苗的准备 | 第18-19页 |
| 2.2 根际微生物基因组提取 | 第19页 |
| 2.3 16 SrDNAV3-V4区PCR | 第19-21页 |
| 2.4 荧光定量 | 第21页 |
| 2.5 HiSeq文库构建 | 第21页 |
| 2.6 HiSeq测序 | 第21-22页 |
| 2.7 测序数据分析方法 | 第22-29页 |
| 2.7.1 下机数据的质量控制 | 第22-23页 |
| 2.7.2 OTU的构建 | 第23页 |
| 2.7.3 单个样本整体系统进化分析 | 第23-24页 |
| 2.7.4 Alpha多样性(样本内多样性)分析 | 第24-25页 |
| 2.7.5 Beta 多样性（样本间多样性）分析 | 第25页 |
| 2.7.6 样品组间差异性统计分析 | 第25-28页 |
| 2.7.7 功能预测及分析 | 第28-29页 |
| 3 实验结果 | 第29-46页 |
| 3.1 种子培育及黄顶菊生长 | 第29-30页 |
| 3.2 16SrRNAV3-V4区PCR结果 | 第30-31页 |
| 3.3 测序数据结果 | 第31-46页 |
| 3.3.1 微生物多样性分析 | 第31-43页 |
| 3.3.1.1 数据量及OTU基础分析 | 第31-32页 |
| 3.3.1.2 OTU物种主成分分析 | 第32-33页 |
| 3.3.1.3 样品内微生物多样性分析 | 第33-35页 |
| 3.3.1.4 无度量多维标定法分析结果 | 第35-36页 |
| 3.3.1.5 门水平组间聚类及物种组成分析 | 第36-38页 |
| 3.3.1.6 属水平组间聚类及物种组成分析 | 第38页 |
| 3.3.1.7 特异性微生物分析 | 第38-41页 |
| 3.3.1.8 显著差异微生物分析 | 第41-43页 |
| 3.3.2 根际微生物基因功能主成分分析 | 第43-44页 |
| 3.3.3 根际微生物基因异同分析 | 第44-46页 |
| 总结与讨论 | 第46-48页 |
| 参与的研究课题 | 第48-52页 |
| 4.1 珍珠猪毛菜转录组分析 | 第48页 |
| 4.2 谷子转录组分析 | 第48-49页 |
| 4.3 两种沙冬青根际微生物 16S r RNA 分析 | 第49页 |
| 4.4 豆腐乳微生物 16S r RNA 分析 | 第49-50页 |
| 4.5 沙冬青嫁接根际微生物 16S r RNA 分析 | 第50页 |
| 4.6 C_4 植物转录组分析 | 第50页 |
| 4.7 catlase1/2/3 突变体转录组分析 | 第50-52页 |
| 参考文献 | 第52-56页 |
| 附录一 | 第56-58页 |
| 附录二 | 第58-59页 |
| 附录三 | 第59-60页 |
| 致谢 | 第60页 |
