| 摘要 | 第7-10页 |
| ABSTRACT | 第10-12页 |
| 第一章 绪论 | 第13-33页 |
| §1.1 背景知识 | 第13-21页 |
| 1.1.1 蛋白酶的分类及作用 | 第14-19页 |
| 1.1.2 蛋白酶的活性部位 | 第19页 |
| 1.1.3 蛋白酶的底物序列 | 第19-21页 |
| §1.2 蛋白酶特异性常见的研究方法 | 第21-30页 |
| 1.2.1 蛋白酶的底物序列文库 | 第21-23页 |
| 1.2.2 蛋白酶特异性的可视化 | 第23-25页 |
| 1.2.3 机器学习及其它方法 | 第25-29页 |
| 1.2.4 现有方法的不足 | 第29-30页 |
| §1.3 各章节安排 | 第30-33页 |
| 第二章 基于块的蛋白酶特异性研究 | 第33-59页 |
| §2.1 PBlock算法概述 | 第33-35页 |
| §2.2 PBlock算法细节 | 第35-44页 |
| 2.2.1 数据的提取 | 第35-36页 |
| 2.2.2 贪婪算法对数据的过滤 | 第36-40页 |
| 2.2.3 Block的构建 | 第40-41页 |
| 2.2.4 Block中的序列比对 | 第41-42页 |
| 2.2.5 Fisher's检验以及Bonferroni校正 | 第42-44页 |
| §2.3 PBlock结果分析 | 第44-56页 |
| 2.3.1 基于块的蛋白酶的熵 | 第44-46页 |
| 2.3.2 基于块的蛋白酶的距离分析 | 第46-48页 |
| 2.3.3 基于块的PCA分析 | 第48-52页 |
| 2.3.4 基于块的组合特性 | 第52-55页 |
| 2.3.5 显著性分析 | 第55-56页 |
| §2.4 方法比较 | 第56-57页 |
| §2.5 讨论与小结 | 第57-59页 |
| 第三章 蛋白酶特异性的一种新的度量方法 | 第59-71页 |
| §3.1 数据集的提取与过滤 | 第59页 |
| §3.2 主要方法及算法过程 | 第59-62页 |
| §3.3 结果与分析 | 第62-69页 |
| §3.4 讨论与小结 | 第69-71页 |
| 第四章 底物序列中氨基酸的不合作性 | 第71-81页 |
| §4.1 数据的提取与过滤 | 第71页 |
| §4.2 方法与算法过程 | 第71-76页 |
| §4.3 结果与分析 | 第76-78页 |
| §4.4 与Weblogo的比较 | 第78-79页 |
| §4.5 讨论与小结 | 第79-81页 |
| 第五章 基于底物序列的蛋白酶的相似性分析 | 第81-95页 |
| §5.1 数据的提取与过滤 | 第81页 |
| §5.2 方法与算法过程 | 第81-84页 |
| §5.3 结果与分析 | 第84-91页 |
| §5.4 方法比较 | 第91-92页 |
| §5.5 讨论与小结 | 第92-95页 |
| 第六章 总结与展望 | 第95-101页 |
| §6.1 全文总结 | 第95-96页 |
| §6.2 研究展望 | 第96-101页 |
| 6.2.1 底物序列的协同进化 | 第96-97页 |
| 6.2.2 蛋白酶底物断裂位点的预测 | 第97-101页 |
| 附录 | 第101-103页 |
| 参考文献 | 第103-113页 |
| 致谢 | 第113-114页 |
| 攻读博士学位期间完成论文情况 | 第114-115页 |
| 作者简介 | 第115-116页 |
| 学位论文评阅及答辩情况表 | 第116页 |