| 中文摘要 | 第10-12页 |
| Abstract | 第12-14页 |
| 1 前言 | 第15-34页 |
| 1.1 植物响应非生物胁迫研究进展 | 第15-17页 |
| 1.1.1 非生物胁迫对植物生长的影晌 | 第15-16页 |
| 1.1.2 植物响应非生物胁迫的调控网络 | 第16-17页 |
| 1.2 苹果野生抗逆种质资源概况 | 第17-19页 |
| 1.2.1 新疆野苹果 | 第17-18页 |
| 1.2.2 山荆子 | 第18页 |
| 1.2.3 平邑甜茶 | 第18-19页 |
| 1.2.4 八棱海棠 | 第19页 |
| 1.3 苹果响应非生物胁迫研究进展 | 第19-22页 |
| 1.3.1 与逆境响应相关基因的研究 | 第19-20页 |
| 1.3.2 与逆境响应相关蛋白质的研究 | 第20页 |
| 1.3.3 与逆境响应相关生理生化机制的研究 | 第20-22页 |
| 1.3.3.1 渗透调节物质对逆境的响应 | 第20-21页 |
| 1.3.3.2 植物抗氧化酶系统对逆境的响应 | 第21页 |
| 1.3.3.3 细胞程序性死亡与逆境响应 | 第21页 |
| 1.3.3.4 内源激素对逆境的响应 | 第21-22页 |
| 1.3.3.5 光合作用对逆境的响应 | 第22页 |
| 1.4 苹果基因组学研究进展 | 第22页 |
| 1.5 蛋白质的泛素化及UPL蛋白研究进展 | 第22-24页 |
| 1.6 转录组学研究进展 | 第24-28页 |
| 1.6.1 转录组学概述 | 第24页 |
| 1.6.2 转录组学研究技术 | 第24-27页 |
| 1.6.2.1 基因芯片技术 | 第24-25页 |
| 1.6.2.2 表达序列标签技术 | 第25页 |
| 1.6.2.3 数字基因表达谱技术 | 第25-26页 |
| 1.6.2.4 RNA-Seq技术 | 第26-27页 |
| 1.6.3 转录组学在植物抗逆性方面的研究进展 | 第27-28页 |
| 1.7 蛋白质组学研究进展 | 第28-33页 |
| 1.7.1 蛋白质组学概述 | 第28页 |
| 1.7.2 蛋白质组学研究技术 | 第28-31页 |
| 1.7.2.1 双向凝胶电泳技术 | 第29页 |
| 1.7.2.2 双向荧光差异凝胶电泳技术 | 第29-30页 |
| 1.7.2.3 同位素亲和标签技术 | 第30页 |
| 1.7.2.4 同位素相对标记与绝对定量技术 | 第30-31页 |
| 1.7.3 蛋白质组学在植物抗逆性方面的研究进展 | 第31-33页 |
| 1.8 本研究的目的意义 | 第33-34页 |
| 2 材料与方法 | 第34-51页 |
| 2.1 实验材料 | 第34-37页 |
| 2.1.1 植物材料及处理 | 第34页 |
| 2.1.2 实验器材与试剂 | 第34-35页 |
| 2.1.3 实验引物 | 第35-36页 |
| 2.1.4 软件与网络数据库资源 | 第36-37页 |
| 2.2 实验方法 | 第37-51页 |
| 2.2.1 苹果UPL基因家族的鉴定与分析 | 第37-41页 |
| 2.2.1.1 苹果UPL基因的鉴定与染色体定位 | 第37-38页 |
| 2.2.1.2 多序列比对、进化分析和染色体定位 | 第38-39页 |
| 2.2.1.3 苹果HECT结构域Motif分析和同源建模 | 第39页 |
| 2.2.1.4 附加结构域的鉴定和蛋白质亚细胞定位 | 第39页 |
| 2.2.1.5 苹果UPL基因启动子中顺式作用元件分析 | 第39页 |
| 2.2.1.6 Genevestigator表达分析 | 第39页 |
| 2.2.1.7 RNA的提取与反转录 | 第39-40页 |
| 2.2.1.8 实时荧光定量PCR | 第40-41页 |
| 2.2.2 转录组测序流程 | 第41-43页 |
| 2.2.2.1 RNA的提取与cDNA合成 | 第41-42页 |
| 2.2.2.2 末端修复 | 第42页 |
| 2.2.2.3 加‘A’碱基 | 第42页 |
| 2.2.2.4 Adapter连接 | 第42-43页 |
| 2.2.2.5 PCR反应 | 第43页 |
| 2.2.2.6 测序 | 第43页 |
| 2.2.3 转录组数据分析 | 第43-46页 |
| 2.2.3.1 组装结果分析 | 第43-44页 |
| 2.2.3.2 Unigene功能注释及分析 | 第44页 |
| 2.2.3.3 Unigene表达差异分析 | 第44-46页 |
| 2.2.3.4 差异Unigene的GO和Pathway分析 | 第46页 |
| 2.2.4 荧光定量PCR检测 | 第46-47页 |
| 2.2.5 蛋白质组测序流程 | 第47-49页 |
| 2.2.5.1 蛋白质的提取 | 第47-48页 |
| 2.2.5.2 蛋白质浓度测量 | 第48页 |
| 2.2.5.3 SDS电泳 | 第48页 |
| 2.2.5.4 蛋白质酶解 | 第48页 |
| 2.2.5.5 iTRAQ标记 | 第48页 |
| 2.2.5.6 强阳离子交换分馏(SCX) | 第48-49页 |
| 2.2.5.7 基于TripleTOF5600的LC-ESI-MSMS分析 | 第49页 |
| 2.2.6 iTRAQ数据生物信息学分析 | 第49-50页 |
| 2.2.7 转录组和蛋白质组数据联合分析 | 第50-51页 |
| 3 结果与分析 | 第51-109页 |
| 3.1 苹果13个UPL基因家族成员的鉴定与分析 | 第51-62页 |
| 3.1.1 苹果UPL基因的鉴定 | 第51-54页 |
| 3.1.2 苹果UPL基因的多序列比对和基因结构分析 | 第54-55页 |
| 3.1.3 苹果HECT结构域特征分析 | 第55-57页 |
| 3.1.4 苹果UPL基因家族中功能结构域的鉴定和亚细胞定位 | 第57-58页 |
| 3.1.5 苹果UPL基因启动子中含有胁迫应答元件 | 第58-59页 |
| 3.1.6 苹果UPL基因响应非生物胁迫 | 第59-62页 |
| 3.2 新疆野苹果对非生物胁迫具有良好的抗性 | 第62-63页 |
| 3.3 苹果非生物胁迫转录组数据分析 | 第63-84页 |
| 3.3.1 转录组数据的统计与功能注释 | 第63-68页 |
| 3.3.2 表达差异基因筛选 | 第68-73页 |
| 3.3.3 荧光定量PCR检测 | 第73-74页 |
| 3.3.4 差异表达基因的GO功能分析 | 第74-75页 |
| 3.3.5 差异表达基因的KEGG分析 | 第75-84页 |
| 3.4 蛋白质组结果分析 | 第84-102页 |
| 3.4.1 蛋白质鉴定结果 | 第84页 |
| 3.4.2 蛋白质组所有蛋白的功能分类 | 第84-89页 |
| 3.4.3 差异蛋白质的鉴定 | 第89-92页 |
| 3.4.4 差异蛋白质的功能分析 | 第92-99页 |
| 3.4.5 多样品间表达模式聚类 | 第99-102页 |
| 3.5 转录组和蛋白质组数据联合分析 | 第102-109页 |
| 3.5.1 蛋白质组与转录组关联数量关系 | 第102-103页 |
| 3.5.2 蛋白质组与转录组关联表达相关性分析 | 第103-109页 |
| 4 讨论 | 第109-115页 |
| 5 结论 | 第115-116页 |
| 参考文献 | 第116-135页 |
| 附录 | 第135-151页 |
| 致谢 | 第151-152页 |
| 攻读学位期间发表论文情况 | 第152页 |
