| 摘要 | 第4-6页 |
| ABSTRACT | 第6-8页 |
| 第一章 绪论 | 第12-34页 |
| 1.1 文蛤生物学及养殖现状 | 第12-13页 |
| 1.2 贝类防御系统 | 第13-22页 |
| 1.2.1 主要的活性因子 | 第13-16页 |
| 1.2.2 主要的免疫相关途径 | 第16-22页 |
| 1.2.3 抗性和耐受性 | 第22页 |
| 1.3 贝类遗传选育研究进展 | 第22-25页 |
| 1.3.1 文蛤育种研究进展 | 第23-24页 |
| 1.3.2 选择育种的方法 | 第24-25页 |
| 1.4 分子标记的发展 | 第25-28页 |
| 1.4.1 DNA水平的分子标记 | 第25-27页 |
| 1.4.2 mRNA水平的分子标记 | 第27-28页 |
| 1.5 数量性状遗传研究进展 | 第28-32页 |
| 1.5.1 数量性状的研究模型 | 第28-30页 |
| 1.5.2 遗传参数的估计方法 | 第30-31页 |
| 1.5.3 遗传力 | 第31-32页 |
| 1.5.4 遗传相关 | 第32页 |
| 1.6 本研究的内容和意义 | 第32-34页 |
| 第二章 文蛤弧菌感染后的肝胰腺转录组分析 | 第34-60页 |
| 2.1 研究背景 | 第34-35页 |
| 2.2 材料与方法 | 第35-41页 |
| 2.2.1 实验动物 | 第35页 |
| 2.2.2 细菌培养 | 第35-36页 |
| 2.2.3 细菌感染实验及样品收集 | 第36页 |
| 2.2.4 文库构建和Illumina测序 | 第36-37页 |
| 2.2.5 数据拼接组装、注释和功能富集 | 第37页 |
| 2.2.6 量化分析和基因差异表达分析 | 第37-38页 |
| 2.2.7 RNA提取和cDNA合成 | 第38-39页 |
| 2.2.8 基因表达分析 | 第39-41页 |
| 2.3 结果 | 第41-57页 |
| 2.3.1 转录组测序与组装 | 第41-42页 |
| 2.3.2 功能注释与分类 | 第42-47页 |
| 2.3.3 基因差异表达分析 | 第47-55页 |
| 2.3.4 细菌浸泡感染后的基因表达分析 | 第55-57页 |
| 2.4 讨论 | 第57-60页 |
| 第三章 整合弧菌抗性表型和基因表达数据对文蛤抗性标记的发掘 | 第60-84页 |
| 3.1 研究背景 | 第60-61页 |
| 3.2 材料与方法 | 第61-66页 |
| 3.2.1 实验动物 | 第61-62页 |
| 3.2.2 弧菌感染与样品收集 | 第62页 |
| 3.2.3 弧菌载量检测与样品收集 | 第62-63页 |
| 3.2.4 抗性与敏感表型的比较 | 第63页 |
| 3.2.5 RNA提取和cDNA合成 | 第63页 |
| 3.2.6 基因表达分析 | 第63-65页 |
| 3.2.7 线性回归分析筛选抗性相关基因 | 第65-66页 |
| 3.3 结果 | 第66-80页 |
| 3.3.1 抗性表型与敏感表型的特征 | 第66-70页 |
| 3.3.2 弧菌感染前后的基因表达分析 | 第70-71页 |
| 3.3.3 基于抗性与敏感表型筛选的弧菌抗性相关基因 | 第71-75页 |
| 3.3.4 弧菌抗性相关基因的检验 | 第75-76页 |
| 3.3.5 弧菌感染后宿主体内的载菌量变化 | 第76-77页 |
| 3.3.6 基因表达与弧菌载量的关系 | 第77-80页 |
| 3.4 讨论 | 第80-84页 |
| 第四章 文蛤抗性相关基因表达性状的遗传分析 | 第84-101页 |
| 4.1 研究背景 | 第84-85页 |
| 4.2 材料与方法 | 第85-89页 |
| 4.2.1 实验家系 | 第85页 |
| 4.2.2 样品收集 | 第85-86页 |
| 4.2.3 RNA提取和cDNA合成 | 第86页 |
| 4.2.4 半定量RT-PCR | 第86页 |
| 4.2.5 定量RT-PCR | 第86-87页 |
| 4.2.6 遗传参数估计 | 第87-88页 |
| 4.2.7 表型和遗传相关分析 | 第88页 |
| 4.2.8 遗传进展评价 | 第88页 |
| 4.2.9 F2代家系人工感染实验 | 第88-89页 |
| 4.3 结果 | 第89-98页 |
| 4.3.1 弧菌抗性相关基因的组织表达分析 | 第89-90页 |
| 4.3.2 基因表达性状的特征 | 第90-91页 |
| 4.3.3 基因表达性状的遗传估计 | 第91-94页 |
| 4.3.4 基因表达性状与壳长的遗传相关 | 第94页 |
| 4.3.5 F2代家系的存活率分析 | 第94-98页 |
| 4.4 讨论 | 第98-101页 |
| 结论 | 第101-102页 |
| 参考文献 | 第102-121页 |
| 附录 | 第121-122页 |
| 致谢 | 第122-124页 |
| 作者简历及攻读学位期间发表的学术论文与研究成果 | 第124页 |