DNA序列比对结果的存储与压缩
摘要 | 第5-6页 |
Abstract | 第6页 |
第一章 绪论 | 第7-13页 |
1.1. 选题背景和意义 | 第7-9页 |
1.1.1. 生物信息学 | 第7-8页 |
1.1.2. DNA序列数据的管理 | 第8-9页 |
1.1.3. DNA序列比对 | 第9页 |
1.2. 项目背景 | 第9-11页 |
1.3. 论文研究内容 | 第11页 |
1.4. 本文组织结构 | 第11-13页 |
第二章 基本知识与相关术语 | 第13-18页 |
2.1. DNA | 第13-14页 |
2.1.1. DNA概念 | 第13-14页 |
2.1.2. DNA序列数据特性 | 第14页 |
2.2. 基本术语 | 第14-15页 |
2.3. DNA序列比对 | 第15-18页 |
2.3.1. 比对的概念 | 第15页 |
2.3.2. 比对工具 | 第15-16页 |
2.3.3. 比对结果的存储格式 | 第16-18页 |
第三章 相关研究与产品 | 第18-22页 |
3.1. DNA序列压缩算法 | 第18-19页 |
3.1.1. 压缩算法概述 | 第18页 |
3.1.2. 压缩算法分类 | 第18-19页 |
3.1.3. 典型压缩算法 | 第19页 |
3.2. 相关产品 | 第19-22页 |
3.2.1. SAMtools的概况 | 第19页 |
3.2.2. SAMTools的典型命令 | 第19-22页 |
第四章 功能模块解析 | 第22-43页 |
4.1. 软件体系结构 | 第22页 |
4.2. 文件输入模块 | 第22-23页 |
4.3. 基于位点的存储模块 | 第23-30页 |
4.3.1. 存储的基本思想 | 第23-25页 |
4.3.2. Read重编码 | 第25-28页 |
4.3.3. 表头索引机制 | 第28-30页 |
4.4. 区间合并压缩模块 | 第30-37页 |
4.4.1. 区间合并的主要思路 | 第30-31页 |
4.4.2. 确定ACGT顺序的种类 | 第31页 |
4.4.3. 压缩过程 | 第31-32页 |
4.4.4. 目标文件格式 | 第32-34页 |
4.4.5. 压缩后的随机访问 | 第34-35页 |
4.4.6. 存储空间对比 | 第35-37页 |
4.5. 字母长度压缩模块 | 第37-41页 |
4.5.1. 字母长度压缩的主要思路 | 第37页 |
4.5.2. 字母长度压缩的优点 | 第37-38页 |
4.5.3. 压缩过程 | 第38页 |
4.5.4. 目标文件格式 | 第38-39页 |
4.5.5. 压缩后的随机访问 | 第39-40页 |
4.5.6. 存储空间对比 | 第40-41页 |
4.6. 存储结果显示模块 | 第41-43页 |
第五章 软件操作方式及实验结果介绍 | 第43-51页 |
5.1. 软件运行环境 | 第43-44页 |
5.1.1. 介绍 | 第43-44页 |
5.1.2. 安装配置 | 第44页 |
5.2. 界面介绍 | 第44-51页 |
5.2.1. 文件输入 | 第44-46页 |
5.2.2. 基于位点的存储 | 第46-48页 |
5.2.3. 压缩 | 第48-49页 |
5.2.4. 存储结果 | 第49-51页 |
第六章 结束语 | 第51-53页 |
6.1. 总结 | 第51页 |
6.2. 展望 | 第51-53页 |
参考文献 | 第53-57页 |
致谢 | 第57-58页 |