| 摘要 | 第5-7页 |
| ABSTRACT | 第7-8页 |
| 第一部分 研究综述 | 第12-38页 |
| 第一章 藻类 LTR 逆转座子研究综述 | 第12-34页 |
| 1.1 逆转座子基本介绍 | 第12-20页 |
| 1.1.1 可转移元件(TE)介绍 | 第12-13页 |
| 1.1.2 逆转座子在生物中的分布、影响研究 | 第13-16页 |
| 1.1.3 LTR 型逆转座子介绍 | 第16-20页 |
| 1.2 鉴定逆转座子的研究手段 | 第20-28页 |
| 1.2.1 传统观测方法 | 第20页 |
| 1.2.2 基于同源克隆方法对 LTR 逆转座子基因序列的分离 | 第20-21页 |
| 1.2.3 计算生物学注释基因组 LTR 逆转座子 | 第21-24页 |
| 1.2.4 分子系统学分析方法 | 第24-28页 |
| 1.3 研究对象介绍 | 第28-34页 |
| 1.4.1 主要已测序模式藻类信息 | 第29-33页 |
| 1.4.2 藻类中 LTR 逆转座子研究意义 | 第33-34页 |
| 第二章 海带转录组分析综述 | 第34-38页 |
| 2.1 海带及经济褐藻卤素吸收机制研究介绍 | 第34-36页 |
| 2.2 转录组研究分析手段简介 | 第36-37页 |
| 2.3 海带转录组以及钒离子依赖型卤素过氧化物酶基因(vHPO)分析意义 | 第37-38页 |
| 第二部分 研究方法与流程 | 第38-54页 |
| 第三章 藻类基因组 LTR 逆转座子分析 | 第38-46页 |
| 3.1 整体实验思路 | 第38-39页 |
| 3.2 信息学实验 | 第39-46页 |
| 3.2.1 生物信息学预测软件准备 | 第39-40页 |
| 3.2.2 信息学遗传分析数据准备 | 第40-42页 |
| 3.2.3 LTR 逆转座子生物信息学分析 | 第42-46页 |
| 第四章 海带转录组分析流程 | 第46-54页 |
| 4.1 整体实验流程 | 第46-51页 |
| 4.1.1 海带 RNA 提取 | 第46-51页 |
| 4.2 转录组测序注释及碘氧化酶基因分析 | 第51-54页 |
| 4.2.1 海带 cDNA 转录组测序注释 | 第51页 |
| 4.2.2 海带卤素氧化酶基因分析 | 第51-54页 |
| 第三部分 研究实验结果与数据 | 第54-82页 |
| 第五章 藻类 LTR 逆转座子注释研究结果 | 第54-72页 |
| 5.1 信息学实验结果数据 | 第54-72页 |
| 5.1.1 LTR_STRUC 注释已测序藻类 LTR 逆转座子结果 | 第54-62页 |
| 5.1.2 自主型 LTR 逆转座子聚类分析结果 | 第62-64页 |
| 5.1.3 自主型 LTR 逆转座子逆转录酶/核糖核酸酶基因分析结果 | 第64-65页 |
| 5.1.4 水云基因组内部自主型 LTR 逆转座子成员逆转座分析 | 第65-69页 |
| 5.1.5 水云、海带转录组 LTR 逆转座子序列分析 | 第69-72页 |
| 第六章 海带转录组注释以及卤素氧化酶基因分析结果数据 | 第72-82页 |
| 6.1 海带转录组测序注释结果 | 第72-77页 |
| 6.1.1 海带转录组测序拼接结果 | 第72-73页 |
| 6.1.2 海带转录组 Unigene 注释结果 | 第73-74页 |
| 6.1.3 海带转录组 GO 注释结果 | 第74-75页 |
| 6.1.4 海带转录组 COG 注释结果 | 第75-76页 |
| 6.1.5 海带转录组 KAAS 注释结果 | 第76-77页 |
| 6.2 海带卤素氧化酶基因分析结果 | 第77-82页 |
| 第四部分 研究讨论 | 第82-93页 |
| 第七章 藻类基因组 LTR 逆转座子讨论 | 第82-90页 |
| 7.1 藻类基因组 LTR 逆转座子信息学预测结果分析 | 第82-85页 |
| 7.1.1 藻类基因组 LTR 逆转座子注释数目 | 第82-84页 |
| 7.1.2 藻类基因组 LTR 逆转座子类型讨论 | 第84页 |
| 7.1.3 藻类基因组 LTR 逆转座子序列结构讨论 | 第84-85页 |
| 7.2 部分藻类基因组 LTR 逆转座子遗传分析 | 第85-90页 |
| 7.2.1 藻类基因组 LTR 逆转座子聚类结果讨论 | 第85-86页 |
| 7.2.2 藻类基因组 LTR 逆转座子逆转录酶、核糖核酸酶 H 基因适应性进化分析讨论 | 第86-88页 |
| 7.2.3 水云基因组 LTR 逆转座子转座插入位点分析讨论 | 第88页 |
| 7.2.4 水云、海带转录组内部同源 LTR 逆转座子分析 | 第88-90页 |
| 第八章 海带转录组讨论 | 第90-93页 |
| 8.1 海带转录测序与注释 | 第90页 |
| 8.2 海带卤素氧化酶基因分析 | 第90-93页 |
| 总结 | 第93-94页 |
| 参考文献 | 第94-106页 |
| 致谢 | 第106-107页 |
| 个人简介 | 第107-108页 |
