| 摘要 | 第8-11页 |
| ABSTRACT | 第11-14页 |
| 缩略词表（ABBREVIATION） | 第15-17页 |
| 第一章 前言 | 第17-38页 |
| 1 研究问题的由来 | 第17-18页 |
| 2 文献综述 | 第18-37页 |
| 2.1 拷贝数变异概述 | 第18-28页 |
| 2.1.1 拷贝数变异（CNV）的概念 | 第18页 |
| 2.1.2 CNV的形成机制 | 第18-19页 |
| 2.1.3 CNV对基因表达的影响 | 第19-21页 |
| 2.1.4 CNV的分析方法 | 第21-24页 |
| 2.1.5 基于基因组重测序数据挖掘CNV | 第24-27页 |
| 2.1.6 猪中CNV的研究进展 | 第27-28页 |
| 2.2 多聚腺苷酸化位点概述 | 第28-37页 |
| 2.2.1 多聚腺苷酸化的概念 | 第28-29页 |
| 2.2.2 多聚腺苷酸化位点（PAS）的形成机制 | 第29-30页 |
| 2.2.3 PAS对基因表达的影响 | 第30页 |
| 2.2.4 PAS的分析方法 | 第30-35页 |
| 2.2.5 全基因组PAS的研究进展 | 第35-36页 |
| 2.2.6 猪中APA的研究现状 | 第36-37页 |
| 3 研究的目的与意义 | 第37-38页 |
| 第二章 中外猪品种驯化过程中拷贝数变异分析 | 第38-64页 |
| 1 引言 | 第38页 |
| 2 材料与方法 | 第38-48页 |
| 2.1 材料 | 第38-42页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第38-40页 |
| 2.1.2 主要仪器与试剂 | 第40页 |
| 2.1.3 主要分析软件 | 第40-42页 |
| 2.2 方法 | 第42-48页 |
| 2.2.1 猪基因组重测序数据获得 | 第42页 |
| 2.2.2 数据比对与筛选 | 第42-43页 |
| 2.2.3 CNVseq检测拷贝数变异区域（CNVR） | 第43页 |
| 2.2.4 CNVnator检测CNVR | 第43-44页 |
| 2.2.5 CNVR的合并与筛选 | 第44页 |
| 2.2.6 CNVR分布与潜在重复元件的关系分析 | 第44-45页 |
| 2.2.7 中外家猪差异CNV的发掘 | 第45页 |
| 2.2.8 中外家猪差异CNVR中基因功能分析 | 第45页 |
| 2.2.9 CNVR的QPCR验证 | 第45-48页 |
| 3 技术路线 | 第48页 |
| 4 结果 | 第48-61页 |
| 4.1 猪基因组重复元件的掩盖 | 第48-49页 |
| 4.2 猪基因组数据的比对 | 第49页 |
| 4.3 中外家猪驯化过程中产生的CNV检测结果 | 第49-61页 |
| 4.3.1 中外家猪品种驯化中形成的CNV | 第49-50页 |
| 4.3.2 猪全基因组CNVs图谱构建 | 第50-51页 |
| 4.3.3 CNV在品种间及品种内的差异 | 第51-53页 |
| 4.3.4 CNVR相关基因及其功能 | 第53页 |
| 4.3.5 CNVR的QPCR验证 | 第53-57页 |
| 4.3.6 CNVR与潜在重复元件的分布关系 | 第57-58页 |
| 4.3.7 中外家猪差异CNVs及相关基因功能分析 | 第58-61页 |
| 5 讨论 | 第61-64页 |
| 5.1 CNVseq和CNVnator在猪基因组CNV分析中的优越性 | 第61-62页 |
| 5.2 本研究结果与已发现的CNVR比较 | 第62页 |
| 5.3 不同实验材料影响CNV的发掘 | 第62-63页 |
| 5.4 CNV与中外家猪驯化的关系 | 第63-64页 |
| 第三章 利用转录组数据分析猪基因组多聚腺苷酸化位点 | 第64-92页 |
| 1 引言 | 第64页 |
| 2 材料与方法 | 第64-77页 |
| 2.1 材料 | 第64-68页 |
| 2.1.1 数据来源 | 第64-67页 |
| 2.1.2 主要分析软件 | 第67-68页 |
| 2.2 方法 | 第68-77页 |
| 2.2.1 猪转录组数据获得 | 第68页 |
| 2.2.2 Poly(A)序列的提取及比对 | 第68-71页 |
| 2.2.3 猪中PAS的检测及筛选 | 第71-73页 |
| 2.2.4 猪中PAS注释 | 第73-75页 |
| 2.2.5 PAS组织差异分析 | 第75页 |
| 2.2.6 基因内PAS数量与基因表达量相关分析 | 第75-76页 |
| 2.2.7 基因内PAS利用率与基因表达量相关分析 | 第76页 |
| 2.2.8 不同条件下PAS功能分析 | 第76页 |
| 2.2.9 PAS在细菌感染过程中的功能分析 | 第76-77页 |
| 3 技术路线 | 第77页 |
| 4 结果 | 第77-89页 |
| 4.1 猪转录组数据挖掘PAS的结果 | 第77-79页 |
| 4.2 猪基因组中PAS的分析结果 | 第79-89页 |
| 4.2.1 猪中PAS的注释 | 第79页 |
| 4.2.2 猪中PAS的分布 | 第79-81页 |
| 4.2.3 PAS与基因表达量的关系 | 第81-82页 |
| 4.2.4 PAS具有组织特异性 | 第82-85页 |
| 4.2.5 不同条件下PAS利用率的作用 | 第85-89页 |
| 5 讨论 | 第89-92页 |
| 5.1 不同建库及测序方法影响PAS的检出效率 | 第89-90页 |
| 5.2 猪基因组注释对PAS注释的影响 | 第90页 |
| 5.3 PAS数量及利用率对基因表达的影响 | 第90-91页 |
| 5.4 PAS利用率与猪的雄性激素水平及免疫应答的关系 | 第91-92页 |
| 第四章 全文小结 | 第92-95页 |
| 1 本研究的主要结论 | 第92-93页 |
| 1.1 中外猪品种驯化过程中拷贝数变异分析 | 第92页 |
| 1.2 利用转录组数据分析猪基因组多聚腺苷酸化位点 | 第92-93页 |
| 2 本研究的创新点与特色 | 第93-94页 |
| 3 本研究的不足与进一步工作的建议 | 第94-95页 |
| 参考文献 | 第95-108页 |
| 附录 | 第108-133页 |
| 攻读学位期间撰写论文题录 | 第133-135页 |
| 致谢 | 第135-137页 |
